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タイトルAn MPER antibody neutralizes HIV-1 using germline features shared among donors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 5389, Year 2019
掲載日2019年11月26日
著者Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / Dennis R Burton / Ben Murrell / Andrew B Ward / Jiang Zhu / Ian A Wilson / Michael B Zwick /
PubMed 要旨The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic ...The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic CDRH3s, lack activity as inferred germline precursors, are often from the minor IgG3 subclass, and some are polyreactive, such as 4E10. Here we describe an MPER broadly neutralizing antibody from the major IgG1 subclass, PGZL1, which shares germline V/D-region genes with 4E10, has a shorter CDRH3, and is less polyreactive. A recombinant sublineage variant pan-neutralizes a 130-isolate panel at 1.4 μg/ml (IC). Notably, a germline revertant with mature CDR3s neutralizes 12% of viruses and still binds MPER after DJ reversion. Crystal structures of lipid-bound PGZL1 variants and cryo-EM reconstruction of an Env-PGZL1 complex reveal how these antibodies recognize MPER and viral membrane. Discovery of common genetic and structural elements among MPER antibodies from different patients suggests that such antibodies could be elicited using carefully designed immunogens.
リンクNat Commun / PubMed:31772165 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.402 - 8.9 Å
構造データ

EMDB-0620:
Full length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with PGT151 Fab and PGZL1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

PDB-6o3d:
Crystal structure of the unbound Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.402 Å

PDB-6o3g:
Crystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1 in complex with its MPER peptide epitope (region 671-683 of HIV-1 gp41).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.645 Å

PDB-6o3j:
Crystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1 in complex with its MPER peptide epitope (region 671-683 of HIV-1 gp41) and phosphatidic acid (06:0 PA)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.416 Å

PDB-6o3k:
Crystal structure of the unbound Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.H4K3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.451 Å

PDB-6o3l:
Crystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.H4K3 in complex with its MPER peptide epitope (region 671-683 of HIV-1 gp41).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-6o3u:
Crystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.H4K3 in complex with 06:0 PA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.105 Å

PDB-6o41:
Crystal structure of the unbound PGZL1 germline Fab fragment (PGZL1_gVmDmJ)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.465 Å

PDB-6o42:
Crystal structure of the germline PGZL1 (PGZL1_gVmDmJ) Fab in complex with MPER peptide epitope.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-44E:
(2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸 / リン脂質*YM

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • streptococcus sp. group g (バクテリア)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PGZL1 ANTI HIV-1 / GP41 MPER / MEMBRANE LIPIDS (膜脂質) / BROADLY NEUTRALISING HIV-1 ANTIBODY / PGZL1.H4K3 ANTI HIV-1 / germline PGZL1 ANTI HIV-1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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