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structrue of truncated portal(portal602) from bacteriophage P22
単粒子再構成法による
#1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成
#2: 表面図（円筒半径に従い着色）, 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成
 エントリ情報 | |
| 概要 | |
| データベース名・ID | EM DATA BANK (EMDB) / 1483 |
|---|---|
| 著者・データ登録者 | Zheng H, Olia AS, Gonen M, Andrews S, Cingolani G, Gonen T |
| EMDBのサイト |  EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA) |
| 構造の表現 | |
| ムービー |  ムービーページ#1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（円筒半径に従い着色）, 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成 |
| 添付画像 | |
| 構造ビューア |  万見,  PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe) |
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Cite: 同じ文献を引用しているデータ |
| 類似構造 (beta) |
 類似構造データの一覧  Omokageシステムについて |
 文献 | |
| 引用 - Primary | |
| 文献 | Mol. Cell, Vol. 29, Issue 3, Page 376-83, Year 2008 |
|---|---|
| タイトル | A conformational switch in bacteriophage p22 portal protein primes genome injection. |
| 著者 | Hongjin Zheng, Adam S Olia, Melissa Gonen, Simeon Andrews, Gino Cingolani, Tamir Gonen Department of Biochemistry, University of Washington, 1705 NE Pacific Street, Seattle, WA 98195, USA. |
| キーワード |  Bacteriophage P22 (chemistry), Binding Sites, Capsid Proteins (chemistry), DNA, Viral (chemistry), Genome, Models, Molecular, Protein Binding, Protein Conformation, Viral Tail Proteins (chemistry), portal protein, bacteriophage P22 |
| リンク | PII: S1097-2765(08)00006-3, DOI: 10.1016/j.molcel.2007.11.034, PubMed: 18280242 |
 マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
| ファイル |  EMD-1483.map ( map file in CCP4 format, 6914 KB ) | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のサイズ:
画像は Spiderにより作成 | ||||||||||||||||||||||||
| 密度 | |||||||||||||||||||||||||
| データのタイプ | Image stored as Reals | ||||||||||||||||||||||||
| 空間群 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| マップ形状 |
| ||||||||||||||||||||||||
| セル | A = 297.6 A , B = 297.6 A , C = 297.6 A , alpha = 90 degrees , beta = 90 degrees , gamma = 90 degrees | ||||||||||||||||||||||||
| ピクセルのサイズ | X = 2.48 A , Y = 2.48 A , Z = 2.48 A | ||||||||||||||||||||||||
| CCP4マップヘッダ情報 | |||||||||||||||||||||||||
| 注釈・詳細 | map of portal602 | ||||||||||||||||||||||||
 添付情報 | |
| 画像 | |
| 画像 | |
|---|---|
 試料 | |
| 構成要素の数 | 1 |
|---|---|
| 名称 | truncated portal from bacteriophage P22 |
| オリゴマーの状態 | 12mer |
| 構成要素 #1: タンパク質 - gp1 | |
| 科学的な名称 | gp1 |
| 生物種の科学的名称 | Enterobacteria phage P22 (NCBI Taxonomy: 10754) |
| 組み替え発現 | Yes |
 実験 | |
| 試料調製 | |
| 試料の状態 | particle |
|---|---|
| 急速凍結 | |
| 凍結剤 | ETHANE |
| 装置 | NONE |
| 撮影 | |
| 顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
| 電子銃 | |
| 電子線源 | FIELD EMISSION GUN |
| 加速電圧 | 200 kV |
| 照射モード | OTHER |
| レンズ | |
| 撮影モード | OTHER |
| 試料ホルダ | |
| ホルダ | Eucentric ( OTHER ) |
| カメラ | |
| 画像の取得 | |
 解析 | |
| 手法 | 単粒子再構成法 |
|---|---|
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