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Structrue of truncated portal(portal602) from bacteriophage P22

単粒子再構成法による, 8Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1483
タイトルStructrue of truncated portal(portal602) from bacteriophage P22
部分欠失型 ポータルタンパク質 ー ファージP22由来
マップデータmap of portal602
試料truncated portal from bacteriophage P22
著者・データ登録者Zheng H, Olia AS, Gonen M, Andrews S, Cingolani G, Gonen T
日付登録: 2008-02-26, 付随情報の公開: 2008-02-26, マップデータの公開日: 2009-03-31, 更新日: 2013-12-25
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 4.45, UCSF CHIMERAにより作成

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
関連するエントリ

Cite: 同じ文献を引用しているデータ

類似構造 (beta)
類似構造データの一覧 Omokageシステムについて
文献
引用 - Primary
文献Mol. Cell, Vol. 29, Issue 3, Page 376-83, Year 2008
タイトルA conformational switch in bacteriophage p22 portal protein primes genome injection.
著者Hongjin Zheng, Adam S Olia, Melissa Gonen, Simeon Andrews, Gino Cingolani, Tamir Gonen
Department of Biochemistry, University of Washington, 1705 NE Pacific Street, Seattle, WA 98195, USA.
キーワードBacteriophage P22 (chemistry), Binding Sites, Capsid Proteins (chemistry), DNA, Viral (chemistry), Genome, Models, Molecular, Protein Binding, Protein Conformation, Viral Tail Proteins (chemistry), portal protein, bacteriophage P22
リンクPII: S1097-2765(08)00006-3, DOI: 10.1016/j.molcel.2007.11.034, PubMed: 18280242, PMC: PMC3936403
マップデータ
ファイルemd_1483.map.gz ( map file in CCP4 format, 6751 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:2.68, 4.45 (ムービー #1)
最小 - 最大: -2.16883 - 6.27797
平均 (標準偏差): 7.44344e-09 (1)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions120120120
Origin-60-60-60
Limit595959
Spacing120120120
単位格子A= B= C: 297.6 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 2.48 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z2.482.482.48
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.600297.600297.600
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-2.1696.2780.000
注釈・詳細map of portal602
添付情報
画像
画像
試料
構成要素の数1
名称truncated portal from bacteriophage P22
オリゴマーの状態12mer
構成要素 #1: タンパク質 - gp1
科学的な名称gp1
生物種の科学的名称Enterobacteria phage P22
NCBI taxonomy10754
組み替え発現Yes
実験
試料調製
試料の状態particle
急速凍結
凍結剤ETHANE
装置NONE
撮影
顕微鏡FEI TECNAI F20
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧200 kV
照射モードOTHER
レンズ
撮影モードOTHER
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルOTHER
カメラ
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
分解能8 A
分解能の評価方法FSC 0.143
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1483.xml (5.1 KB)
マップデータemd_1483.map.gz (5.4 MB)
画像1483.gif (22.7 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1483
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.3 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.9 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.8 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.9 KB