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- EMDB-5009: A cryo-EM map of the FimD-tip complex, a bacterial surface pilus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5009
タイトルA cryo-EM map of the FimD-tip complex, a bacterial surface pilus assembly intermediate in complex with the outer membrane secretion channel.
マップデータ3D Cryo-EM map of FimD-tip complex, a bacterial outer membrane pilus assembly intermediate
試料
  • 試料: FimD-tip complex
  • 細胞器官・細胞要素: FimD-tip complex
キーワードcryo-electron microscopy / bacterial pilus / bacterial outer membrane secretion channel / pilus biogenesis
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Tang C / Thanassi D / Li H
引用ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: Fiber formation across the bacterial outer membrane by the chaperone/usher pathway.
著者: Han Remaut / Chunyan Tang / Nadine S Henderson / Jerome S Pinkner / Tao Wang / Scott J Hultgren / David G Thanassi / Gabriel Waksman / Huilin Li /
要旨: Gram-negative pathogens commonly exhibit adhesive pili on their surfaces that mediate specific attachment to the host. A major class of pili is assembled via the chaperone/usher pathway. Here, the ...Gram-negative pathogens commonly exhibit adhesive pili on their surfaces that mediate specific attachment to the host. A major class of pili is assembled via the chaperone/usher pathway. Here, the structural basis for pilus fiber assembly and secretion performed by the outer membrane assembly platform--the usher--is revealed by the crystal structure of the translocation domain of the P pilus usher PapC and single particle cryo-electron microscopy imaging of the FimD usher bound to a translocating type 1 pilus assembly intermediate. These structures provide molecular snapshots of a twinned-pore translocation machinery in action. Unexpectedly, only one pore is used for secretion, while both usher protomers are used for chaperone-subunit complex recruitment. The translocating pore itself comprises 24 beta strands and is occluded by a folded plug domain, likely gated by a conformationally constrained beta-hairpin. These structures capture the secretion of a virulence factor across the outer membrane of gram-negative bacteria.
履歴
登録2008年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年3月21日-
マップ公開2009年4月22日-
更新2009年4月22日-
現状2009年4月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.33535264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.33535264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5009_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Cryo-EM map of FimD-tip complex, a bacterial outer membrane pilus assembly intermediate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル1: 1.74 / ムービー #1: 2.3353526
最小 - 最大-4.68613 - 8.0905
平均 (標準偏差)0.00000000658932 (±0.871601)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 241.3 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z959595
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.300241.300241.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-4.6868.0910.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FimD-tip complex

全体名称: FimD-tip complex
要素
  • 試料: FimD-tip complex
  • 細胞器官・細胞要素: FimD-tip complex

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超分子 #1000: FimD-tip complex

超分子名称: FimD-tip complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: FimD usher dimer in complex with one copy each of FimH, FimF, FimG pilins and FimC chaperone
Number unique components: 5
分子量実験値: 260 KDa / 理論値: 260 KDa

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超分子 #1: FimD-tip complex

超分子名称: FimD-tip complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Pilus assembly usher / 詳細: This component forms a dimer in the complex / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
Ref GO0: GO:0015473
Ref INTERPRO0: IPR000015
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量実験値: 96 KDa / 理論値: 96 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B strain Tuner (Novagen) / 組換プラスミド: Tuner/pAN2 and pNH237

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8), 0.15 M NaCl, 0.05% DDM.
グリッド詳細: glow-discharged lacey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 108 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. 12 degree Celsius chamber temperature
手法: 6 seconds blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 100 K / 最高: 105 K / 平均: 103 K
アライメント法Legacy - 非点収差: correction at 250,000 mag / Legacy - Electron beam tilt params: -2 mrad
日付2007年2月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.3 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細particles were manually selected
CTF補正詳細: Each films
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER / 使用した粒子像数: 11000
最終 2次元分類クラス数: 100

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1qun


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. manual docking followed by local correlation based real space fitting in chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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