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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iyd | ||||||
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タイトル | Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / transcription / initiation / Class I / activator / RNA polymerase / holoenzyme / sigma70 / open complex / CAP / CRP / cAMP-dependent / DNA / prokaryotic / DNA-directed RNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / DNA-binding / Sigma factor / Transcription regulation / cAMP / cAMP-binding / Nucleotide-binding / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite repression of transcription / sigma factor antagonist complex / DNA binding, bending / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...carbon catabolite repression of transcription / sigma factor antagonist complex / DNA binding, bending / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hudson, B.P. / Quispe, J. / Lara, S. / Kim, Y. / Berman, H. / Arnold, E. / Ebright, R.H. / Lawson, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009 タイトル: Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex. 著者: Brian P Hudson / Joel Quispe / Samuel Lara-González / Younggyu Kim / Helen M Berman / Eddy Arnold / Richard H Ebright / Catherine L Lawson / 要旨: We present the experimentally determined 3D structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex comprising the Escherichia coli catabolite activator protein (CAP), RNA ...We present the experimentally determined 3D structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex comprising the Escherichia coli catabolite activator protein (CAP), RNA polymerase holoenzyme (RNAP), and a DNA fragment containing positions -78 to +20 of a Class I CAP-dependent promoter with a CAP site at position -61.5 and a premelted transcription bubble. A 20-A electron microscopy reconstruction was obtained by iterative projection-based matching of single particles visualized in carbon-sandwich negative stain and was fitted using atomic coordinate sets for CAP, RNAP, and DNA. The structure defines the organization of a Class I CAP-RNAP-promoter complex and supports previously proposed interactions of CAP with RNAP alpha subunit C-terminal domain (alphaCTD), interactions of alphaCTD with sigma(70) region 4, interactions of CAP and RNAP with promoter DNA, and phased-DNA-bend-dependent partial wrapping of DNA around the complex. The structure also reveals the positions and shapes of species-specific domains within the RNAP beta', beta, and sigma(70) subunits. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iyd.cif.gz | 778.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iyd.ent.gz | 598.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3iyd_validation.pdf.gz | 947.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3iyd_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3iyd_validation.xml.gz | 108 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3iyd_validation.cif.gz | 163.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/3iyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/3iyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, RpoB, RpoC, RpoD, RpoZ, sez プラスミド: pEcABC-H6, pRSFduet-sigma, pCDF-omega / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE2) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 156195.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased from IDT and annealed / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FGH
#5: タンパク質 | 分子量: 70326.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 23541.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: crp, cap, csm, b3357, JW5702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#7: DNA鎖 | 分子量: 30220.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 30097.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#9: 化合物 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.57 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | 名称: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP pH: 8 詳細: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP | |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 6.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO 詳細: 25mM HEPES, 100mM KCl, 10mM MgCl2, 1mM DTT, 0.2mM cAMP | |||||||||||||||||||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Formate | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 400-mesh copper 2.0x0.5 hole pattern C-flat grids (Protochips, Inc.) with a thin layer of continuous carbon floated on top |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2008年11月4日 / 詳細: 15 um pixel size on detector |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC 資料ホルダタイプ: standard side-entry room-temperature stage 温度: 293 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 16 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: ACE | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 19.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 14097 詳細: EMAN interleaved with SPIDER correspondence analysis ( Details about the particle: 32816 particles were automatically selected by the Appion DoGpicker initially ) クラス平均像の数: 280 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: map-derived potential energy 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, Yup.scx simulated annealing DETAILS--A complete ternary complex model was generated using multiple PDB entries, with a homology modelling step for RNAP. The ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, Yup.scx simulated annealing DETAILS--A complete ternary complex model was generated using multiple PDB entries, with a homology modelling step for RNAP. The model was regularized with PHENIX and the refined against the EM map with Yup.scx using default parameters. | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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