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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aki | ||||||
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タイトル | Normal mode-based flexible fitted coordinates of a translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Translocation / Transmembrane / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting ...protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / intracellular protein transport / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.9 Å | ||||||
データ登録者 | Mitra, K. / Schaffitzel, C. / Shaikh, T. / Tama, F. / Jenni, S. / Brooks III, C.L. / Ban, N. / Frank, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structure of the E. coli protein-conducting channel bound to a translating ribosome. 著者: Kakoli Mitra / Christiane Schaffitzel / Tanvir Shaikh / Florence Tama / Simon Jenni / Charles L Brooks / Nenad Ban / Joachim Frank / 要旨: Secreted and membrane proteins are translocated across or into cell membranes through a protein-conducting channel (PCC). Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the Escherichia ...Secreted and membrane proteins are translocated across or into cell membranes through a protein-conducting channel (PCC). Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the Escherichia coli PCC, SecYEG, complexed with the ribosome and a nascent chain containing a signal anchor. This reconstruction shows a messenger RNA, three transfer RNAs, the nascent chain, and detailed features of both a translocating PCC and a second, non-translocating PCC bound to mRNA hairpins. The translocating PCC forms connections with ribosomal RNA hairpins on two sides and ribosomal proteins at the back, leaving a frontal opening. Normal mode-based flexible fitting of the archaeal SecYEbeta structure into the PCC electron microscopy densities favours a front-to-front arrangement of two SecYEG complexes in the PCC, and supports channel formation by the opening of two linked SecY halves during polypeptide translocation. On the basis of our observation in the translocating PCC of two segregated pores with different degrees of access to bulk lipid, we propose a model for co-translational protein translocation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aki.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aki.ent.gz | 24.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2aki_validation.pdf.gz | 732.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2aki_full_validation.pdf.gz | 731.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2aki_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2aki_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2aki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2aki | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7906.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33582, UniProt: P0AG99*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 43961.035 Da / 分子数: 2 / Fragment: plug TMH 2a omitted / Mutation: DEL (40-75) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secY, prlA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03844, UniProt: P0AGA2*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 12095.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secE, prlG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16920, UniProt: P0AG96*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2004年3月9日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 39000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: Cryo Stage / 温度: 93 K |
撮影 | 電子線照射量: 11 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: defocus groups | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 53325 / 詳細: The resolution is based on FSC at 0.5 cut-off / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient, R-factor 詳細: METHOD--normal mode-based flexible fitting REFINEMENT PROTOCOL--normal mode-based flexible fitting, real space refinement | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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