306件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、218500件になりました。（2024-04-17付） その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、ターゲットを求めています。 詳しくは、英語ニュースをご覧ください。

PDBj Newsletter Vol.24を公開しました。

- Vol.24 (2024年 3月) 英語(pdf 2.9M) / 日本語(pdf 2.9M) - Vol.23 (2023年 3月) 英語(pdf 2.7M) / 日本語(pdf 3.0M) - Vol.22 No.2 (2022年 3月) 英語(pdf 2.4M) / 日本語(pdf 2.6M) - Vol.22 (2021年 12月) 英語(pdf 2.6M) / 日本語(pdf 3.3M) - Vol.21 No.2 (2020年 9月) 英語(pdf 4.8M) / 日本語(pdf 5.2M) ...

ニュースレター 最新版（Vol.24、6ページ） - 日本語 English 過去のニュースレターはこちら 研究者向けチラシ（2ページ） - 日本語 English 一般向けリーフレット - 日本語（A4 6ページ） - 日本語（A4 2ページ） 2021年カレンダー（PDB設立50周年記念） - - English A4サイズ日曜始まり（36MB） A4サイズ月曜始まり（36MB） レターサイズ日曜始まり（35MB） 日本語（39MB） 简体中文（37MB） 繁體 ...

この度、新しい PDBx/mmCIF カテゴリ、_pdbx_initial_refinement_model を導入し、 X 線、電子顕微鏡、NMR 法の初期モデルに関する情報収集を改善しました。 これにより、実験的に得られたモデルと計算で得られたモデルが区別されます。 初期モデルが得られたリソースの出どころ（例えば、PDB、AlphaFoldDB、RoseTTAFoldなど）と そのアクセッションコード又は識別子が公開されている場合は、その情報を取得できます。 詳細な定義については、 ...

以下のサービスについて、IT技術者の不足により継続が困難となったため、提供を停止します。 - ASH - DASH - SeSAW - MAFFTash - Spanner - SFAS

wwPDBの張 羽澄さんが処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 張さんは、このマイルストーンに到達したPDBjで2番目、wwPDB全体で5番目のバイオキュレーターとなります。 2021年4月に見学有美子さんがwwPDBで初めてこのマイルストーンを達成しました。 張さんは大阪大学で環境工学の博士号を取得、国立循環器病研究センター勤務を経てPDBに加わりました。 2007年にPDBに加わり、現在は大阪の蛋白質研究奨励会内にあるPDBj支部に勤務しています。 科学 ...

wwPDBは、現行の4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）が2029年までにすべて消費されると予測しています。 PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、wwPDBはPDBアクセッションコードの文字数を拡張し、"PDB "を先頭に付けることで フォーマットを改訂しました（例えば、"1abc "は "pdb_00001abc "になります）。 これにより、公開文献中のPDBエントリーをテキストマイニングで検出することが可能になり、 改訂データファイルをより有益で透明性の高い形で提供できるようにな ...

新しいアーカイブスナップショットをご利用頂けます 2024年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、 https://s3.rcsb.org/又は PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、 スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、https://s3snapshots.rcsb.org/（AWS）又は PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005 ...

OneDepのORCiDログインボタン（赤枠で囲まれた部分） 2023年3月以降、 登録者はORCiDを使用してOneDepシステムにアクセスすることができるようになっています。 この認証方法により、コンタクトオーサーはパスワードを共有することなく自身のセッションにアクセスすることができます。 ORCiDをOneDepで使用すると、コンタクトオーサーにそのORCiDを含む全てのエントリー一覧が表示されます。 wwPDBは、エントリー一覧表示を以下の通り改良しました - 実験方法と未公開 ...

PDBで使用してきた3文字の化合物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5文字の英数字アクセッション・コードの発行を開始しました。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されます。5文字のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されません。 (過去のニュースもご覧 ...

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したこと ...

wwPDBは、標準化された原子の命名と、ペプチド残基内の蛋白質主鎖および末端原子のアノテーションを追加し、 更新した化合物辞書（CCD）データファイルを公開しました。また、更新されたCCDを含むエントリーも更新されました。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上し、更新された ペプチド残基アノテーションを使用する新たな機会を提供します。 既にお知らせした通り、 ペプチド結合要素のCCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラベルするための新しいデータ項目が追加されました。 ...

2023年11月15日(水)、第61回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年11月15日（水）11:40-12:30 会場 名古屋国際会議場 D会場（部屋番号：222+223） 定員 130名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

2023年10月29日(日)、令和5年度 日本結晶学会年会および会員総会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年10月29日（日）12:10-12:50 会場 山口大常盤キャンパス 講演会場C 定員 200名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

PDBアーカイブのデータは営利・非営利にかかわらず、自由にご利用いただけます（CC0 1.0 全世界 パブリック・ドメイン提供）。 その他PDBjサイトで提供している各コンテンツの利用について詳細は以下を参照ください。 PDBj各ページへのリンクは特に断りなく自由に設定していただいて構いません。 ご不明な点などあればお問い合わせフォームよりお問い合わせください。 プライバシーポリシーについてはこちらを参照ください。 対象 表記すべきクレジット内容 例・備考 PDBデータ（各 ...

wwPDB財団は、8月22日から29日までオーストラリア・メルボルンで開催された第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会において、 優秀な学生ポスターに賞を授与しました。 Akila Pilapitiya Liliana Guerrero Akila Pilapitiya The crystal structure of the toxin EspC from enteropathogenic Escherichia coli reveals ...

2022年12月から2023年9月までの間に、非標準の座標系または空間群設定でPDBに登録された合計 268の構造エントリーが再度バージョン化を行い公開されました。 今回の更新は、 最新のグラフィックスおよび精密化ソフトウェアを用いて、モデルの視覚化および登録された実験データに対する検証を改善するために行われました。 再バージョンされた各エントリーは、原子のx,y,z座標が標準結晶学フレームに変換されています。 非結晶対称行列が存在する場合は、更新された座標で動作するように変換されています。 座 ...

電子顕微鏡データバンク(EMDB)は、2023年10月初旬より、 電子顕微鏡(EM)のメタデータを、これまでのXML形式に加えて、PDBx/mmCIFファイル形式でも配布します。 PDBx/mmCIFファイルがアーカイブに追加されることで、EMDBとPDB（EM実験データと３次元構造）のメタデータの提供方法が 同等になると同時に、2つのアーカイブ間の一貫性と相互運用性が向上します。 2023年10月以前に公開されたEMDBエントリーには、PDBx/mmCIFファイルが後日追加されます。 PDBx/mmCIF ...

現在の増加率では、2023年末までに3文字の化合物ID（CCD ID）がなくなると予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されるようになります。 (過去のニュースもご覧ください)。 ...

2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）にてライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）と合同でランチョンセミナーを開催します。詳細は以下の通りです。皆さまのお越しをお待ちしております。 日時 2023年9月8日（金）12:30～13:30 場所 柏の葉カンファレンスセンター（千葉県柏市若柴178番地4: GoogleMap）第3会場 開催方式 対面のみ 定員 130名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日8時30分 ...

wwPDBは設立20周年を迎えます 8月22日から29日までオーストラリアのメルボルンで開催される第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会で、世界中のwwPDBメンバーとお会いしましょう。 展示会場のwwPDBブース26番にお越しいただくと、 wwPDB20周年 を記念した特別ギフトを差し上げます。 ペプチド残基の最新アノテーションと標準化、 ORCiDを使用した登録へのアクセス方法など、wwPDBの最新ニュースをご紹介します。 その他のwwPDBイベントは以下の通りです： ...

2023年10月、wwPDBは、化合物辞書（Chemical Component Dictionary, CCD）データファイルを更新する予定です。 更新には、原子の命名の標準化やペプチド残基内の蛋白質骨格および末端原子の注釈の追加が含まれます。 更新されたCCDを含むPDBエントリーも更新されます。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上するとともに、更新されたペプチド残基アノテーションを利用する新たな機会が開かれます。 この改善プロセスの一環として、ペプチド結合成分のCCDファイルに新 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 「spliceosome」およびその活用形を含むエントリーの主要項目を、ポリマー鎖に含まれる残基数の多い順に表示する 検索はこちら SELECT pdbid, struct_title AS 構造名, deposit_author AS 登録者, deposition_date AS 登録日, release_date AS 公開日, modification_date AS 最終更新日, exptl_method AS 実験手法, ...