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新しいPDBMLplusスキーマ(pdbMLplus_v40.xsd) を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。

PDBML (ver 4.0)をパースできるjVの最新版(jV4.0)がリリースされました。jV 4.0 より以前の版では、PDBML (ver 4.0)をパースできないことがありますので、ご注意ください。最新版は こちら からダウンロードしてお使い下さい。

wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを公開しました。
新しいバージョンは、 PDB Exchange Dictionary v.4.0 に準拠し、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題の改善結果が反映されています。

見直し及びその結果行った変更・修正の説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF)をご覧ください。また、各エントリの変更内容は改訂ログ ( XLS and CSV )に列挙されています。

PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。

2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。(手順は PDBjウェブサイトの “ PDB Archive/Snapshot Archive ” または、 http://www.wwpdb.org/downloads.htmlをご覧ください)。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。

これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。

作成日: 2011-07-13