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Promode Elastic

二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによるPDBデータの基準振動解析データベース

ProMode-Elasticは、PDBデータの基準振動解析の結果を公開しているデータベースです。計算には、われわれが開発したプログラムPDBETA (Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data) を使用しています。PDBETAは、二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析プログラムです。二面角を独立変数に採用することで、PDBデータのすべての原子を考慮しても、分子構造を比較的少ない自由度で記述することができ、また、弾性ネットワークモデルを採用したことで、タンパク質分子のみならず、DNA、RNA、リガンドなどの分子を取り入れた計算が可能になりました(ただし、水素原子と水分子については、変数の数を抑制するため、現時点では除外しています)。

それぞれのタンパク質のページでは、タンパク質分子の揺らぎをjVやJmolなどのビューワーによってアニメーションや原子の変位ベクトル図で観察することができます。静止画だけからは得られないタンパク質の動的構造に関する知見が、皆様の研究のお役に立つことを願っております。

参考文献
登録数
PDB:64890
鎖:86301
全て:151191
  • Hiroshi Wako and Shigeru Endo, "Normal mode analysis based on an elastic network model for biomolecules in the Protein Data Bank, which uses dihedral angles as independent variables." Comp. Biol. Chem. Vol. 44, 22-30 (2013) [doi:10.1016/j.compbiolchem.2013.02.006]
  • Hiroshi Wako and Shigeru Endo, "Ligand-induced conformational change of a protein reproduced by a linear combination of displacement vectors obtained from normal mode analysis." Biophys. Chem. Vol. 159, 257-266 (2011) [doi:10.1016/j.bpc.2011.07.004]


トピック:
2012.5.14ProMode-Elastic のサーバを大阪大学蛋白質研究所 PDBj に移設しました。これに伴い、URLも変わりました。
2010.9.10ProMode-Elastic 第1版公開
2009.12.12ProMode-Elastic 試行版公開開始

  • PDBetaプログラムのダウンロードはこちら
PDBコード(4文字、 例1a00




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