?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    VIRAL PROTEIN                           07-NOV-17   XXXX              
    TITLE     CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN WITH       
    TITLE    2 INHIBITOR PEPTIDE                                                    
    KEYWDS    HIV-1, INTEGRASE, RETROVIRUSES, CATALYTIC CORE, VIRAL PROTEIN         
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    M.GALILEE,A.ALIAN                                                     
    JRNL        AUTH   M.GALILEE,A.ALIAN                                            
    JRNL        TITL   MULTIMERIZATION OF HIV-1 INTEGRASE HINGES ON CONSERVED       
    JRNL        TITL 2 SH3-DOCKING PLATFORMS                                        
    JRNL        REF    BIORXIV                                    2018              
    JRNL        REFN                                                                
    JRNL        DOI    10.1101/301721                                               
    SEQRES   1 A  152  SER PRO GLY ILE TRP GLN LEU ASP CYS THR HIS LEU GLU          
    SEQRES   2 A  152  GLY LYS VAL ILE LEU VAL ALA VAL HIS VAL ALA SER GLY          
    SEQRES   3 A  152  TYR ILE GLU ALA GLU VAL ILE PRO ALA GLU THR GLY GLN          
    SEQRES   4 A  152  GLU THR ALA TYR PHE LEU LEU LYS LEU ALA GLY ARG TRP          
    SEQRES   5 A  152  PRO VAL LYS THR ILE HIS THR ASP ASN GLY SER ASN PHE          
    SEQRES   6 A  152  THR GLY ALA THR VAL ARG ALA ALA CYS ASP TRP ALA GLY          
    SEQRES   7 A  152  ILE LYS GLN GLU PHE GLY ILE PRO TYR ASN PRO GLN SER          
    SEQRES   8 A  152  GLN GLY VAL VAL GLU SER MET ASN LYS GLU LEU LYS LYS          
    SEQRES   9 A  152  ILE ILE GLY GLN VAL ARG ASP GLN ALA GLU HIS LEU LYS          
    SEQRES  10 A  152  THR ALA VAL GLN MET ALA VAL PHE ILE HIS ASN LYS LYS          
    SEQRES  11 A  152  ARG LYS GLY GLY ILE GLY GLY TYR SER ALA GLY GLU ARG          
    SEQRES  12 A  152  ILE VAL ASP ILE ILE ALA THR ASP ILE                          
    SEQRES   1 B   15  TRP SER TYR PHE TYR ASP GLY SER TYR SER TYR TYR ASP          
    SEQRES   2 B   15  TYR GLU                                                      
    FORMUL   3  HOH   *51(H2 O)                                                     
    HELIX    1 AA1 THR A   93  TRP A  108  1                                  16    
    HELIX    2 AA2 GLY A  118  GLY A  123  1                                   6    
    HELIX    3 AA3 GLY A  123  GLY A  134  1                                  12    
    HELIX    4 AA4 GLY A  149  ARG A  166  1                                  18    
    HELIX    5 AA5 ASP A  167  ALA A  169  5                                   3    
    HELIX    6 AA6 HIS A  171  LYS A  186  1                                  16    
    HELIX    7 AA7 SER A  195  ASP A  207  1                                  13    
    SHEET    1 AA1 5 ILE A  84  ILE A  89  0                                        
    SHEET    2 AA1 5 LYS A  71  HIS A  78 -1  N  ALA A  76   O  GLU A  85           
    SHEET    3 AA1 5 ILE A  60  LEU A  68 -1  N  THR A  66   O  ILE A  73           
    SHEET    4 AA1 5 THR A 112  HIS A 114  1  O  HIS A 114   N  LEU A  63           
    SHEET    5 AA1 5 LYS A 136  GLU A 138  1  O  LYS A 136   N  ILE A 113           
    SHEET    1 AA2 2 SER B   2  TYR B   3  0                                        
    SHEET    2 AA2 2 TYR B   9  SER B  10 -1  O  SER B  10   N  SER B   2           
    CRYST1   96.519   96.519   48.489  90.00  90.00  90.00 P 41 21 2     8          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.010361  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.010361  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.020623        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb6ex9.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A
      ATOM        B
      ATOM        a
      ATOM        b

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00