?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    CELL ADHESION                           12-APR-18   5ZO1              
    TITLE     CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE NECTIN-LIKE MOLECULE 4 (MNECL-4) FULL      
    TITLE    2 ECTODOMAIN (IG1-IG3), 2.2A                                           
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: CELL ADHESION MOLECULE 4;                                  
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 FRAGMENT: ECTODOMAIN IG1-IG3;                                        
    COMPND   5 SYNONYM: IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY MEMBER 4C,IGSF4C,NECTIN-LIKE     
    COMPND   6 PROTEIN 4,NECL-4,TSLC1-LIKE PROTEIN 2;                               
    COMPND   7 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND   8 MUTATION: YES                                                        
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: MUS MUSCULUS;                                   
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: MOUSE;                                              
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 10090;                                               
    SOURCE   5 ORGAN: BRAIN, KIDNEY, AND SPLEEN;                                    
    SOURCE   6 TISSUE: BRAIN, KIDNEY, AND SPLEEN;                                   
    SOURCE   7 GENE: CADM4, IGSF4C, NECL4, TSLL2;                                   
    SOURCE   8 EXPRESSION_SYSTEM: TRICHOPLUSIA NI;                                  
    SOURCE   9 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 7111;                                       
    SOURCE  10 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;                              
    SOURCE  11 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PFAST-BAC1                                
    KEYWDS    CELL ADHESION MOLECULE, GLYCOPROTEIN, IG-LIKE DOMAIN, NECL4, NECL,    
    KEYWDS   2 NECTIN, NECTIN-LIKE MOLECULES, CADM, NATIVE-SAD, DISULFIDE BRIDGES,  
    KEYWDS   3 SYNCAM4, SCHWANN CELL, MYELOGENESIS, CELL ADHESION                   
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    X.LIU,T.AN,D.LI,Z.FAN,P.XIANG,C.LI,W.JU,J.LI,G.HU,B.QIN,B.YIN,        
    AUTHOR   2 J.A.WOJDYLA,M.WANG,J.YUAN,B.QIANG,P.SHU,S.CUI,X.PENG                 
    REVDAT   1   30-JAN-19 5ZO1    0                                                
    JRNL        AUTH   X.LIU,T.AN,D.LI,Z.FAN,P.XIANG,C.LI,W.JU,J.LI,G.HU,B.QIN,     
    JRNL        AUTH 2 B.YIN,J.A.WOJDYLA,M.WANG,J.YUAN,B.QIANG,P.SHU,S.CUI,X.PENG   
    JRNL        TITL   STRUCTURE OF THE HETEROPHILIC INTERACTION BETWEEN THE        
    JRNL        TITL 2 NECTIN-LIKE 4 AND NECTIN-LIKE 1 MOLECULES                    
    JRNL        REF    PROC.NATL.ACAD.SCI.USA                     2019              
    JRNL        REFN                   ESSN 1091-6490                               
    JRNL        DOI    10.1073/PNAS.1810969116                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    2.20 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : PHENIX (1.10.1_2155)                                 
    REMARK   3   AUTHORS     : PAUL ADAMS,PAVEL AFONINE,VINCENT CHEN,IAN            
    REMARK   3               : DAVIS,KRESHNA GOPAL,RALF GROSSE-KUNSTLEVE,           
    REMARK   3               : LI-WEI HUNG,ROBERT IMMORMINO,TOM IOERGER,            
    REMARK   3               : AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL MORIARTY,              
    REMARK   3               : REETAL PAI,RANDY READ,JANE RICHARDSON,               
    REMARK   3               : DAVID RICHARDSON,TOD ROMO,JIM SACCHETTINI,           
    REMARK   3               : NICHOLAS SAUTER,JACOB SMITH,LAURENT                  
    REMARK   3               : STORONI,TOM TERWILLIGER,PETER ZWART                  
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3    REFINEMENT TARGET : NULL                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.20                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 47.30                          
    REMARK   3   MIN(FOBS/SIGMA_FOBS)              : 1.350                          
    REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 99.7                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 28426                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : 0.201                           
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.200                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.220                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 4.880                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 1386                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS).                           
    REMARK   3   BIN  RESOLUTION RANGE  COMPL.    NWORK NFREE   RWORK  RFREE        
    REMARK   3     1 47.3055 -  4.7401    1.00     2894   143  0.2252 0.2393        
    REMARK   3     2  4.7401 -  3.7629    1.00     2766   123  0.1691 0.1840        
    REMARK   3     3  3.7629 -  3.2873    1.00     2745   125  0.1875 0.1943        
    REMARK   3     4  3.2873 -  2.9868    1.00     2684   146  0.1818 0.1981        
    REMARK   3     5  2.9868 -  2.7728    1.00     2701   126  0.1949 0.2149        
    REMARK   3     6  2.7728 -  2.6093    1.00     2661   140  0.1992 0.2341        
    REMARK   3     7  2.6093 -  2.4786    1.00     2676   154  0.2074 0.2528        
    REMARK   3     8  2.4786 -  2.3707    1.00     2674   139  0.2231 0.2452        
    REMARK   3     9  2.3707 -  2.2795    1.00     2640   148  0.2397 0.2624        
    REMARK   3    10  2.2795 -  2.2008    0.97     2599   142  0.2517 0.2947        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELLING.                                             
    REMARK   3   METHOD USED        : NULL                                          
    REMARK   3   SOLVENT RADIUS     : NULL                                          
    REMARK   3   SHRINKAGE RADIUS   : NULL                                          
    REMARK   3   K_SOL              : NULL                                          
    REMARK   3   B_SOL              : NULL                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ERROR ESTIMATES.                                                    
    REMARK   3   COORDINATE ERROR (MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED)     : 0.240            
    REMARK   3   PHASE ERROR (DEGREES, MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 20.310           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : 37.01                          
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : 48.64                          
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B22 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B33 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B12 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B13 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B23 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  TWINNING INFORMATION.                                               
    REMARK   3   FRACTION: NULL                                                     
    REMARK   3   OPERATOR: NULL                                                     
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.                                       
    REMARK   3                 RMSD          COUNT                                  
    REMARK   3   BOND      :  0.008           2372                                  
    REMARK   3   ANGLE     :  1.783           3239                                  
    REMARK   3   CHIRALITY :  0.063            372                                  
    REMARK   3   PLANARITY :  0.006            427                                  
    REMARK   3   DIHEDRAL  : 13.203           1452                                  
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  TLS DETAILS                                                         
    REMARK   3   NUMBER OF TLS GROUPS  : NULL                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS DETAILS                                                         
    REMARK   3   NUMBER OF NCS GROUPS : NULL                                        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL                                      
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 5ZO1 COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 17-APR-18.                  
    REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1300002233.                                   
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 01-JUL-16                          
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 100                                
    REMARK 200  PH                             : NULL                               
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 1                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : Y                                  
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : SLS                                
    REMARK 200  BEAMLINE                       : X06DA                              
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : NULL                               
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M                                  
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 1.000                              
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : NULL                               
    REMARK 200  OPTICS                         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : PIXEL                              
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : PSI PILATUS 6M                     
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XDS                                
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 28426                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 2.200                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 47.295                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : -3.000                             
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 99.7                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 6.930                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : 0.14400                            
    REMARK 200  R SYM                      (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : 12.1500                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.20                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 2.33                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 98.1                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : 6.79                               
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : 0.94300                            
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : 2.020                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH                              
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: SAD                          
    REMARK 200 SOFTWARE USED: NULL                                                  
    REMARK 200 STARTING MODEL: NULL                                                 
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: ROD-LIKE CRYSTALS                                            
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS   (%): 70.04                                     
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 4.11                     
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.04M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE,    
    REMARK 280  10% PEG 8000, 25% (V/V) GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,    
    REMARK 280  TEMPERATURE 291K                                                    
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: I 41 2 2                         
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -X+1/2,-Y+1/2,Z+1/2                                     
    REMARK 290       3555   -Y,X+1/2,Z+1/4                                          
    REMARK 290       4555   Y+1/2,-X,Z+3/4                                          
    REMARK 290       5555   -X+1/2,Y,-Z+3/4                                         
    REMARK 290       6555   X,-Y+1/2,-Z+1/4                                         
    REMARK 290       7555   Y+1/2,X+1/2,-Z+1/2                                      
    REMARK 290       8555   -Y,-X,-Z                                                
    REMARK 290       9555   X+1/2,Y+1/2,Z+1/2                                       
    REMARK 290      10555   -X,-Y,Z                                                 
    REMARK 290      11555   -Y+1/2,X,Z+3/4                                          
    REMARK 290      12555   Y,-X+1/2,Z+1/4                                          
    REMARK 290      13555   -X,Y+1/2,-Z+1/4                                         
    REMARK 290      14555   X+1/2,-Y,-Z+3/4                                         
    REMARK 290      15555   Y,X,-Z                                                  
    REMARK 290      16555   -Y+1/2,-X+1/2,-Z+1/2                                    
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.000000 -1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000       91.22050            
    REMARK 290   SMTRY1   3  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3  1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000  1.000000       45.61025            
    REMARK 290   SMTRY1   4  0.000000  1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2   4 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   4  0.000000  0.000000  1.000000      136.83075            
    REMARK 290   SMTRY1   5 -1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2   5  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   5  0.000000  0.000000 -1.000000      136.83075            
    REMARK 290   SMTRY1   6  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   6  0.000000 -1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3   6  0.000000  0.000000 -1.000000       45.61025            
    REMARK 290   SMTRY1   7  0.000000  1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2   7  1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3   7  0.000000  0.000000 -1.000000       91.22050            
    REMARK 290   SMTRY1   8  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   8 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   8  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   9  1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2   9  0.000000  1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3   9  0.000000  0.000000  1.000000       91.22050            
    REMARK 290   SMTRY1  10 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2  10  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3  10  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1  11  0.000000 -1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2  11  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3  11  0.000000  0.000000  1.000000      136.83075            
    REMARK 290   SMTRY1  12  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2  12 -1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3  12  0.000000  0.000000  1.000000       45.61025            
    REMARK 290   SMTRY1  13 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2  13  0.000000  1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3  13  0.000000  0.000000 -1.000000       45.61025            
    REMARK 290   SMTRY1  14  1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2  14  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3  14  0.000000  0.000000 -1.000000      136.83075            
    REMARK 290   SMTRY1  15  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2  15  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3  15  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1  16  0.000000 -1.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY2  16 -1.000000  0.000000  0.000000       54.74850            
    REMARK 290   SMTRY3  16  0.000000  0.000000 -1.000000       91.22050            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON               
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC                         
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 375                                                                      
    REMARK 375 SPECIAL POSITION                                                     
    REMARK 375 THE FOLLOWING ATOMS ARE FOUND TO BE WITHIN 0.15 ANGSTROMS            
    REMARK 375 OF A SYMMETRY RELATED ATOM AND ARE ASSUMED TO BE ON SPECIAL          
    REMARK 375 POSITIONS.                                                           
    REMARK 375                                                                      
    REMARK 375 ATOM RES CSSEQI                                                      
    REMARK 375      HOH A 617  LIES ON A SPECIAL POSITION.                          
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
    REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
    REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
    REMARK 465     GLN A    25                                                      
    REMARK 465     GLU A    26                                                      
    REMARK 465     VAL A    27                                                      
    REMARK 465     GLN A    28                                                      
    REMARK 465     ALA A   317                                                      
    REMARK 465     HIS A   318                                                      
    REMARK 465     HIS A   319                                                      
    REMARK 465     HIS A   320                                                      
    REMARK 465     HIS A   321                                                      
    REMARK 465     HIS A   322                                                      
    REMARK 465     HIS A   323                                                      
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT.                            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  ATM1  RES C  SSEQI   ATM2  RES C  SSEQI           DISTANCE          
    REMARK 500   HE   ARG A   160     O    HOH A   504              1.29            
    REMARK 500   H    HIS A    47     O    HOH A   503              1.34            
    REMARK 500  HH22  ARG A   257     O    HOH A   507              1.42            
    REMARK 500  HH22  ARG A    70     O    HOH A   505              1.48            
    REMARK 500   OE2  GLU A    41    HH12  ARG A    90              1.58            
    REMARK 500   O    HOH A   560     O    HOH A   592              1.85            
    REMARK 500   O    HOH A   566     O    HOH A   660              1.89            
    REMARK 500   OD1  ASN A   126     O    HOH A   501              1.91            
    REMARK 500   O    HOH A   603     O    HOH A   611              2.02            
    REMARK 500   O    HOH A   514     O    HOH A   665              2.08            
    REMARK 500   O    HOH A   513     O    HOH A   673              2.08            
    REMARK 500   OE1  GLU A    30     O    HOH A   502              2.09            
    REMARK 500   N    HIS A    47     O    HOH A   503              2.11            
    REMARK 500   NE   ARG A   160     O    HOH A   504              2.12            
    REMARK 500   NH2  ARG A    70     O    HOH A   505              2.15            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS THAT ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC             
    REMARK 500 SYMMETRY ARE IN CLOSE CONTACT.  AN ATOM LOCATED WITHIN 0.15          
    REMARK 500 ANGSTROMS OF A SYMMETRY RELATED ATOM IS ASSUMED TO BE ON A           
    REMARK 500 SPECIAL POSITION AND IS, THEREFORE, LISTED IN REMARK 375             
    REMARK 500 INSTEAD OF REMARK 500.  ATOMS WITH NON-BLANK ALTERNATE               
    REMARK 500 LOCATION INDICATORS ARE NOT INCLUDED IN THE CALCULATIONS.            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 DISTANCE CUTOFF:                                                     
    REMARK 500 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS              
    REMARK 500 1.6 ANGSTROMS FOR CONTACTS INVOLVING HYDROGEN ATOMS                  
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  ATM1  RES C  SSEQI   ATM2  RES C  SSEQI  SSYMOP   DISTANCE          
    REMARK 500   O    HOH A   605     O    HOH A   670    10675     2.09            
    REMARK 500   O    HOH A   583     O    HOH A   653    12465     2.13            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    GLN A  48       70.54     52.62                                   
    REMARK 500    SER A  52     -174.71    -68.63                                   
    REMARK 500    ASN A  67     -131.39     42.03                                   
    REMARK 500    THR A 108        2.53    -68.71                                   
    REMARK 500    ARG A 162       -9.84     73.87                                   
    REMARK 500    GLN A 262      -38.90     74.20                                   
    REMARK 500    GLN A 262      -38.43     73.91                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue GOL A 404                 
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue GOL A 405                 
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC3                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for Poly-Saccharide residues FUC A    
    REMARK 800  401 through NAG A 403 bound to ASN A 67                             
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 1Z9M   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 NECTIN-LIKE PROTEIN 1                                                
    DBREF  5ZO1 A   25   317  UNP    Q8R464   CADM4_MOUSE     25    317             
    SEQADV 5ZO1 GLN A   31  UNP  Q8R464    ASN    31 ENGINEERED MUTATION            
    SEQADV 5ZO1 GLN A  262  UNP  Q8R464    ASN   262 ENGINEERED MUTATION            
    SEQADV 5ZO1 GLN A  286  UNP  Q8R464    ASN   286 ENGINEERED MUTATION            
    SEQADV 5ZO1 HIS A  318  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 5ZO1 HIS A  319  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 5ZO1 HIS A  320  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 5ZO1 HIS A  321  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 5ZO1 HIS A  322  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 5ZO1 HIS A  323  UNP  Q8R464              EXPRESSION TAG                 
    SEQRES   1 A  299  GLN GLU VAL GLN THR GLU GLN VAL THR VAL ALA GLU GLY          
    SEQRES   2 A  299  GLY VAL ALA GLU ILE THR CYS ARG LEU HIS GLN TYR ASP          
    SEQRES   3 A  299  GLY SER ILE VAL VAL ILE GLN ASN PRO ALA ARG GLN THR          
    SEQRES   4 A  299  LEU PHE PHE ASN GLY THR ARG ALA LEU LYS ASP GLU ARG          
    SEQRES   5 A  299  PHE GLN LEU GLU GLU PHE SER PRO ARG ARG VAL ARG ILE          
    SEQRES   6 A  299  ARG LEU SER ASP ALA ARG LEU GLU ASP GLU GLY GLY TYR          
    SEQRES   7 A  299  PHE CYS GLN LEU TYR THR GLU ASP THR HIS HIS GLN ILE          
    SEQRES   8 A  299  ALA THR LEU THR VAL LEU VAL ALA PRO GLU ASN PRO VAL          
    SEQRES   9 A  299  VAL GLU VAL ARG GLU GLN ALA VAL GLU GLY GLY GLU VAL          
    SEQRES  10 A  299  GLU LEU SER CYS LEU VAL PRO ARG SER ARG PRO ALA ALA          
    SEQRES  11 A  299  VAL LEU ARG TRP TYR ARG ASP ARG LYS GLU LEU LYS GLY          
    SEQRES  12 A  299  VAL SER SER GLY GLN GLU ASN GLY LYS VAL TRP SER VAL          
    SEQRES  13 A  299  ALA SER THR VAL ARG PHE ARG VAL ASP ARG LYS ASP ASP          
    SEQRES  14 A  299  GLY GLY ILE VAL ILE CYS GLU ALA GLN ASN GLN ALA LEU          
    SEQRES  15 A  299  PRO SER GLY HIS SER LYS GLN THR GLN TYR VAL LEU ASP          
    SEQRES  16 A  299  VAL GLN TYR SER PRO THR ALA ARG ILE HIS ALA SER GLN          
    SEQRES  17 A  299  ALA VAL VAL ARG GLU GLY ASP THR LEU VAL LEU THR CYS          
    SEQRES  18 A  299  ALA VAL THR GLY ASN PRO ARG PRO ASN GLN ILE ARG TRP          
    SEQRES  19 A  299  ASN ARG GLY GLN GLU SER LEU PRO GLU ARG ALA GLU ALA          
    SEQRES  20 A  299  VAL GLY GLU THR LEU THR LEU PRO GLY LEU VAL SER ALA          
    SEQRES  21 A  299  ASP GLN GLY THR TYR THR CYS GLU ALA ALA ASN LYS HIS          
    SEQRES  22 A  299  GLY HIS ALA ARG ALA LEU TYR VAL LEU VAL VAL TYR ASP          
    SEQRES  23 A  299  PRO GLY ALA VAL VAL GLU ALA HIS HIS HIS HIS HIS HIS          
    HET    FUC  A 401      10                                                       
    HET    NAG  A 402      14                                                       
    HET    NAG  A 403      14                                                       
    HET    GOL  A 404      14                                                       
    HET    GOL  A 405      14                                                       
    HETNAM     FUC ALPHA-L-FUCOSE                                                   
    HETNAM     NAG N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE                                           
    HETNAM     GOL GLYCEROL                                                         
    HETSYN     GOL GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL                                    
    FORMUL   2  FUC    C6 H12 O5                                                    
    FORMUL   2  NAG    2(C8 H15 N O6)                                               
    FORMUL   3  GOL    2(C3 H8 O3)                                                  
    FORMUL   5  HOH   *188(H2 O)                                                    
    HELIX    1 AA1 ARG A   95  GLU A   99  5                                   5    
    HELIX    2 AA2 ASP A  189  ASP A  193  5                                   5    
    HELIX    3 AA3 VAL A  282  GLN A  286  5                                   5    
    SHEET    1 AA1 6 GLU A  30  ALA A  35  0                                        
    SHEET    2 AA1 6 HIS A 113  LEU A 121  1  O  LEU A 121   N  VAL A  34           
    SHEET    3 AA1 6 GLY A 100  LEU A 106 -1  N  TYR A 102   O  ALA A 116           
    SHEET    4 AA1 6 VAL A  54  GLN A  57 -1  N  VAL A  55   O  GLN A 105           
    SHEET    5 AA1 6 THR A  63  PHE A  66 -1  O  LEU A  64   N  ILE A  56           
    SHEET    6 AA1 6 THR A  69  ARG A  70 -1  O  THR A  69   N  PHE A  66           
    SHEET    1 AA2 3 ALA A  40  ARG A  45  0                                        
    SHEET    2 AA2 3 ARG A  86  LEU A  91 -1  O  VAL A  87   N  CYS A  44           
    SHEET    3 AA2 3 PHE A  77  PHE A  82 -1  N  GLU A  81   O  ARG A  88           
    SHEET    1 AA3 4 VAL A 128  VAL A 131  0                                        
    SHEET    2 AA3 4 GLU A 140  SER A 150 -1  O  LEU A 146   N  VAL A 128           
    SHEET    3 AA3 4 VAL A 177  ARG A 187 -1  O  TRP A 178   N  SER A 150           
    SHEET    4 AA3 4 VAL A 168  ASN A 174 -1  N  ASN A 174   O  VAL A 177           
    SHEET    1 AA4 5 ALA A 135  VAL A 136  0                                        
    SHEET    2 AA4 5 VAL A 220  ALA A 230  1  O  GLN A 221   N  ALA A 135           
    SHEET    3 AA4 5 LEU A 241  ASN A 250 -1  O  ALA A 246   N  ARG A 227           
    SHEET    4 AA4 5 THR A 275  LEU A 278 -1  O  LEU A 278   N  LEU A 241           
    SHEET    5 AA4 5 GLU A 270  VAL A 272 -1  N  VAL A 272   O  THR A 275           
    SHEET    1 AA5 4 LYS A 163  LEU A 165  0                                        
    SHEET    2 AA5 4 VAL A 155  ARG A 160 -1  N  ARG A 160   O  LYS A 163           
    SHEET    3 AA5 4 ILE A 196  GLN A 202 -1  O  GLU A 200   N  ARG A 157           
    SHEET    4 AA5 4 LYS A 212  VAL A 217 -1  O  LYS A 212   N  ALA A 201           
    SHEET    1 AA6 3 ARG A 257  ARG A 260  0                                        
    SHEET    2 AA6 3 GLY A 287  ASN A 295 -1  O  GLU A 292   N  ARG A 257           
    SHEET    3 AA6 3 GLY A 298  LEU A 306 -1  O  TYR A 304   N  TYR A 289           
    SSBOND   1 CYS A   44    CYS A  104                          1555   1555  2.02  
    SSBOND   2 CYS A  145    CYS A  199                          1555   1555  2.03  
    SSBOND   3 CYS A  245    CYS A  291                          1555   1555  2.00  
    LINK         ND2 ASN A  67                 C1  NAG A 402     1555   1555  1.45  
    LINK         C1  FUC A 401                 O6  NAG A 402     1555   1555  1.45  
    LINK         O4  NAG A 402                 C1  NAG A 403     1555   1555  1.47  
    CISPEP   1 ARG A  151    PRO A  152          0        -5.13                     
    CISPEP   2 ASN A  250    PRO A  251          0         1.35                     
    SITE     1 AC1  5 ARG A 260  THR A 290  HIS A 299  HOH A 513                    
    SITE     2 AC1  5 HOH A 592                                                     
    SITE     1 AC2 10 GLU A 130  VAL A 131  ARG A 132  GLU A 142                    
    SITE     2 AC2 10 LEU A 143  SER A 144  GLN A 286  VAL A 307                    
    SITE     3 AC2 10 HOH A 508  HOH A 510                                          
    SITE     1 AC3  8 TYR A  49  GLY A  51  ILE A  53  ASN A  67                    
    SITE     2 AC3  8 PHE A  82  SER A  83  PRO A  84  HOH A 565                    
    CRYST1  109.497  109.497  182.441  90.00  90.00  90.00 I 41 2 2     16          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.009133  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.009133  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.005481        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb5zo1.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    657  CG  LYS A  73       0.503  85.052 230.778  1.00 55.53           C  
      ATOM    658  CD  LYS A  73      -0.837  84.325 230.566  1.00 56.15           C  
      ATOM    659  CE  LYS A  73      -0.702  82.784 230.640  1.00 46.42           C  
      ATOM    660  NZ  LYS A  73      -0.102  82.240 229.429  1.00 57.52           N  
      ATOM   2075  CG  ARG A 162      38.144 113.776 203.285  1.00 72.12           C  
      ATOM   2076  CD  ARG A 162      39.637 113.723 203.588  1.00 88.07           C  
      ATOM   2077  NE  ARG A 162      40.202 112.401 203.323  1.00100.50           N  
      ATOM   2078  CZ  ARG A 162      41.501 112.118 203.362  1.00104.86           C  
      ATOM   2079  NH1 ARG A 162      42.386 113.066 203.653  1.00106.92           N  
      ATOM   2080  NH2 ARG A 162      41.918 110.884 203.107  1.00103.68           N  
      ATOM   2155  CG  LYS A 166      25.427 125.682 206.635  1.00 61.99           C  
      ATOM   2156  CD  LYS A 166      25.959 127.070 207.009  1.00 73.43           C  
      ATOM   2157  CE  LYS A 166      24.858 128.115 207.119  1.00 79.92           C  
      ATOM   2158  NZ  LYS A 166      24.166 128.091 208.448  1.00 79.59           N  
      ATOM   2542  CG  LYS A 191      35.418 120.304 186.793  1.00 47.85           C  
      ATOM   2543  CD  LYS A 191      35.563 121.817 187.022  1.00 58.23           C  
      ATOM   2544  CE  LYS A 191      36.913 122.364 186.556  1.00 66.73           C  
      ATOM   2545  NZ  LYS A 191      36.917 123.867 186.456  1.00 67.88           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00