?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    TRANSCRIPTION                           25-MAY-19   5QRF              
    TITLE     PANDDA ANALYSIS GROUP DEPOSITION -- CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN        
    TITLE    2 BRACHYURY IN COMPLEX WITH Z373768900                                 
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR T;                              
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 SYNONYM: BRACHYURY PROTEIN,PROTEIN T;                                
    COMPND   5 ENGINEERED: YES                                                      
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;                                   
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;                                              
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9606;                                                
    SOURCE   5 GENE: TBXT, T;                                                       
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE   7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562                                         
    KEYWDS    SGC - DIAMOND I04-1 FRAGMENT SCREENING, PANDDA, XCHEMEXPLORER,        
    KEYWDS   2 TRANSCRIPTION                                                        
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    J.A.NEWMAN,A.E.GAVARD,A.FERNANDEZ-CID,L.SHERESTHA,N.A.BURGESS-BROWN,  
    AUTHOR   2 F.VON DELFT,C.H.ARROWSMITH,A.EDWARDS,C.BOUNTRA,O.GILEADI             
    REVDAT   1   10-JUL-19 5QRF    0                                                
    JRNL        AUTH   J.A.NEWMAN,A.E.GAVARD,A.FERNANDEZ-CID,L.SHERESTHA,           
    JRNL        AUTH 2 N.A.BURGESS-BROWN,F.VON DELFT,C.H.ARROWSMITH,A.EDWARDS,      
    JRNL        AUTH 3 C.BOUNTRA,O.GILEADI                                          
    JRNL        TITL   PANDDA ANALYSIS GROUP DEPOSITION                             
    JRNL        REF    TO BE PUBLISHED                                              
    JRNL        REFN                                                                
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    2.03 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : REFMAC 5.8.0238                                      
    REMARK   3   AUTHORS     : MURSHUDOV,SKUBAK,LEBEDEV,PANNU,STEINER,              
    REMARK   3               : NICHOLLS,WINN,LONG,VAGIN                             
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3    REFINEMENT TARGET : MAXIMUM LIKELIHOOD                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.03                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 40.65                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 0.000                          
    REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 99.9                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 13017                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : THROUGHOUT                      
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : RANDOM                          
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : 0.213                           
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.210                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.276                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 4.800                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 656                             
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.                                  
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF BINS USED           : 20                           
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE HIGH       (A) : 2.03                         
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE LOW        (A) : 2.08                         
    REMARK   3   REFLECTION IN BIN     (WORKING SET) : 939                          
    REMARK   3   BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 99.90                        
    REMARK   3   BIN R VALUE           (WORKING SET) : 0.3380                       
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE SET COUNT          : 46                           
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE                    : 0.3860                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.                    
    REMARK   3   PROTEIN ATOMS            : 1369                                    
    REMARK   3   NUCLEIC ACID ATOMS       : 0                                       
    REMARK   3   HETEROGEN ATOMS          : 19                                      
    REMARK   3   SOLVENT ATOMS            : 75                                      
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : NULL                           
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : 48.09                          
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : 1.62000                                              
    REMARK   3    B22 (A**2) : 1.62000                                              
    REMARK   3    B33 (A**2) : -3.24000                                             
    REMARK   3    B12 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3    B13 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3    B23 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR.                                 
    REMARK   3   ESU BASED ON R VALUE                            (A): 0.214         
    REMARK   3   ESU BASED ON FREE R VALUE                       (A): 0.200         
    REMARK   3   ESU BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD                 (A): 0.161         
    REMARK   3   ESU FOR B VALUES BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A**2): 6.212         
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 CORRELATION COEFFICIENTS.                                            
    REMARK   3   CORRELATION COEFFICIENT FO-FC      : 0.957                         
    REMARK   3   CORRELATION COEFFICIENT FO-FC FREE : 0.925                         
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES        COUNT    RMS    WEIGHT      
    REMARK   3   BOND LENGTHS REFINED ATOMS        (A):  1670 ; 0.008 ; 0.013       
    REMARK   3   BOND LENGTHS OTHERS               (A):  1442 ; 0.001 ; 0.017       
    REMARK   3   BOND ANGLES REFINED ATOMS   (DEGREES):  2142 ; 1.506 ; 1.672       
    REMARK   3   BOND ANGLES OTHERS          (DEGREES):  3364 ; 1.271 ; 1.602       
    REMARK   3   TORSION ANGLES, PERIOD 1    (DEGREES):   195 ; 7.140 ; 5.000       
    REMARK   3   TORSION ANGLES, PERIOD 2    (DEGREES):    80 ;30.101 ;22.000       
    REMARK   3   TORSION ANGLES, PERIOD 3    (DEGREES):   256 ;16.891 ;15.000       
    REMARK   3   TORSION ANGLES, PERIOD 4    (DEGREES):    10 ;15.434 ;15.000       
    REMARK   3   CHIRAL-CENTER RESTRAINTS       (A**3):   190 ; 0.076 ; 0.200       
    REMARK   3   GENERAL PLANES REFINED ATOMS      (A):  1862 ; 0.007 ; 0.020       
    REMARK   3   GENERAL PLANES OTHERS             (A):   336 ; 0.001 ; 0.020       
    REMARK   3   NON-BONDED CONTACTS REFINED ATOMS (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   NON-BONDED CONTACTS OTHERS        (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   NON-BONDED TORSION REFINED ATOMS  (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   NON-BONDED TORSION OTHERS         (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   H-BOND (X...Y) REFINED ATOMS      (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   H-BOND (X...Y) OTHERS             (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   POTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   POTENTIAL METAL-ION OTHERS        (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY VDW REFINED ATOMS        (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY VDW OTHERS               (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY H-BOND REFINED ATOMS     (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY H-BOND OTHERS            (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS  (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SYMMETRY METAL-ION OTHERS         (A):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.     COUNT   RMS    WEIGHT      
    REMARK   3   MAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS  (A**2):   816 ; 3.822 ; 5.140       
    REMARK   3   MAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS    (A**2):   817 ; 3.819 ; 5.139       
    REMARK   3   MAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2):   967 ; 5.949 ; 7.521       
    REMARK   3   MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS   (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS  (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS    (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS   (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   LONG RANGE B REFINED ATOMS     (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   LONG RANGE B OTHER ATOMS       (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 ANISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.    COUNT   RMS   WEIGHT       
    REMARK   3   RIGID-BOND RESTRAINTS          (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SPHERICITY; FREE ATOMS         (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3   SPHERICITY; BONDED ATOMS       (A**2):  NULL ;  NULL ;  NULL       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS RESTRAINTS STATISTICS                                           
    REMARK   3   NUMBER OF DIFFERENT NCS GROUPS : NULL                              
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  TLS DETAILS                                                         
    REMARK   3   NUMBER OF TLS GROUPS  : NULL                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELLING.                                             
    REMARK   3   METHOD USED : MASK                                                 
    REMARK   3   PARAMETERS FOR MASK CALCULATION                                    
    REMARK   3   VDW PROBE RADIUS   : 1.20                                          
    REMARK   3   ION PROBE RADIUS   : 0.80                                          
    REMARK   3   SHRINKAGE RADIUS   : 0.80                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING   
    REMARK   3  POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY                           
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 5QRF COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 29-MAY-19.                  
    REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1001402312.                                   
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 15-JUL-18                          
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 100                                
    REMARK 200  PH                             : 4.5                                
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 1                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : Y                                  
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : DIAMOND                            
    REMARK 200  BEAMLINE                       : I04-1                              
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : NULL                               
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M                                  
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 0.91587                            
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : NULL                               
    REMARK 200  OPTICS                         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : PIXEL                              
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : DECTRIS PILATUS 6M                 
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XDS                                
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : AIMLESS 0.7.1                      
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 13712                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 2.030                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 40.610                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 100.0                              
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 12.50                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : 0.12600                            
    REMARK 200  R SYM                      (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : 12.9000                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.03                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 2.08                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 99.9                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : 12.90                              
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : 1.75000                            
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH                              
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: FOURIER SYNTHESIS            
    REMARK 200 SOFTWARE USED: REFMAC                                                
    REMARK 200 STARTING MODEL: 6F58                                                 
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS   (%): 51.51                                     
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.54                     
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.1 M CDCL, 0.1 M ACETATE PH 4.5, 32%    
    REMARK 280  PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 41 2 2                         
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -X,-Y,Z+1/2                                             
    REMARK 290       3555   -Y,X,Z+1/4                                              
    REMARK 290       4555   Y,-X,Z+3/4                                              
    REMARK 290       5555   -X,Y,-Z                                                 
    REMARK 290       6555   X,-Y,-Z+1/2                                             
    REMARK 290       7555   Y,X,-Z+3/4                                              
    REMARK 290       8555   -Y,-X,-Z+1/4                                            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000       55.12500            
    REMARK 290   SMTRY1   3  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000  1.000000       27.56250            
    REMARK 290   SMTRY1   4  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   4 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   4  0.000000  0.000000  1.000000       82.68750            
    REMARK 290   SMTRY1   5 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   5  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   5  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   6  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   6  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   6  0.000000  0.000000 -1.000000       55.12500            
    REMARK 290   SMTRY1   7  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   7  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   7  0.000000  0.000000 -1.000000       82.68750            
    REMARK 290   SMTRY1   8  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   8 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   8  0.000000  0.000000 -1.000000       27.56250            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON               
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC                         
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 375                                                                      
    REMARK 375 SPECIAL POSITION                                                     
    REMARK 375 THE FOLLOWING ATOMS ARE FOUND TO BE WITHIN 0.15 ANGSTROMS            
    REMARK 375 OF A SYMMETRY RELATED ATOM AND ARE ASSUMED TO BE ON SPECIAL          
    REMARK 375 POSITIONS.                                                           
    REMARK 375                                                                      
    REMARK 375 ATOM RES CSSEQI                                                      
    REMARK 375 CD    CD A 301  LIES ON A SPECIAL POSITION.                          
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
    REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
    REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
    REMARK 465     GLY A    40                                                      
    REMARK 470                                                                      
    REMARK 470 MISSING ATOM                                                         
    REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER;           
    REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER;          
    REMARK 470 I=INSERTION CODE):                                                   
    REMARK 470   M RES CSSEQI  ATOMS                                                
    REMARK 470     ARG A  43    CG   CD   NE   CZ   NH1  NH2                        
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT.                            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  ATM1  RES C  SSEQI   ATM2  RES C  SSEQI           DISTANCE          
    REMARK 500   O    HOH A   458     O    HOH A   470              2.01            
    REMARK 500   O    HOH A   433     O    HOH A   443              2.09            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS THAT ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC             
    REMARK 500 SYMMETRY ARE IN CLOSE CONTACT.  AN ATOM LOCATED WITHIN 0.15          
    REMARK 500 ANGSTROMS OF A SYMMETRY RELATED ATOM IS ASSUMED TO BE ON A           
    REMARK 500 SPECIAL POSITION AND IS, THEREFORE, LISTED IN REMARK 375             
    REMARK 500 INSTEAD OF REMARK 500.  ATOMS WITH NON-BLANK ALTERNATE               
    REMARK 500 LOCATION INDICATORS ARE NOT INCLUDED IN THE CALCULATIONS.            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 DISTANCE CUTOFF:                                                     
    REMARK 500 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS              
    REMARK 500 1.6 ANGSTROMS FOR CONTACTS INVOLVING HYDROGEN ATOMS                  
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  ATM1  RES C  SSEQI   ATM2  RES C  SSEQI  SSYMOP   DISTANCE          
    REMARK 500   O    HOH A   409     O    HOH A   460     6555     1.91            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    THR A  59      106.28     69.77                                   
    REMARK 500    PHE A 143       56.96    -94.48                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 525                                                                      
    REMARK 525 SOLVENT                                                              
    REMARK 525                                                                      
    REMARK 525 THE SOLVENT MOLECULES HAVE CHAIN IDENTIFIERS THAT                    
    REMARK 525 INDICATE THE POLYMER CHAIN WITH WHICH THEY ARE MOST                  
    REMARK 525 CLOSELY ASSOCIATED. THE REMARK LISTS ALL THE SOLVENT                 
    REMARK 525 MOLECULES WHICH ARE MORE THAN 5A AWAY FROM THE                       
    REMARK 525 NEAREST POLYMER CHAIN (M = MODEL NUMBER;                             
    REMARK 525 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE                  
    REMARK 525 NUMBER; I=INSERTION CODE):                                           
    REMARK 525                                                                      
    REMARK 525  M RES CSSEQI                                                        
    REMARK 525    HOH A 474        DISTANCE =  6.31 ANGSTROMS                       
    REMARK 525    HOH A 475        DISTANCE =  6.55 ANGSTROMS                       
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 METAL COORDINATION                                                   
    REMARK 620 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 620 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):                             
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                              CD A 304  CD                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 HIS A 100   NE2                                                    
    REMARK 620 2 HOH A 461   O   103.5                                              
    REMARK 620 3 HOH A 464   O   101.8 116.8                                        
    REMARK 620 4 HOH A 462   O   110.2 114.4 109.1                                  
    REMARK 620 N                    1     2     3                                   
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                              CD A 303  CD                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 CYS A 122   SG                                                     
    REMARK 620 2 HOH A 454   O    91.7                                              
    REMARK 620 N                    1                                               
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                              CD A 302  CD                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 GLU A 167   OE1                                                    
    REMARK 620 2 GLU A 167   OE2  51.2                                              
    REMARK 620 3 HOH A 463   O   109.3 104.2                                        
    REMARK 620 4 CYS A 186   SG   33.9  78.7 127.2                                  
    REMARK 620 5 CYS A 186   SG   46.4  80.6 144.2  17.7                            
    REMARK 620 6 HOH A 455   O   137.1  99.5 108.0 123.8 106.0                      
    REMARK 620 N                    1     2     3     4     5                       
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                              CD A 301  CD                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 GLU A 167   OE1                                                    
    REMARK 620 2 CYS A 186   SG   92.7                                              
    REMARK 620 3 CYS A 186   SG   84.9  42.8                                        
    REMARK 620 4 HOH A 457   O    92.5 111.4 153.6                                  
    REMARK 620 5 GLU A 167   OE1   0.0  92.7  84.9  92.5                            
    REMARK 620 6 CYS A 186   SG   92.7   0.0  42.8 111.4  92.7                      
    REMARK 620 7 CYS A 186   SG   84.9  42.8   0.0 153.6  84.9  42.8                
    REMARK 620 8 HOH A 457   O    95.9  77.1 119.7  34.3  95.9  77.1 119.7          
    REMARK 620 N                    1     2     3     4     5     6     7           
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue CD A 301                  
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue CD A 302                  
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC3                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue CD A 303                  
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC4                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue CD A 304                  
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC5                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue CD A 305                  
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC6                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue NUA A 306                 
    DBREF  5QRF A   41   211  UNP    O15178   TBXT_HUMAN      41    211             
    SEQADV 5QRF GLY A   40  UNP  O15178              EXPRESSION TAG                 
    SEQRES   1 A  172  GLY GLU LEU ARG VAL GLY LEU GLU GLU SER GLU LEU TRP          
    SEQRES   2 A  172  LEU ARG PHE LYS GLU LEU THR ASN GLU MET ILE VAL THR          
    SEQRES   3 A  172  LYS ASN GLY ARG ARG MET PHE PRO VAL LEU LYS VAL ASN          
    SEQRES   4 A  172  VAL SER GLY LEU ASP PRO ASN ALA MET TYR SER PHE LEU          
    SEQRES   5 A  172  LEU ASP PHE VAL ALA ALA ASP ASN HIS ARG TRP LYS TYR          
    SEQRES   6 A  172  VAL ASN GLY GLU TRP VAL PRO GLY GLY LYS PRO GLU PRO          
    SEQRES   7 A  172  GLN ALA PRO SER CYS VAL TYR ILE HIS PRO ASP SER PRO          
    SEQRES   8 A  172  ASN PHE GLY ALA HIS TRP MET LYS ALA PRO VAL SER PHE          
    SEQRES   9 A  172  SER LYS VAL LYS LEU THR ASN LYS LEU ASN GLY GLY GLY          
    SEQRES  10 A  172  GLN ILE MET LEU ASN SER LEU HIS LYS TYR GLU PRO ARG          
    SEQRES  11 A  172  ILE HIS ILE VAL ARG VAL GLY GLY PRO GLN ARG MET ILE          
    SEQRES  12 A  172  THR SER HIS CYS PHE PRO GLU THR GLN PHE ILE ALA VAL          
    SEQRES  13 A  172  THR ALA TYR GLN ASN GLU GLU ILE THR ALA LEU LYS ILE          
    SEQRES  14 A  172  LYS TYR ASN                                                  
    HET     CD  A 301       1                                                       
    HET     CD  A 302       1                                                       
    HET     CD  A 303       1                                                       
    HET     CD  A 304       1                                                       
    HET     CD  A 305       1                                                       
    HET    NUA  A 306      14                                                       
    HETNAM      CD CADMIUM ION                                                      
    HETNAM     NUA N-(1-ETHYL-1H-PYRAZOL-4-YL)CYCLOBUTANECARBOXAMIDE                
    FORMUL   2   CD    5(CD 2+)                                                     
    FORMUL   7  NUA    C10 H15 N3 O                                                 
    FORMUL   8  HOH   *75(H2 O)                                                     
    HELIX    1 AA1 GLU A   48  LEU A   58  1                                  11    
    HELIX    2 AA2 GLY A  133  ALA A  139  1                                   7    
    HELIX    3 AA3 PRO A  188  GLN A  191  5                                   4    
    HELIX    4 AA4 ASN A  200  ASN A  211  1                                  12    
    SHEET    1 AA1 3 ARG A  43  LEU A  46  0                                        
    SHEET    2 AA1 3 LYS A  76  SER A  80 -1  O  ASN A  78   N  GLY A  45           
    SHEET    3 AA1 3 VAL A 141  SER A 142 -1  O  VAL A 141   N  VAL A  77           
    SHEET    1 AA2 5 GLU A  61  ILE A  63  0                                        
    SHEET    2 AA2 5 PHE A 192  VAL A 195  1  O  VAL A 195   N  MET A  62           
    SHEET    3 AA2 5 LYS A 165  VAL A 175 -1  N  TYR A 166   O  PHE A 192           
    SHEET    4 AA2 5 MET A  87  ALA A  96 -1  N  ASP A  93   O  ARG A 169           
    SHEET    5 AA2 5 ASN A 131  PHE A 132 -1  O  ASN A 131   N  TYR A  88           
    SHEET    1 AA3 4 TYR A 124  ILE A 125  0                                        
    SHEET    2 AA3 4 MET A  87  ALA A  96 -1  N  LEU A  92   O  TYR A 124           
    SHEET    3 AA3 4 LYS A 165  VAL A 175 -1  O  ARG A 169   N  ASP A  93           
    SHEET    4 AA3 4 MET A 181  CYS A 186 -1  O  THR A 183   N  ILE A 172           
    SHEET    1 AA4 3 ARG A  69  ARG A  70  0                                        
    SHEET    2 AA4 3 LYS A 147  THR A 149 -1  O  LEU A 148   N  ARG A  69           
    SHEET    3 AA4 3 ILE A 158  MET A 159  1  O  ILE A 158   N  THR A 149           
    SHEET    1 AA5 2 TRP A 102  VAL A 105  0                                        
    SHEET    2 AA5 2 GLU A 108  PRO A 111 -1  O  GLU A 108   N  VAL A 105           
    LINK         NE2 HIS A 100                CD    CD A 304     1555   1555  2.19  
    LINK         SG  CYS A 122                CD    CD A 303     1555   1555  2.57  
    LINK         SG  CYS A 122                CD    CD A 305     1555   1555  2.45  
    LINK         OE1 GLU A 167                CD    CD A 302     1555   1555  2.64  
    LINK         OE1 GLU A 167                CD    CD A 301     1555   1555  2.61  
    LINK         OE2 GLU A 167                CD    CD A 302     1555   1555  2.50  
    LINK         SG ACYS A 186                CD    CD A 301     1555   1555  2.43  
    LINK         SG BCYS A 186                CD    CD A 301     1555   1555  2.47  
    LINK        CD    CD A 301                 O   HOH A 457     1555   1555  1.98  
    LINK        CD    CD A 302                 O   HOH A 463     1555   1555  2.29  
    LINK        CD    CD A 303                 O   HOH A 454     1555   1555  2.52  
    LINK        CD    CD A 304                 O   HOH A 461     1555   1555  2.26  
    LINK        CD    CD A 304                 O   HOH A 464     1555   1555  2.53  
    LINK        CD    CD A 304                 O   HOH A 462     1555   1555  2.21  
    LINK         OE1 GLU A 167                CD    CD A 301     1555   5655  2.61  
    LINK         SG ACYS A 186                CD    CD A 301     1555   5655  2.43  
    LINK         SG ACYS A 186                CD    CD A 302     1555   5655  2.59  
    LINK         SG BCYS A 186                CD    CD A 301     1555   5655  2.47  
    LINK         SG BCYS A 186                CD    CD A 302     1555   5655  2.60  
    LINK        CD    CD A 301                 O   HOH A 457     1555   5655  1.98  
    LINK        CD    CD A 302                 O   HOH A 455     1555   5655  2.20  
    CISPEP   1 PHE A   72    PRO A   73          0        -5.61                     
    CISPEP   2 SER A  129    PRO A  130          0       -14.16                     
    SITE     1 AC1  4 GLU A 167  CYS A 186   CD A 302  HOH A 457                    
    SITE     1 AC2  5 GLU A 167  CYS A 186   CD A 301  HOH A 455                    
    SITE     2 AC2  5 HOH A 463                                                     
    SITE     1 AC3  4 CYS A 122  HOH A 442  HOH A 454  HOH A 474                    
    SITE     1 AC4  5 LEU A  91  HIS A 100  HOH A 461  HOH A 462                    
    SITE     2 AC4  5 HOH A 464                                                     
    SITE     1 AC5  4 CYS A 122  HOH A 448  HOH A 474  HOH A 475                    
    SITE     1 AC6  9 SER A  89  ILE A 125  HIS A 126  PRO A 127                    
    SITE     2 AC6  9 SER A 129  PHE A 132  VAL A 175  ARG A 180                    
    SITE     3 AC6  9 HOH A 467                                                     
    CRYST1   60.060   60.060  110.250  90.00  90.00  90.00 P 41 2 2      8          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.016650  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.016650  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.009070        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb5qrf.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    598  CG  LYS A 114      22.482  14.056 -14.827  1.00 84.52           C  
      ATOM    599  CD  LYS A 114      23.439  14.131 -16.020  1.00 85.97           C  
      ATOM    600  CE  LYS A 114      23.772  15.542 -16.466  1.00 91.32           C  
      ATOM    601  NZ  LYS A 114      24.677  15.555 -17.646  1.00 93.71           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00       20.00
        1-5             1.00    5.00       20.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00