?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    PROTON TRANSPORT                        02-JUN-16   XXXX              
    TITLE     A THREE DIMENSIONAL MOVIE OF STRUCTURAL CHANGES IN BACTERIORHODOPSIN: 
    TITLE    2 STRUCTURE OBTAINED 16 NS AFTER PHOTOEXCITATION                       
    KEYWDS    BACTERIORHODOPSIN, XFEL, TIME-RESOLVED SERIAL FEMTOSECOND             
    KEYWDS   2 CRYSTALLOGRAPHY, SACLA, PROTON TRANSPORT                             
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    A.ROYANT,E.NANGO,T.NAKANE,T.TANAKA,T.ARIMA,R.NEUTZE,S.IWATA           
    JRNL        AUTH   E.NANGO,A.ROYANT,M.KUBO,T.NAKANE,C.WICKSTRAND,T.KIMURA,      
    JRNL        AUTH 2 T.TANAKA,K.TONO,C.SONG,R.TANAKA,T.ARIMA,A.YAMASHITA,         
    JRNL        AUTH 3 J.KOBAYASHI,T.HOSAKA,E.MIZOHATA,P.NOGLY,M.SUGAHARA,D.NAM,    
    JRNL        AUTH 4 T.NOMURA,T.SHIMAMURA,D.IM,T.FUJIWARA,Y.YAMANAKA,B.JEON,      
    JRNL        AUTH 5 T.NISHIZAWA,K.ODA,M.FUKUDA,R.ANDERSSON,P.BATH,R.DODS,        
    JRNL        AUTH 6 J.DAVIDSSON,S.MATSUOKA,S.KAWATAKE,M.MURATA,O.NUREKI,S.OWADA, 
    JRNL        AUTH 7 T.KAMESHIMA,T.HATSUI,Y.JOTI,G.SCHERTLER,M.YABASHI,           
    JRNL        AUTH 8 A.N.BONDAR,J.STANDFUSS,R.NEUTZE,S.IWATA                      
    JRNL        TITL   A THREE-DIMENSIONAL MOVIE OF STRUCTURAL CHANGES IN           
    JRNL        TITL 2 BACTERIORHODOPSIN                                            
    JRNL        REF    SCIENCE                       V. 354  1552 2016              
    JRNL        REFN                   ESSN 1095-9203                               
    JRNL        PMID   28008064                                                     
    JRNL        DOI    10.1126/SCIENCE.AAH3497                                      
    SEQRES   1 A  248  GLN ALA GLN ILE THR GLY ARG PRO GLU TRP ILE TRP LEU          
    SEQRES   2 A  248  ALA LEU GLY THR ALA LEU MET GLY LEU GLY THR LEU TYR          
    SEQRES   3 A  248  PHE LEU VAL LYS GLY MET GLY VAL SER ASP PRO ASP ALA          
    SEQRES   4 A  248  LYS LYS PHE TYR ALA ILE THR THR LEU VAL PRO ALA ILE          
    SEQRES   5 A  248  ALA PHE THR MET TYR LEU SER MET LEU LEU GLY TYR GLY          
    SEQRES   6 A  248  LEU THR MET VAL PRO PHE GLY GLY GLU GLN ASN PRO ILE          
    SEQRES   7 A  248  TYR TRP ALA ARG TYR ALA ASP TRP LEU PHE THR THR PRO          
    SEQRES   8 A  248  LEU LEU LEU LEU ASP LEU ALA LEU LEU VAL ASP ALA ASP          
    SEQRES   9 A  248  GLN GLY THR ILE LEU ALA LEU VAL GLY ALA ASP GLY ILE          
    SEQRES  10 A  248  MET ILE GLY THR GLY LEU VAL GLY ALA LEU THR LYS VAL          
    SEQRES  11 A  248  TYR SER TYR ARG PHE VAL TRP TRP ALA ILE SER THR ALA          
    SEQRES  12 A  248  ALA MET LEU TYR ILE LEU TYR VAL LEU PHE PHE GLY PHE          
    SEQRES  13 A  248  THR SER LYS ALA GLU SER MET ARG PRO GLU VAL ALA SER          
    SEQRES  14 A  248  THR PHE LYS VAL LEU ARG ASN VAL THR VAL VAL LEU TRP          
    SEQRES  15 A  248  SER ALA TYR PRO VAL VAL TRP LEU ILE GLY SER GLU GLY          
    SEQRES  16 A  248  ALA GLY ILE VAL PRO LEU ASN ILE GLU THR LEU LEU PHE          
    SEQRES  17 A  248  MET VAL LEU ASP VAL SER ALA LYS VAL GLY PHE GLY LEU          
    SEQRES  18 A  248  ILE LEU LEU ARG SER ARG ALA ILE PHE GLY GLU ALA GLU          
    SEQRES  19 A  248  ALA PRO GLU PRO SER ALA GLY ASP GLY ALA ALA ALA THR          
    SEQRES  20 A  248  SER                                                          
    HETNAM     RET RETINAL                                                          
    HETNAM     L2P 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL                                         
    HETNAM     TRD TRIDECANE                                                        
    HETNAM     D10 DECANE                                                           
    HETNAM     HP6 HEPTANE                                                          
    HETNAM     OCT N-OCTANE                                                         
    HETNAM     MYS PENTADECANE                                                      
    HETNAM     UND UNDECANE                                                         
    HETNAM     DD9 NONANE                                                           
    HETNAM     C14 TETRADECANE                                                      
    HETSYN     L2P 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL          
    HETSYN     TRD LIPID FRAGMENT                                                   
    HETSYN     UND LIPID FRAGMENT                                                   
    FORMUL   2  RET    C20 H28 O                                                    
    FORMUL   3  L2P    3(C43 H88 O3)                                                
    FORMUL   4  TRD    C13 H28                                                      
    FORMUL   5  D10    C10 H22                                                      
    FORMUL   6  HP6    C7 H16                                                       
    FORMUL   7  OCT    3(C8 H18)                                                    
    FORMUL   9  MYS    2(C15 H32)                                                   
    FORMUL  10  UND    2(C11 H24)                                                   
    FORMUL  14  DD9    C9 H20                                                       
    FORMUL  15  C14    C14 H30                                                      
    FORMUL  18  HOH   *17(H2 O)                                                     
    HELIX    1 AA1 GLU A    9  GLY A   31  1                                  23    
    HELIX    2 AA2 ASP A   36  LEU A   62  1                                  27    
    HELIX    3 AA3 TRP A   80  VAL A  101  1                                  22    
    HELIX    4 AA4 ASP A  104  THR A  128  1                                  25    
    HELIX    5 AA5 VAL A  130  PHE A  154  1                                  25    
    HELIX    6 AA6 PHE A  156  SER A  162  1                                   7    
    HELIX    7 AA7 ARG A  164  GLY A  192  1                                  29    
    HELIX    8 AA8 PRO A  200  ARG A  225  1                                  26    
    HELIX    9 AA9 SER A  226  PHE A  230  5                                   5    
    SHEET    1 AA1 2 LEU A  66  PHE A  71  0                                        
    SHEET    2 AA1 2 GLU A  74  TYR A  79 -1  O  ILE A  78   N  THR A  67           
    LINK         NZ ALYS A 216                 C15ARET A 300     1555   1555  1.31  
    LINK         NZ BLYS A 216                 C15BRET A 300     1555   1555  1.31  
    SITE     1 AC1 12 TRP A  86  THR A  90  MET A 118  TRP A 138                    
    SITE     2 AC1 12 SER A 141  THR A 142  TRP A 182  TYR A 185                    
    SITE     3 AC1 12 PRO A 186  ASP A 212  ALA A 215  LYS A 216                    
    SITE     1 AC2  6 ALA A  44  LEU A  48  PHE A  54  THR A 107                    
    SITE     2 AC2  6 TYR A 147  D10 A 602                                          
    SITE     1 AC3  1 LEU A 149                                                     
    SITE     1 AC4  3 LEU A  22  L2P A 600  HP6 A 603                               
    SITE     1 AC5  1 D10 A 602                                                     
    SITE     1 AC6  1 LYS A 172                                                     
    SITE     1 AC7  1 MYS A 606                                                     
    SITE     1 AC8  2 OCT A 605  L2P A 608                                          
    SITE     1 AC9  1 L2P A 608                                                     
    SITE     1 AD1  5 TYR A 131  TRP A 138  ILE A 203  MYS A 606                    
    SITE     2 AD1  5 UND A 607                                                     
    SITE     1 AD2 11 ILE A  52  MET A  56  TYR A  64  TRP A  80                    
    SITE     2 AD2 11 ALA A  84  GLY A 116  ILE A 117  GLY A 120                    
    SITE     3 AD2 11 LEU A 123  VAL A 124  C14 A 612                               
    SITE     1 AD3  1 TYR A  26                                                     
    SITE     1 AD4  1 ARG A 225                                                     
    SITE     1 AD5  4 LEU A  87  PRO A  91  LEU A  95  L2P A 609                    
    SITE     1 AD6  1 TYR A  26                                                     
    CRYST1   62.500   62.500  112.000  90.00  90.00 120.00 P 63          6          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.016000  0.009238  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.018475  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.008929        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb5b6w.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A
      ATOM        2
      ATOM        3

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM   3558  CG  ARG A 227      -5.653 -23.072  23.724  1.00105.78           C  
      ATOM   3559  CD  ARG A 227      -4.330 -22.545  24.255  1.00109.78           C  
      ATOM   3560  NE  ARG A 227      -3.272 -23.551  24.172  1.00110.47           N  
      ATOM   3561  CZ  ARG A 227      -2.587 -24.040  25.205  1.00117.08           C  
      ATOM   3562  NH1 ARG A 227      -1.653 -24.956  24.994  1.00111.57           N  
      ATOM   3563  NH2 ARG A 227      -2.811 -23.616  26.442  1.00102.13           N  
      ATOM   3558  CG  ARG 2 227     -39.693   6.640  23.724  1.00105.78           C  
      ATOM   3559  CD  ARG 2 227     -40.810   7.523  24.255  1.00109.78           C  
      ATOM   3560  NE  ARG 2 227     -40.468   8.942  24.172  1.00110.47           N  
      ATOM   3561  CZ  ARG 2 227     -40.387   9.780  25.205  1.00117.08           C  
      ATOM   3562  NH1 ARG 2 227     -40.061  11.046  24.994  1.00111.57           N  
      ATOM   3563  NH2 ARG 2 227     -40.642   9.374  26.442  1.00102.13           N  
      ATOM   3558  CG  ARG 3 227     -48.404 -37.695  23.724  1.00105.78           C  
      ATOM   3559  CD  ARG 3 227     -48.610 -39.104  24.255  1.00109.78           C  
      ATOM   3560  NE  ARG 3 227     -50.010 -39.517  24.172  1.00110.47           N  
      ATOM   3561  CZ  ARG 3 227     -50.776 -39.866  25.205  1.00117.08           C  
      ATOM   3562  NH1 ARG 3 227     -52.036 -40.217  24.994  1.00111.57           N  
      ATOM   3563  NH2 ARG 3 227     -50.297 -39.884  26.442  1.00102.13           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00