?

Promode Elastic


    ダウンロード: 3fuy-results.tgz ヘルプ


    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    ヘッダ

    HEADER    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION   15-JAN-09   3FUY              
    TITLE     STRUCTURE FROM THE MOBILE METAGENOME OF COLE HARBOUR SALT             
    TITLE    2 MARSH: INTEGRON CASSETTE PROTEIN HFX_CASS1                           
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: PUTATIVE INTEGRON GENE CASSETTE PROTEIN;                   
    COMPND   3 CHAIN: A, B, C;                                                      
    COMPND   4 SYNONYM: HFX_CASS1;                                                  
    COMPND   5 ENGINEERED: YES                                                      
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: UNCULTURED BACTERIUM;                           
    SOURCE   3 ORGANISM_TAXID: 77133;                                               
    SOURCE   4 GENE: ORF1;                                                          
    SOURCE   5 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;                                        
    SOURCE   7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL;                  
    SOURCE   8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;                              
    SOURCE   9 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: P15TV LIC                                 
    KEYWDS    INTEGRON CASSETTE PROTEIN, MOBILE METAGENOME, STRUCTURAL              
    KEYWDS   2 GENOMICS, PSI-2, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, MIDWEST               
    KEYWDS   3 CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS, MCSG, UNKNOWN FUNCTION               
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    V.SURESHAN,C.N.DESHPANDE,S.J.HARROP,M.KUDRYTSKA,J.E.KOENIG,           
    AUTHOR   2 E.EVDOKIMOVA,J.OSIPIUK,A.EDWARDS,A.SAVCHENKO,A.JOACHIMIAK,           
    AUTHOR   3 W.F.DOOLITTLE,H.W.STOKES,P.M.G.CURMI,B.C.MABBUTT,MIDWEST             
    AUTHOR   4 CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS (MCSG)                                
    REVDAT   1   24-FEB-09 3FUY    0                                                
    JRNL        AUTH   V.SURESHAN,C.N.DESHPANDE,S.J.HARROP,M.KUDRYTSKA,             
    JRNL        AUTH 2 J.E.KOENIG,E.EVDOKIMOVA,J.OSIPIUK,A.EDWARDS,                 
    JRNL        AUTH 3 A.SAVCHENKO,A.JOACHIMIAK,W.F.DOOLITTLE,H.W.STOKES,           
    JRNL        AUTH 4 P.M.G.CURMI,B.C.MABBUTT                                      
    JRNL        TITL   STRUCTURE FROM THE MOBILE METAGENOME OF COLE                 
    JRNL        TITL 2 HARBOUR SALT MARSH: INTEGRON CASSETTE PROTEIN                
    JRNL        TITL 3 HFX_CASS1                                                    
    JRNL        REF    TO BE PUBLISHED                                              
    JRNL        REFN                                                                
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    2.00 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : PHENIX (PHENIX.REFINE)                               
    REMARK   3   AUTHORS     : PAUL ADAMS,PAVEL AFONINE,VICENT CHEN,IAN             
    REMARK   3               : DAVIS,KRESHNA GOPAL,RALF GROSSE-                     
    REMARK   3               : KUNSTLEVE,LI-WEI HUNG,ROBERT IMMORMINO,              
    REMARK   3               : TOM IOERGER,AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL            
    REMARK   3               : MORIARTY,REETAL PAI,RANDY READ,JANE                  
    REMARK   3               : RICHARDSON,DAVID RICHARDSON,TOD ROMO,JIM             
    REMARK   3               : SACCHETTINI,NICHOLAS SAUTER,JACOB SMITH,             
    REMARK   3               : LAURENT STORONI,TOM TERWILLIGER,PETER                
    REMARK   3               : ZWART                                                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3    REFINEMENT TARGET : ML                                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.00                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 37.13                          
    REMARK   3   MIN(FOBS/SIGMA_FOBS)              : 0.010                          
    REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 96.2                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 35948                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : 0.199                           
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.195                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.234                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 9.710                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 6704                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS).                           
    REMARK   3   BIN  RESOLUTION RANGE  COMPL.    NWORK NFREE   RWORK  RFREE        
    REMARK   3     1 37.1320 -  6.2050    0.98     2118   227  0.1890 0.2090        
    REMARK   3     2  6.2050 -  4.9290    0.98     2146   234  0.1880 0.1940        
    REMARK   3     3  4.9290 -  4.3070    0.99     2083   231  0.1610 0.1850        
    REMARK   3     4  4.3070 -  3.9140    1.00     2163   228  0.1600 0.1880        
    REMARK   3     5  3.9140 -  3.6340    1.00     2168   225  0.1750 0.2230        
    REMARK   3     6  3.6340 -  3.4190    0.99     2147   238  0.1920 0.2330        
    REMARK   3     7  3.4190 -  3.2480    0.99     2132   212  0.1960 0.2300        
    REMARK   3     8  3.2480 -  3.1070    0.99     2154   227  0.1950 0.2540        
    REMARK   3     9  3.1070 -  2.9870    0.99     2140   247  0.1960 0.2100        
    REMARK   3    10  2.9870 -  2.8840    0.99     2154   228  0.2080 0.2670        
    REMARK   3    11  2.8840 -  2.7940    0.99     2121   239  0.2140 0.2640        
    REMARK   3    12  2.7940 -  2.7140    0.99     2139   211  0.1990 0.2580        
    REMARK   3    13  2.7140 -  2.6430    0.98     2151   216  0.1940 0.2500        
    REMARK   3    14  2.6430 -  2.5780    0.98     2148   236  0.1900 0.2330        
    REMARK   3    15  2.5780 -  2.5200    0.98     2152   217  0.1990 0.2580        
    REMARK   3    16  2.5200 -  2.4660    0.98     2076   220  0.1890 0.2520        
    REMARK   3    17  2.4660 -  2.4170    0.97     2132   215  0.2070 0.2800        
    REMARK   3    18  2.4170 -  2.3710    0.96     2032   242  0.2000 0.2520        
    REMARK   3    19  2.3710 -  2.3290    0.96     2126   232  0.2020 0.2610        
    REMARK   3    20  2.3290 -  2.2890    0.96     2017   236  0.2210 0.3170        
    REMARK   3    21  2.2890 -  2.2530    0.95     2041   201  0.2140 0.2310        
    REMARK   3    22  2.2530 -  2.2180    0.95     2102   206  0.2110 0.2400        
    REMARK   3    23  2.2180 -  2.1850    0.95     2047   246  0.2290 0.3000        
    REMARK   3    24  2.1850 -  2.1550    0.93     1998   202  0.2130 0.2820        
    REMARK   3    25  2.1550 -  2.1250    0.93     2028   204  0.2380 0.3100        
    REMARK   3    26  2.1250 -  2.0980    0.91     1940   227  0.2340 0.2740        
    REMARK   3    27  2.0980 -  2.0720    0.91     1978   235  0.2350 0.2680        
    REMARK   3    28  2.0720 -  2.0470    0.90     1886   211  0.2360 0.2880        
    REMARK   3    29  2.0470 -  2.0230    0.88     1998   192  0.2430 0.2770        
    REMARK   3    30  2.0230 -  2.0000    0.86     1848   219  0.2530 0.2910        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELLING.                                             
    REMARK   3   METHOD USED        : FLAT BULK SOLVENT MODEL                       
    REMARK   3   SOLVENT RADIUS     : 1.11                                          
    REMARK   3   SHRINKAGE RADIUS   : 0.90                                          
    REMARK   3   K_SOL              : 0.38                                          
    REMARK   3   B_SOL              : 56.84                                         
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ERROR ESTIMATES.                                                    
    REMARK   3   COORDINATE ERROR (MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED)     : 0.300            
    REMARK   3   PHASE ERROR (DEGREES, MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : NULL             
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : 39.70                          
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : 38.77                          
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : 4.99970                                              
    REMARK   3    B22 (A**2) : 4.99970                                              
    REMARK   3    B33 (A**2) : -9.99940                                             
    REMARK   3    B12 (A**2) : -0.00000                                             
    REMARK   3    B13 (A**2) : -0.00000                                             
    REMARK   3    B23 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  TWINNING INFORMATION.                                               
    REMARK   3   FRACTION: NULL                                                     
    REMARK   3   OPERATOR: NULL                                                     
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.                                       
    REMARK   3                 RMSD          COUNT                                  
    REMARK   3   BOND      :  0.007           3778                                  
    REMARK   3   ANGLE     :  0.989           5091                                  
    REMARK   3   CHIRALITY :  0.068            562                                  
    REMARK   3   PLANARITY :  0.004            677                                  
    REMARK   3   DIHEDRAL  : 15.742           1405                                  
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  TLS DETAILS                                                         
    REMARK   3   NUMBER OF TLS GROUPS  : NULL                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS DETAILS                                                         
    REMARK   3   NUMBER OF NCS GROUPS : NULL                                        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL                                      
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 3FUY COMPLIES WITH FORMAT V. 3.20, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 19-JAN-09.                  
    REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB051073.                                      
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 25-OCT-08; 25-OCT-08               
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 100; 100                           
    REMARK 200  PH                             : 6.5                                
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 2                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : Y; Y                               
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : APS; APS                           
    REMARK 200  BEAMLINE                       : 19-ID; 19-ID                       
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : NULL; NULL                         
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M; M                               
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 0.97929; 0.97929                   
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : SI 111; SI 111                     
    REMARK 200  OPTICS                         : NULL; NULL                         
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : CCD; CCD                           
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : ADSC QUANTUM 315; ADSC             
    REMARK 200                                   QUANTUM 315                        
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : MOSFLM                             
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : SCALA                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 35948                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 2.000                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 92.850                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : 0.000                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 100.0                              
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 5.600                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : 0.08200                            
    REMARK 200  R SYM                      (I) : 0.08200                            
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : 15.3000                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.00                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 2.11                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 100.0                              
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : 5.60                               
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : 0.56000                            
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : 0.56000                            
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : 4.200                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH; SINGLE WAVELENGTH           
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: SAD                          
    REMARK 200 SOFTWARE USED: PHENIX (PHENIX.AUTOSOL)                               
    REMARK 200 STARTING MODEL: NULL                                                 
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS   (%): 44.75                                     
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.23                     
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.2M AMMONIUM SULFATE, 25% PEG 3350      
    REMARK 280  PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K             
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 32                             
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -Y,X-Y,Z+2/3                                            
    REMARK 290       3555   -X+Y,-X,Z+1/3                                           
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -0.500000 -0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000       61.81667            
    REMARK 290   SMTRY1   3 -0.500000  0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3 -0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000  1.000000       30.90833            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON               
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TRIMERIC                          
    REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TRIMERIC                   
    REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
    REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 4380 ANGSTROM**2                          
    REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 21190 ANGSTROM**2                       
    REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -32.0 KCAL/MOL                        
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, C, B                               
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
    REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
    REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
    REMARK 465     MSE A   -20                                                      
    REMARK 465     GLY A   -19                                                      
    REMARK 465     SER A   -18                                                      
    REMARK 465     SER A   -17                                                      
    REMARK 465     HIS A   -16                                                      
    REMARK 465     HIS A   -15                                                      
    REMARK 465     HIS A   -14                                                      
    REMARK 465     HIS A   -13                                                      
    REMARK 465     HIS A   -12                                                      
    REMARK 465     HIS A   -11                                                      
    REMARK 465     SER A   -10                                                      
    REMARK 465     SER A    -9                                                      
    REMARK 465     GLY A    -8                                                      
    REMARK 465     ARG A    -7                                                      
    REMARK 465     GLU A    -6                                                      
    REMARK 465     ASN A    -5                                                      
    REMARK 465     LEU A    -4                                                      
    REMARK 465     TYR A    -3                                                      
    REMARK 465     PHE A    -2                                                      
    REMARK 465     GLN A    -1                                                      
    REMARK 465     GLY A     0                                                      
    REMARK 465     MSE A     1                                                      
    REMARK 465     GLU A     2                                                      
    REMARK 465     MSE B   -20                                                      
    REMARK 465     GLY B   -19                                                      
    REMARK 465     SER B   -18                                                      
    REMARK 465     SER B   -17                                                      
    REMARK 465     HIS B   -16                                                      
    REMARK 465     HIS B   -15                                                      
    REMARK 465     HIS B   -14                                                      
    REMARK 465     HIS B   -13                                                      
    REMARK 465     HIS B   -12                                                      
    REMARK 465     HIS B   -11                                                      
    REMARK 465     SER B   -10                                                      
    REMARK 465     SER B    -9                                                      
    REMARK 465     GLY B    -8                                                      
    REMARK 465     ARG B    -7                                                      
    REMARK 465     GLU B    -6                                                      
    REMARK 465     ASN B    -5                                                      
    REMARK 465     LEU B    -4                                                      
    REMARK 465     TYR B    -3                                                      
    REMARK 465     PHE B    -2                                                      
    REMARK 465     GLN B    -1                                                      
    REMARK 465     GLY B     0                                                      
    REMARK 465     MSE B     1                                                      
    REMARK 465     MSE C   -20                                                      
    REMARK 465     GLY C   -19                                                      
    REMARK 465     SER C   -18                                                      
    REMARK 465     SER C   -17                                                      
    REMARK 465     HIS C   -16                                                      
    REMARK 465     HIS C   -15                                                      
    REMARK 465     HIS C   -14                                                      
    REMARK 465     HIS C   -13                                                      
    REMARK 465     HIS C   -12                                                      
    REMARK 465     HIS C   -11                                                      
    REMARK 465     SER C   -10                                                      
    REMARK 465     SER C    -9                                                      
    REMARK 465     GLY C    -8                                                      
    REMARK 465     ARG C    -7                                                      
    REMARK 465     GLU C    -6                                                      
    REMARK 465     ASN C    -5                                                      
    REMARK 465     LEU C    -4                                                      
    REMARK 465     TYR C    -3                                                      
    REMARK 465     PHE C    -2                                                      
    REMARK 465     GLN C    -1                                                      
    REMARK 465     GLY C     0                                                      
    REMARK 465     MSE C     1                                                      
    REMARK 465     GLU C     2                                                      
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    ASP A  60      104.75    -58.00                                   
    REMARK 500    PHE A  66      111.90    -39.92                                   
    REMARK 500    ASP B 124     -159.52   -102.70                                   
    REMARK 500    PHE C  66      120.99    -33.95                                   
    REMARK 500    THR C  83     -151.36   -141.92                                   
    REMARK 500    ASP C 124     -166.85    -79.77                                   
    REMARK 500    LYS C 150      141.15    -38.10                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 A 159                 
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: APC7776   RELATED DB: TARGETDB                           
    DBREF  3FUY A    1   158  UNP    B0BGB0   B0BGB0_9BACT     1    158             
    DBREF  3FUY B    1   158  UNP    B0BGB0   B0BGB0_9BACT     1    158             
    DBREF  3FUY C    1   158  UNP    B0BGB0   B0BGB0_9BACT     1    158             
    SEQADV 3FUY MSE A  -20  UNP  B0BGB0              INITIATING METHIONINE          
    SEQADV 3FUY GLY A  -19  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER A  -18  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER A  -17  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -16  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -15  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -14  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -13  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -12  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS A  -11  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER A  -10  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER A   -9  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY A   -8  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ARG A   -7  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLU A   -6  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ASN A   -5  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY LEU A   -4  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY TYR A   -3  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY PHE A   -2  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLN A   -1  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY A    0  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY MSE B  -20  UNP  B0BGB0              INITIATING METHIONINE          
    SEQADV 3FUY GLY B  -19  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER B  -18  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER B  -17  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -16  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -15  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -14  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -13  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -12  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS B  -11  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER B  -10  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER B   -9  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY B   -8  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ARG B   -7  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLU B   -6  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ASN B   -5  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY LEU B   -4  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY TYR B   -3  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY PHE B   -2  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLN B   -1  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY B    0  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY MSE C  -20  UNP  B0BGB0              INITIATING METHIONINE          
    SEQADV 3FUY GLY C  -19  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER C  -18  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER C  -17  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -16  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -15  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -14  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -13  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -12  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY HIS C  -11  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER C  -10  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY SER C   -9  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY C   -8  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ARG C   -7  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLU C   -6  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY ASN C   -5  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY LEU C   -4  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY TYR C   -3  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY PHE C   -2  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLN C   -1  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQADV 3FUY GLY C    0  UNP  B0BGB0              EXPRESSION TAG                 
    SEQRES   1 A  179  MSE GLY SER SER HIS HIS HIS HIS HIS HIS SER SER GLY          
    SEQRES   2 A  179  ARG GLU ASN LEU TYR PHE GLN GLY MSE GLU SER VAL ASN          
    SEQRES   3 A  179  THR SER PHE LEU SER PRO SER LEU VAL THR ILE ARG ASP          
    SEQRES   4 A  179  PHE ASP ASN GLY GLN PHE ALA VAL LEU ARG ILE GLY ARG          
    SEQRES   5 A  179  THR GLY PHE PRO ALA ASP LYS GLY ASP ILE ASP LEU CYS          
    SEQRES   6 A  179  LEU ASP LYS MSE LYS GLY VAL ARG ASP ALA GLN GLN SER          
    SEQRES   7 A  179  ILE GLY ASP ASP THR GLU PHE GLY PHE LYS GLY PRO HIS          
    SEQRES   8 A  179  ILE ARG ILE ARG CYS VAL ASP ILE ASP ASP LYS HIS THR          
    SEQRES   9 A  179  TYR ASN ALA MSE VAL TYR VAL ASP LEU ILE VAL GLY THR          
    SEQRES  10 A  179  GLY ALA SER GLU VAL GLU ARG GLU THR ALA GLU GLU LEU          
    SEQRES  11 A  179  ALA LYS GLU LYS LEU ARG ALA ALA LEU GLN VAL ASP ILE          
    SEQRES  12 A  179  ALA ASP GLU HIS SER CYS VAL THR GLN PHE GLU MSE LYS          
    SEQRES  13 A  179  LEU ARG GLU GLU LEU LEU SER SER ASP SER PHE HIS PRO          
    SEQRES  14 A  179  ASP LYS ASP GLU TYR TYR LYS ASP PHE LEU                      
    SEQRES   1 B  179  MSE GLY SER SER HIS HIS HIS HIS HIS HIS SER SER GLY          
    SEQRES   2 B  179  ARG GLU ASN LEU TYR PHE GLN GLY MSE GLU SER VAL ASN          
    SEQRES   3 B  179  THR SER PHE LEU SER PRO SER LEU VAL THR ILE ARG ASP          
    SEQRES   4 B  179  PHE ASP ASN GLY GLN PHE ALA VAL LEU ARG ILE GLY ARG          
    SEQRES   5 B  179  THR GLY PHE PRO ALA ASP LYS GLY ASP ILE ASP LEU CYS          
    SEQRES   6 B  179  LEU ASP LYS MSE LYS GLY VAL ARG ASP ALA GLN GLN SER          
    SEQRES   7 B  179  ILE GLY ASP ASP THR GLU PHE GLY PHE LYS GLY PRO HIS          
    SEQRES   8 B  179  ILE ARG ILE ARG CYS VAL ASP ILE ASP ASP LYS HIS THR          
    SEQRES   9 B  179  TYR ASN ALA MSE VAL TYR VAL ASP LEU ILE VAL GLY THR          
    SEQRES  10 B  179  GLY ALA SER GLU VAL GLU ARG GLU THR ALA GLU GLU LEU          
    SEQRES  11 B  179  ALA LYS GLU LYS LEU ARG ALA ALA LEU GLN VAL ASP ILE          
    SEQRES  12 B  179  ALA ASP GLU HIS SER CYS VAL THR GLN PHE GLU MSE LYS          
    SEQRES  13 B  179  LEU ARG GLU GLU LEU LEU SER SER ASP SER PHE HIS PRO          
    SEQRES  14 B  179  ASP LYS ASP GLU TYR TYR LYS ASP PHE LEU                      
    SEQRES   1 C  179  MSE GLY SER SER HIS HIS HIS HIS HIS HIS SER SER GLY          
    SEQRES   2 C  179  ARG GLU ASN LEU TYR PHE GLN GLY MSE GLU SER VAL ASN          
    SEQRES   3 C  179  THR SER PHE LEU SER PRO SER LEU VAL THR ILE ARG ASP          
    SEQRES   4 C  179  PHE ASP ASN GLY GLN PHE ALA VAL LEU ARG ILE GLY ARG          
    SEQRES   5 C  179  THR GLY PHE PRO ALA ASP LYS GLY ASP ILE ASP LEU CYS          
    SEQRES   6 C  179  LEU ASP LYS MSE LYS GLY VAL ARG ASP ALA GLN GLN SER          
    SEQRES   7 C  179  ILE GLY ASP ASP THR GLU PHE GLY PHE LYS GLY PRO HIS          
    SEQRES   8 C  179  ILE ARG ILE ARG CYS VAL ASP ILE ASP ASP LYS HIS THR          
    SEQRES   9 C  179  TYR ASN ALA MSE VAL TYR VAL ASP LEU ILE VAL GLY THR          
    SEQRES  10 C  179  GLY ALA SER GLU VAL GLU ARG GLU THR ALA GLU GLU LEU          
    SEQRES  11 C  179  ALA LYS GLU LYS LEU ARG ALA ALA LEU GLN VAL ASP ILE          
    SEQRES  12 C  179  ALA ASP GLU HIS SER CYS VAL THR GLN PHE GLU MSE LYS          
    SEQRES  13 C  179  LEU ARG GLU GLU LEU LEU SER SER ASP SER PHE HIS PRO          
    SEQRES  14 C  179  ASP LYS ASP GLU TYR TYR LYS ASP PHE LEU                      
    MODRES 3FUY MSE A   48  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE A   87  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE A  134  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE B   48  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE B   87  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE B  134  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE C   48  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE C   87  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    MODRES 3FUY MSE C  134  MET  SELENOMETHIONINE                                   
    HET    MSE  A  48       8                                                       
    HET    MSE  A  87       8                                                       
    HET    MSE  A 134       8                                                       
    HET    MSE  B  48       8                                                       
    HET    MSE  B  87       8                                                       
    HET    MSE  B 134       8                                                       
    HET    MSE  C  48       8                                                       
    HET    MSE  C  87       8                                                       
    HET    MSE  C 134       8                                                       
    HET    SO4  A 159       5                                                       
    HETNAM     MSE SELENOMETHIONINE                                                 
    HETNAM     SO4 SULFATE ION                                                      
    FORMUL   1  MSE    9(C5 H11 N O2 SE)                                            
    FORMUL   4  SO4    O4 S 2-                                                      
    FORMUL   5  HOH   *163(H2 O)                                                    
    HELIX    1   1 ASP A   37  GLY A   59  1                                  23    
    HELIX    2   2 SER A   99  LEU A  118  1                                  20    
    HELIX    3   3 LYS A  150  LYS A  155  5                                   6    
    HELIX    4   4 ASP B   37  GLY B   59  1                                  23    
    HELIX    5   5 SER B   99  LEU B  118  1                                  20    
    HELIX    6   6 LYS B  150  LEU B  158  5                                   9    
    HELIX    7   7 ASP C   37  GLY C   59  1                                  23    
    HELIX    8   8 SER C   99  LEU C  118  1                                  20    
    HELIX    9   9 LYS C  150  LYS C  155  5                                   6    
    SHEET    1   A 6 VAL A   4  SER A  10  0                                        
    SHEET    2   A 6 LEU A  13  ASP A  18 -1  O  ARG A  17   N  ASN A   5           
    SHEET    3   A 6 GLN A  23  ARG A  28 -1  O  LEU A  27   N  VAL A  14           
    SHEET    4   A 6 HIS A  70  ASP A  79  1  O  ILE A  78   N  ARG A  28           
    SHEET    5   A 6 ASN A  85  GLY A  95 -1  O  ILE A  93   N  HIS A  70           
    SHEET    6   A 6 VAL A 129  GLU A 139  1  O  LYS A 135   N  LEU A  92           
    SHEET    1   B 6 VAL B   4  SER B  10  0                                        
    SHEET    2   B 6 LEU B  13  ASP B  18 -1  O  ARG B  17   N  ASN B   5           
    SHEET    3   B 6 GLN B  23  ARG B  28 -1  O  LEU B  27   N  VAL B  14           
    SHEET    4   B 6 HIS B  70  ASP B  79  1  O  ILE B  78   N  ARG B  28           
    SHEET    5   B 6 ASN B  85  GLY B  95 -1  O  ILE B  93   N  HIS B  70           
    SHEET    6   B 6 VAL B 129  GLU B 139  1  O  LYS B 135   N  LEU B  92           
    SHEET    1   C 6 VAL C   4  SER C  10  0                                        
    SHEET    2   C 6 LEU C  13  ASP C  18 -1  O  ARG C  17   N  ASN C   5           
    SHEET    3   C 6 GLN C  23  ARG C  28 -1  O  LEU C  27   N  VAL C  14           
    SHEET    4   C 6 HIS C  70  ASP C  79  1  O  ILE C  78   N  ARG C  28           
    SHEET    5   C 6 ASN C  85  GLY C  95 -1  O  ASN C  85   N  ASP C  79           
    SHEET    6   C 6 VAL C 129  GLU C 139  1  O  LYS C 135   N  LEU C  92           
    LINK         C   LYS A  47                 N   MSE A  48     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE A  48                 N   LYS A  49     1555   1555  1.33  
    LINK         C   ALA A  86                 N   MSE A  87     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE A  87                 N   VAL A  88     1555   1555  1.32  
    LINK         C   GLU A 133                 N   MSE A 134     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE A 134                 N   LYS A 135     1555   1555  1.33  
    LINK         C   LYS B  47                 N   MSE B  48     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE B  48                 N   LYS B  49     1555   1555  1.33  
    LINK         C   ALA B  86                 N   MSE B  87     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE B  87                 N   VAL B  88     1555   1555  1.33  
    LINK         C   GLU B 133                 N   MSE B 134     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE B 134                 N   LYS B 135     1555   1555  1.33  
    LINK         C   LYS C  47                 N   MSE C  48     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE C  48                 N   LYS C  49     1555   1555  1.33  
    LINK         C   ALA C  86                 N   MSE C  87     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE C  87                 N   VAL C  88     1555   1555  1.34  
    LINK         C   GLU C 133                 N   MSE C 134     1555   1555  1.33  
    LINK         C   MSE C 134                 N   LYS C 135     1555   1555  1.33  
    CISPEP   1 GLY A   68    PRO A   69          0         1.07                     
    CISPEP   2 GLY B   68    PRO B   69          0        -0.54                     
    CISPEP   3 GLY C   68    PRO C   69          0         2.29                     
    SITE     1 AC1  2 ARG A  31  LYS A  81                                          
    CRYST1   71.572   71.572   92.725  90.00  90.00 120.00 P 32          9          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.013972  0.008067  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.016133  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.010785        0.00000                         

    振動する分子の3次元画像

    変位ベクトル図 (モードを選択してください。3つまで選択できます。)
    画面表示
    アニメーション (モードを選択してください。1つしか選択できません。)
    画面表示

    変位ベクトルの静止画とGIFアニメーション


    Mode 1

    時間平均および10個の最低振動数モードに対する結果

    原子のゆらぎ:
    時間平均と3つの最低振動数モードに対する結果
    二面角のゆらぎ:
    時間平均と3つの最低振動数モードに対する結果
    原子のゆらぎ二面角のゆらぎ

    原子ゆらぎの相関

    Mode 1
    原子ゆらぎの相関 - Mode 1
    時間平均
    時間平均
    距離マップ
    距離マップ

    計算に関するメモ

    PDB file name : pdb3fuy.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A
      ATOM        C
      ATOM        B
      HETATM  MSE A
      HETATM  MSE C
      HETATM  MSE B

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    496  CG  LYS A  67       3.240  34.714   3.956  1.00 74.71           C  
      ATOM    497  CD  LYS A  67       2.979  34.906   2.459  1.00 80.54           C  
      ATOM    498  CE  LYS A  67       4.287  34.998   1.672  1.00 76.89           C  
      ATOM    499  NZ  LYS A  67       4.074  35.111   0.199  1.00 73.67           N  
      ATOM   1204  CG  LYS A 155      -5.533  36.139  31.404  1.00 49.62           C  
      ATOM   1205  CD  LYS A 155      -4.715  37.429  31.362  1.00 56.25           C  
      ATOM   1206  CE  LYS A 155      -5.210  38.383  30.280  1.00 57.96           C  
      ATOM   1207  NZ  LYS A 155      -4.504  39.693  30.361  1.00 64.08           N  
      ATOM   2977  CG  LYS C  67      31.341  28.874  58.302  1.00 63.19           C  
      ATOM   2978  CD  LYS C  67      32.567  29.563  58.902  1.00 68.39           C  
      ATOM   2979  CE  LYS C  67      33.519  30.060  57.813  1.00 75.96           C  
      ATOM   2980  NZ  LYS C  67      34.747  30.706  58.375  1.00 81.43           N  
      ATOM   1519  CG  LYS B  38      12.005  10.326  46.116  1.00 40.70           C  
      ATOM   1520  CD  LYS B  38      13.132   9.419  45.643  1.00 40.08           C  
      ATOM   1521  CE  LYS B  38      14.358  10.206  45.261  1.00 36.14           C  
      ATOM   1522  NZ  LYS B  38      15.427   9.292  44.729  1.00 39.51           N  
      ATOM   1741  CG  LYS B  67     -26.029   0.644  48.919  1.00 52.62           C  
      ATOM   1742  CD  LYS B  67     -26.710  -0.579  49.514  1.00 59.88           C  
      ATOM   1743  CE  LYS B  67     -27.349  -1.432  48.420  1.00 66.33           C  
      ATOM   1744  NZ  LYS B  67     -27.439  -2.866  48.816  1.00 71.42           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00