?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    ELECTRON TRANSPORT                      03-FEB-07   2ORL              
    TITLE     SOLUTION STRUCTURE OF THE CYTOCHROME C- PARA-AMINOPHENOL              
    TITLE    2 ADDUCT                                                               
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: CYTOCHROME C ISO-1;                                        
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND   5 MUTATION: YES                                                        
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SACCHAROMYCES CEREVISIAE;                       
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: BAKER'S YEAST;                                      
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 4932;                                                
    SOURCE   5 GENE: CYC1;                                                          
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE   7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562                                         
    KEYWDS    PROTEIN-LIGAND ADDUCT, ELECTRON TRANSPORT                             
    EXPDTA    SOLUTION NMR                                                          
    NUMMDL    25                                                                    
    AUTHOR    M.ASSFALG,I.BERTINI,R.DEL CONTE,A.GIACHETTI,P.TURANO                  
    REVDAT   3   24-FEB-09 2ORL    1       VERSN                                    
    REVDAT   2   17-JUL-07 2ORL    1       JRNL                                     
    REVDAT   1   24-APR-07 2ORL    0                                                
    JRNL        AUTH   M.ASSFALG,I.BERTINI,R.DEL CONTE,A.GIACHETTI,                 
    JRNL        AUTH 2 P.TURANO                                                     
    JRNL        TITL   CYTOCHROME C AND ORGANIC MOLECULES: SOLUTION                 
    JRNL        TITL 2 STRUCTURE OF THE P-AMINOPHENOL ADDUCT.                       
    JRNL        REF    BIOCHEMISTRY                  V.  46  6232 2007              
    JRNL        REFN                   ISSN 0006-2960                               
    JRNL        PMID   17488096                                                     
    JRNL        DOI    10.1021/BI7002857                                            
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION. NOT APPLICABLE.                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : XPLOR-NIH                                            
    REMARK   3   AUTHORS     : C.D.SCHWIETERS,J.J.KUSZEWSKI,N.TJANDRA,G.M.CLORE     
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: FOUR INTERMOLECULAR NOES WERE USED        
    REMARK   3  TOGETHER WITH INTRA-PROTEIN NOES AND ANGLE CONSTRAINTS              
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 2ORL COMPLIES WITH FORMAT V. 3.15, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 05-FEB-07.                  
    REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB041498.                                      
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 210  EXPERIMENT TYPE                : NMR                                
    REMARK 210  TEMPERATURE           (KELVIN) : 303                                
    REMARK 210  PH                             : 7.0                                
    REMARK 210  IONIC STRENGTH                 : 50 MM PHOSPHATE BUFFER             
    REMARK 210  PRESSURE                       : 1 ATM                              
    REMARK 210  SAMPLE CONTENTS                : 2-3MM CYTOCHROME C U-15N,          
    REMARK 210                                   50MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0,     
    REMARK 210                                   90% H2O, 10% D2O                   
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  NMR EXPERIMENTS CONDUCTED      : 3D_15N-SEPARATED_NOESY             
    REMARK 210  SPECTROMETER FIELD STRENGTH    : 800 MHZ                            
    REMARK 210  SPECTROMETER MODEL             : AVANCE                             
    REMARK 210  SPECTROMETER MANUFACTURER      : BRUKER                             
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  STRUCTURE DETERMINATION.                                            
    REMARK 210   SOFTWARE USED                 : TOPSPIN 1.X, CARA, AUTODOCK        
    REMARK 210   METHOD USED                   : COMBINED DOCKING AND               
    REMARK 210                                   SIMULATED ANNEALING WITH NMR       
    REMARK 210                                   RESTRAINTS                         
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER CALCULATED   : 100                                
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED    : 25                                 
    REMARK 210 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA  : STRUCTURE WITH THE LOWEST          
    REMARK 210                                   INTERACTION ENERGY                 
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : 1                   
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 215                                                                      
    REMARK 215 NMR STUDY                                                            
    REMARK 215 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLUTION           
    REMARK 215 NMR DATA.  PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT                
    REMARK 215 CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON              
    REMARK 215 THESE RECORDS ARE MEANINGLESS.                                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND LENGTHS                                      
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES              
    REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE               
    REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                 
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,2(A3,1X,A1,I4,A1,1X,A4,3X),1X,F6.3)               
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999                        
    REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI ATM1   RES CSSEQI ATM2   DEVIATION                     
    REMARK 500  1 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  1 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.156                       
    REMARK 500  1 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.101                       
    REMARK 500  2 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  2 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500  2 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500  3 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  3 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.155                       
    REMARK 500  3 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500  4 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.155                       
    REMARK 500  4 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.156                       
    REMARK 500  4 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500  5 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  5 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.158                       
    REMARK 500  5 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500  6 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  6 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500  6 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500  7 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  7 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.158                       
    REMARK 500  7 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.103                       
    REMARK 500  8 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  8 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500  8 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.101                       
    REMARK 500  9 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500  9 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.159                       
    REMARK 500  9 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.103                       
    REMARK 500 10 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 10 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500 10 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500 11 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 11 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.156                       
    REMARK 500 11 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500 12 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 12 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500 12 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.102                       
    REMARK 500 13 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 13 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.156                       
    REMARK 500 13 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.103                       
    REMARK 500 14 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 14 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.158                       
    REMARK 500 14 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.104                       
    REMARK 500 15 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 15 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.154                       
    REMARK 500 15 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.101                       
    REMARK 500 16 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 16 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.159                       
    REMARK 500 16 ARG A  91   NE    ARG A  91   CZ      0.104                       
    REMARK 500 17 ARG A  38   CD    ARG A  38   NE     -0.156                       
    REMARK 500 17 ARG A  91   CD    ARG A  91   NE     -0.157                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THIS ENTRY HAS      75 BOND DEVIATIONS.                              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES                                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES              
    REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE               
    REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                 
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1)              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999                        
    REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI ATM1   ATM2   ATM3                                     
    REMARK 500  1 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.4 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.8 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.4 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.2 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.5 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.3 DEGREES          
    REMARK 500  1 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.5 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.6 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.3 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.2 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.5 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.2 DEGREES          
    REMARK 500  2 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.4 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.7 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.4 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.2 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.2 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.3 DEGREES          
    REMARK 500  3 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.6 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.5 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.8 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.4 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.2 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.4 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.2 DEGREES          
    REMARK 500  4 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.5 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.8 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.5 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.3 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.5 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.2 DEGREES          
    REMARK 500  5 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.4 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.9 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  38   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  11.6 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.5 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  38   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =  10.2 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  91   CD  -  NE  -  CZ  ANGL. DEV. =  13.5 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -6.3 DEGREES          
    REMARK 500  6 ARG A  91   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  7 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH1 ANGL. DEV. =  -3.5 DEGREES          
    REMARK 500  7 ARG A  13   NE  -  CZ  -  NH2 ANGL. DEV. =   4.9 DEGREES          
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THIS ENTRY HAS     200 ANGLE DEVIATIONS.                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500  1 GLU A  -4       51.89   -106.96                                   
    REMARK 500  1 ARG A  13      -42.61   -142.96                                   
    REMARK 500  1 LYS A  27     -138.09    -85.73                                   
    REMARK 500  1 HIS A  33       93.46    -64.98                                   
    REMARK 500  1 LYS A  54      -22.05    -36.37                                   
    REMARK 500  1 ASN A  56       45.50     32.25                                   
    REMARK 500  1 TRP A  59      104.52    -58.36                                   
    REMARK 500  1 ASN A  70       89.96   -159.24                                   
    REMARK 500  2 GLU A  -4       54.80   -111.22                                   
    REMARK 500  2 LEU A   9      -80.57    -68.08                                   
    REMARK 500  2 LYS A  27     -135.98   -103.10                                   
    REMARK 500  2 HIS A  33       95.06    -63.97                                   
    REMARK 500  2 GLU A  44       79.14    -68.82                                   
    REMARK 500  2 LYS A  54      -22.03    -35.75                                   
    REMARK 500  2 TRP A  59      109.83    -57.09                                   
    REMARK 500  2 ASN A  70       90.66   -161.33                                   
    REMARK 500  3 GLU A  -4       52.20   -108.29                                   
    REMARK 500  3 THR A  12      -41.91   -135.54                                   
    REMARK 500  3 LYS A  27     -142.89    -91.51                                   
    REMARK 500  3 LYS A  54      -22.18    -36.40                                   
    REMARK 500  3 ASN A  56       46.92     32.91                                   
    REMARK 500  3 TRP A  59      102.44    -56.65                                   
    REMARK 500  3 ASN A  70       84.93   -160.92                                   
    REMARK 500  4 GLU A  -4       75.88   -155.42                                   
    REMARK 500  4 LEU A   9      -80.32    -67.59                                   
    REMARK 500  4 PHE A  10      -39.67    -39.60                                   
    REMARK 500  4 THR A  12       26.99   -141.40                                   
    REMARK 500  4 ARG A  13      -26.78   -144.84                                   
    REMARK 500  4 HIS A  26      105.42    -57.49                                   
    REMARK 500  4 LYS A  27     -138.53    -84.76                                   
    REMARK 500  4 HIS A  33       94.41    -65.48                                   
    REMARK 500  4 GLU A  44       78.21    -68.62                                   
    REMARK 500  4 LYS A  54      -21.98    -36.70                                   
    REMARK 500  4 ASN A  56       42.16     29.38                                   
    REMARK 500  4 ASN A  70       89.99   -164.56                                   
    REMARK 500  5 ARG A  13      -29.58   -147.61                                   
    REMARK 500  5 LYS A  27     -134.73    -89.62                                   
    REMARK 500  5 HIS A  33       96.08    -64.47                                   
    REMARK 500  5 LYS A  54      -21.06    -38.28                                   
    REMARK 500  5 ASN A  56       46.17     27.91                                   
    REMARK 500  5 TRP A  59      106.95    -58.73                                   
    REMARK 500  5 ASN A  70       89.18   -154.41                                   
    REMARK 500  6 THR A  12       16.38   -141.06                                   
    REMARK 500  6 ARG A  13      -31.09   -131.37                                   
    REMARK 500  6 GLN A  16      -35.71    -39.87                                   
    REMARK 500  6 LYS A  27     -135.62    -91.51                                   
    REMARK 500  6 HIS A  33       92.66    -58.86                                   
    REMARK 500  6 TYR A  48     -138.57    -99.23                                   
    REMARK 500  6 LYS A  54      -21.27    -37.69                                   
    REMARK 500  6 ASN A  56       39.97     32.22                                   
    REMARK 500  6 TRP A  59      109.65    -56.32                                   
    REMARK 500  6 ASN A  70       86.09   -165.64                                   
    REMARK 500  7 LEU A   9      -79.62    -66.26                                   
    REMARK 500  7 PHE A  10      -39.13    -38.06                                   
    REMARK 500  7 ARG A  13      -24.29   -140.65                                   
    REMARK 500  7 CYS A  14      -42.49   -133.43                                   
    REMARK 500  7 LYS A  27     -142.35   -105.79                                   
    REMARK 500  7 HIS A  33       93.32    -62.88                                   
    REMARK 500  7 PHE A  36      108.99    -56.07                                   
    REMARK 500  7 LYS A  54      -20.66    -39.86                                   
    REMARK 500  7 ASN A  56       48.48     27.74                                   
    REMARK 500  7 ASN A  70       87.13   -169.26                                   
    REMARK 500  7 PRO A  76       99.58    -66.87                                   
    REMARK 500  8 LEU A   9      -79.53    -66.03                                   
    REMARK 500  8 PHE A  10      -38.70    -38.71                                   
    REMARK 500  8 CYS A  14      -38.39   -131.75                                   
    REMARK 500  8 LYS A  27     -135.35    -97.08                                   
    REMARK 500  8 HIS A  33       93.19    -62.11                                   
    REMARK 500  8 LYS A  54      -21.85    -36.56                                   
    REMARK 500  8 ASN A  56       53.11     24.97                                   
    REMARK 500  8 ASN A  70       88.70   -163.90                                   
    REMARK 500  9 GLU A  -4       67.39   -167.54                                   
    REMARK 500  9 LEU A   9      -79.83    -67.72                                   
    REMARK 500  9 ARG A  13      -31.69   -141.43                                   
    REMARK 500  9 LYS A  27     -131.54    -87.90                                   
    REMARK 500  9 HIS A  33       92.80    -64.69                                   
    REMARK 500  9 LYS A  54      -21.54    -37.46                                   
    REMARK 500  9 ASN A  56       46.25     26.62                                   
    REMARK 500  9 ASN A  70       85.37   -164.81                                   
    REMARK 500 10 ARG A  13      -35.89   -143.92                                   
    REMARK 500 10 LYS A  27     -127.39   -100.40                                   
    REMARK 500 10 HIS A  33       94.32    -57.52                                   
    REMARK 500 10 LYS A  54      -21.25    -37.83                                   
    REMARK 500 10 ASN A  56       50.66     25.72                                   
    REMARK 500 10 ASN A  70       87.46   -164.73                                   
    REMARK 500 10 PRO A  76       96.16    -65.78                                   
    REMARK 500 11 GLU A  -4       56.12   -116.53                                   
    REMARK 500 11 LYS A   4        3.26    -68.43                                   
    REMARK 500 11 ARG A  13      -31.93   -131.92                                   
    REMARK 500 11 LYS A  27     -128.98    -95.61                                   
    REMARK 500 11 HIS A  33       95.01    -57.18                                   
    REMARK 500 11 LYS A  54      -21.98    -38.44                                   
    REMARK 500 11 ASN A  56       47.60     29.45                                   
    REMARK 500 11 TRP A  59      101.34    -55.78                                   
    REMARK 500 11 ASP A  60     -166.75   -123.93                                   
    REMARK 500 11 ASN A  70       89.19   -157.77                                   
    REMARK 500 12 GLU A  -4       54.79   -150.93                                   
    REMARK 500 12 LEU A   9      -80.12    -67.48                                   
    REMARK 500 12 ARG A  13      -27.63   -142.25                                   
    REMARK 500 12 LYS A  27     -135.41    -88.64                                   
    REMARK 500 12 HIS A  33       95.62    -67.86                                   
    REMARK 500 12 LYS A  54      -21.59    -37.71                                   
    REMARK 500 12 ASN A  56       50.60     27.54                                   
    REMARK 500 12 ASN A  70       89.39   -158.31                                   
    REMARK 500 13 GLU A  -4       49.82   -102.09                                   
    REMARK 500 13 LYS A  27     -135.88   -113.57                                   
    REMARK 500 13 HIS A  33       95.01    -62.26                                   
    REMARK 500 13 PHE A  36      109.95    -58.27                                   
    REMARK 500 13 GLU A  44       83.41    -66.76                                   
    REMARK 500 13 LYS A  54      -21.36    -38.13                                   
    REMARK 500 13 ASN A  56       46.08     31.66                                   
    REMARK 500 13 TRP A  59      108.15    -56.51                                   
    REMARK 500 13 ASN A  70       81.58   -162.51                                   
    REMARK 500 14 GLU A  -4       77.01   -156.11                                   
    REMARK 500 14 LEU A   9      -80.97    -69.65                                   
    REMARK 500 14 LYS A  11        3.43    -69.11                                   
    REMARK 500 14 THR A  12      -31.78   -139.74                                   
    REMARK 500 14 LYS A  27     -134.81    -90.60                                   
    REMARK 500 14 LYS A  54      -23.02    -34.92                                   
    REMARK 500 14 ASN A  56       43.60     31.52                                   
    REMARK 500 14 TRP A  59      107.52    -57.60                                   
    REMARK 500 14 ALA A  81       39.61    -84.21                                   
    REMARK 500 15 GLU A  -4       56.21   -115.89                                   
    REMARK 500 15 LEU A   9      -79.98    -65.69                                   
    REMARK 500 15 PHE A  10      -37.49    -39.08                                   
    REMARK 500 15 ARG A  13      -30.47   -141.65                                   
    REMARK 500 15 LYS A  27     -134.54    -98.35                                   
    REMARK 500 15 HIS A  33       91.72    -65.52                                   
    REMARK 500 15 LYS A  54      -21.90    -37.30                                   
    REMARK 500 15 ASN A  56       35.63     37.95                                   
    REMARK 500 15 TRP A  59      107.74    -54.10                                   
    REMARK 500 15 ASN A  70       85.13   -161.96                                   
    REMARK 500 16 ARG A  13      -30.96   -137.62                                   
    REMARK 500 16 CYS A  14      -34.74   -130.15                                   
    REMARK 500 16 GLN A  16      -37.51    -39.96                                   
    REMARK 500 16 LYS A  27     -140.54    -97.23                                   
    REMARK 500 16 HIS A  33       91.24    -65.08                                   
    REMARK 500 16 PHE A  36      103.22    -59.69                                   
    REMARK 500 16 GLU A  44       75.88    -69.98                                   
    REMARK 500 16 LYS A  54      -21.51    -39.18                                   
    REMARK 500 16 ASN A  56       45.74     27.07                                   
    REMARK 500 16 ASN A  70       87.40   -165.01                                   
    REMARK 500 17 LYS A  27     -133.96    -87.87                                   
    REMARK 500 17 HIS A  33       93.28    -67.81                                   
    REMARK 500 17 LYS A  54      -21.85    -37.11                                   
    REMARK 500 17 ASN A  56       46.58     32.60                                   
    REMARK 500 17 TRP A  59       99.04    -61.21                                   
    REMARK 500 17 ASP A  60     -167.06   -121.50                                   
    REMARK 500 17 ASN A  70       85.19   -161.74                                   
    REMARK 500 18 ARG A  13      -41.54   -130.86                                   
    REMARK 500 18 LYS A  27     -130.77    -88.54                                   
    REMARK 500 18 HIS A  33       95.01    -61.29                                   
    REMARK 500 18 LYS A  54      -21.89    -37.37                                   
    REMARK 500 18 ASN A  56       42.69     31.02                                   
    REMARK 500 18 ASN A  70       91.86   -162.67                                   
    REMARK 500 19 GLU A  -4       79.20   -162.14                                   
    REMARK 500 19 LEU A   9      -80.00    -65.60                                   
    REMARK 500 19 ARG A  13      -31.94   -134.12                                   
    REMARK 500 19 CYS A  14      -31.94   -131.63                                   
    REMARK 500 19 LYS A  27     -135.82   -111.68                                   
    REMARK 500 19 HIS A  33       93.93    -55.02                                   
    REMARK 500 19 GLU A  44       83.97    -69.49                                   
    REMARK 500 19 LYS A  54      -21.50    -37.26                                   
    REMARK 500 19 ASN A  56       44.53     30.92                                   
    REMARK 500 19 ASN A  70       87.73   -165.58                                   
    REMARK 500 20 GLU A  -4       82.88   -170.22                                   
    REMARK 500 20 LEU A   9      -79.79    -66.96                                   
    REMARK 500 20 ARG A  13      -30.08   -145.26                                   
    REMARK 500 20 HIS A  26      105.99    -59.11                                   
    REMARK 500 20 LYS A  27     -128.92    -86.07                                   
    REMARK 500 20 HIS A  33       89.19    -61.66                                   
    REMARK 500 20 GLU A  44       81.88    -69.31                                   
    REMARK 500 20 LYS A  54      -23.11    -35.09                                   
    REMARK 500 20 ASN A  56       41.22     35.87                                   
    REMARK 500 20 TRP A  59      109.33    -56.02                                   
    REMARK 500 20 ASN A  70       87.45   -164.77                                   
    REMARK 500 21 GLU A  -4       57.42   -119.66                                   
    REMARK 500 21 LEU A   9      -80.83    -66.88                                   
    REMARK 500 21 THR A  12       20.29   -143.99                                   
    REMARK 500 21 CYS A  14      -31.34   -140.11                                   
    REMARK 500 21 LYS A  27     -140.05    -78.85                                   
    REMARK 500 21 HIS A  33       91.19    -68.74                                   
    REMARK 500 21 LYS A  54      -21.34    -38.12                                   
    REMARK 500 21 ASN A  56       42.82     33.49                                   
    REMARK 500 21 ASN A  70       88.01   -158.95                                   
    REMARK 500 22 GLU A  -4       80.27   -162.14                                   
    REMARK 500 22 LEU A   9      -80.96    -69.14                                   
    REMARK 500 22 LYS A  27     -128.07    -85.98                                   
    REMARK 500 22 HIS A  33       91.31    -64.94                                   
    REMARK 500 22 GLU A  44       82.67    -63.74                                   
    REMARK 500 22 LYS A  54      -21.23    -38.13                                   
    REMARK 500 22 ASN A  56       46.36     29.04                                   
    REMARK 500 22 ASN A  70       89.70   -160.21                                   
    REMARK 500 22 ALA A  81       68.76   -115.06                                   
    REMARK 500 23 LEU A   9      -80.70    -67.14                                   
    REMARK 500 23 THR A  12       19.55   -141.36                                   
    REMARK 500 23 ARG A  13      -16.89   -140.52                                   
    REMARK 500 23 CYS A  14      -38.46   -135.33                                   
    REMARK 500 23 LYS A  27     -136.56   -110.76                                   
    REMARK 500 23 HIS A  33       94.69    -59.84                                   
    REMARK 500 23 PHE A  36      107.23    -55.84                                   
    REMARK 500 23 LYS A  54      -21.59    -37.17                                   
    REMARK 500 23 TRP A  59      108.37    -55.43                                   
    REMARK 500 23 ASN A  70       87.39   -166.55                                   
    REMARK 500 24 LEU A   9      -80.16    -66.43                                   
    REMARK 500 24 ARG A  13      -28.71   -146.76                                   
    REMARK 500 24 LYS A  27     -137.87    -93.34                                   
    REMARK 500 24 HIS A  33       94.74    -61.40                                   
    REMARK 500 24 LYS A  54      -21.73    -36.97                                   
    REMARK 500 24 ASN A  56       43.64     29.20                                   
    REMARK 500 24 TRP A  59      106.30    -56.93                                   
    REMARK 500 24 ASN A  70       88.99   -163.53                                   
    REMARK 500 25 LEU A   9      -79.78    -66.08                                   
    REMARK 500 25 ARG A  13      -18.31   -143.60                                   
    REMARK 500 25 CYS A  14      -35.71   -134.84                                   
    REMARK 500 25 GLN A  16      -36.61    -39.94                                   
    REMARK 500 25 LYS A  27     -134.78    -86.81                                   
    REMARK 500 25 HIS A  33       93.82    -65.09                                   
    REMARK 500 25 LYS A  54      -22.13    -36.75                                   
    REMARK 500 25 ASN A  56       48.81     27.79                                   
    REMARK 500 25 ASN A  70       86.96   -159.48                                   
    REMARK 500 25 ALA A  81       47.59    -88.21                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: PLANAR GROUPS                                              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 PLANAR GROUPS IN THE FOLLOWING RESIDUES HAVE A TOTAL                 
    REMARK 500 RMS DISTANCE OF ALL ATOMS FROM THE BEST-FIT PLANE                    
    REMARK 500 BY MORE THAN AN EXPECTED VALUE OF 6*RMSD, WITH AN                    
    REMARK 500 RMSD 0.02 ANGSTROMS, OR AT LEAST ONE ATOM HAS                        
    REMARK 500 AN RMSD GREATER THAN THIS VALUE                                      
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        RMS     TYPE                                    
    REMARK 500  3 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  5 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 12 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 20 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 22 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 24 ARG A  13         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 METAL COORDINATION                                                   
    REMARK 620  (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;              
    REMARK 620  SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):                            
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                           1 HEC A 104  FE                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 HIS A  18   NE2                                                    
    REMARK 620 2 MET A  80   SD  170.0                                              
    REMARK 620 N                    1                                               
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE HEC A 104                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE 4NL A 105                 
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 2HV4   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 THE SAME PROTEIN WITHOUT LIGANDS                                     
    DBREF  2ORL A   -5   103  UNP    P00044   CYC1_YEAST       2    109             
    SEQADV 2ORL THR A  102  UNP  P00044    CYS   108 ENGINEERED                     
    SEQRES   1 A  108  THR GLU PHE LYS ALA GLY SER ALA LYS LYS GLY ALA THR          
    SEQRES   2 A  108  LEU PHE LYS THR ARG CYS LEU GLN CYS HIS THR VAL GLU          
    SEQRES   3 A  108  LYS GLY GLY PRO HIS LYS VAL GLY PRO ASN LEU HIS GLY          
    SEQRES   4 A  108  ILE PHE GLY ARG HIS SER GLY GLN ALA GLU GLY TYR SER          
    SEQRES   5 A  108  TYR THR ASP ALA ASN ILE LYS LYS ASN VAL LEU TRP ASP          
    SEQRES   6 A  108  GLU ASN ASN MET SER GLU TYR LEU THR ASN PRO LYS LYS          
    SEQRES   7 A  108  TYR ILE PRO GLY THR LYS MET ALA PHE GLY GLY LEU LYS          
    SEQRES   8 A  108  LYS GLU LYS ASP ARG ASN ASP LEU ILE THR TYR LEU LYS          
    SEQRES   9 A  108  LYS ALA THR GLU                                              
    HET    HEC  A 104      75                                                       
    HET    4NL  A 105      15                                                       
    HETNAM     HEC HEME C                                                           
    HETNAM     4NL 4-AMINOPHENOL                                                    
    FORMUL   2  HEC    C34 H34 FE N4 O4                                             
    FORMUL   3  4NL    C6 H7 N O                                                    
    HELIX    1   1 SER A    2  LYS A   11  1                                  10    
    HELIX    2   2 THR A   49  LYS A   54  1                                   6    
    HELIX    3   3 ASN A   62  ASN A   70  1                                   9    
    HELIX    4   4 ASN A   70  ILE A   75  1                                   6    
    HELIX    5   5 LYS A   87  GLU A  103  1                                  17    
    LINK        FE   HEC A 104                 NE2 HIS A  18     1555   1555  2.13  
    LINK        FE   HEC A 104                 SD  MET A  80     1555   1555  2.53  
    LINK         CAB HEC A 104                 SG  CYS A  14     1555   1555  1.83  
    LINK         CAC HEC A 104                 SG  CYS A  17     1555   1555  1.84  
    SITE     1 AC1 22 ARG A  13  CYS A  14  GLN A  16  CYS A  17                    
    SITE     2 AC1 22 HIS A  18  VAL A  28  PRO A  30  LEU A  32                    
    SITE     3 AC1 22 ILE A  35  SER A  40  GLY A  41  GLN A  42                    
    SITE     4 AC1 22 TYR A  46  TYR A  48  THR A  49  ASN A  52                    
    SITE     5 AC1 22 TRP A  59  LEU A  68  THR A  78  LYS A  79                    
    SITE     6 AC1 22 MET A  80  PHE A  82                                          
    SITE     1 AC2  5 PHE A  36  ASP A  60  GLU A  61  LYS A  99                    
    SITE     2 AC2  5 GLU A 103                                                     
    CRYST1    1.000    1.000    1.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    ENDMDL                                                                          
    CONECT  291 1723                                                                
    CONECT  337 1731                                                                
    CONECT  351 1701                                                                
    CONECT 1307 1701                                                                
    CONECT 1701  351 1307 1706 1717                                                 
    CONECT 1701 1725 1733                                                           
    CONECT 1702 1707 1737 1744                                                      
    CONECT 1703 1710 1718 1745                                                      
    CONECT 1704 1721 1726 1746                                                      
    CONECT 1705 1729 1734 1747                                                      
    CONECT 1706 1701 1707 1710                                                      
    CONECT 1707 1702 1706 1708                                                      
    CONECT 1708 1707 1709 1712                                                      
    CONECT 1709 1708 1710 1711                                                      
    CONECT 1710 1703 1706 1709                                                      
    CONECT 1711 1709 1748 1749 1750                                                 
    CONECT 1712 1708 1713 1751 1752                                                 
    CONECT 1713 1712 1714 1753 1754                                                 
    CONECT 1714 1713 1715 1716                                                      
    CONECT 1715 1714                                                                
    CONECT 1716 1714                                                                
    CONECT 1717 1701 1718 1721                                                      
    CONECT 1718 1703 1717 1719                                                      
    CONECT 1719 1718 1720 1722                                                      
    CONECT 1720 1719 1721 1723                                                      
    CONECT 1721 1704 1717 1720                                                      
    CONECT 1722 1719 1755 1756 1757                                                 
    CONECT 1723  291 1720 1724 1758                                                 
    CONECT 1724 1723 1759 1760 1761                                                 
    CONECT 1725 1701 1726 1729                                                      
    CONECT 1726 1704 1725 1727                                                      
    CONECT 1727 1726 1728 1730                                                      
    CONECT 1728 1727 1729 1731                                                      
    CONECT 1729 1705 1725 1728                                                      
    CONECT 1730 1727 1762 1763 1764                                                 
    CONECT 1731  337 1728 1732 1765                                                 
    CONECT 1732 1731 1766 1767 1768                                                 
    CONECT 1733 1701 1734 1737                                                      
    CONECT 1734 1705 1733 1735                                                      
    CONECT 1735 1734 1736 1738                                                      
    CONECT 1736 1735 1737 1739                                                      
    CONECT 1737 1702 1733 1736                                                      
    CONECT 1738 1735 1769 1770 1771                                                 
    CONECT 1739 1736 1740 1772 1773                                                 
    CONECT 1740 1739 1741 1774 1775                                                 
    CONECT 1741 1740 1742 1743                                                      
    CONECT 1742 1741                                                                
    CONECT 1743 1741                                                                
    CONECT 1744 1702                                                                
    CONECT 1745 1703                                                                
    CONECT 1746 1704                                                                
    CONECT 1747 1705                                                                
    CONECT 1748 1711                                                                
    CONECT 1749 1711                                                                
    CONECT 1750 1711                                                                
    CONECT 1751 1712                                                                
    CONECT 1752 1712                                                                
    CONECT 1753 1713                                                                
    CONECT 1754 1713                                                                
    CONECT 1755 1722                                                                
    CONECT 1756 1722                                                                
    CONECT 1757 1722                                                                
    CONECT 1758 1723                                                                
    CONECT 1759 1724                                                                
    CONECT 1760 1724                                                                
    CONECT 1761 1724                                                                
    CONECT 1762 1730                                                                
    CONECT 1763 1730                                                                
    CONECT 1764 1730                                                                
    CONECT 1765 1731                                                                
    CONECT 1766 1732                                                                
    CONECT 1767 1732                                                                
    CONECT 1768 1732                                                                
    CONECT 1769 1738                                                                
    CONECT 1770 1738                                                                
    CONECT 1771 1738                                                                
    CONECT 1772 1739                                                                
    CONECT 1773 1739                                                                
    CONECT 1774 1740                                                                
    CONECT 1775 1740                                                                
    CONECT 1776 1778 1781 1789                                                      
    CONECT 1777 1780 1781 1788                                                      
    CONECT 1778 1776 1779 1784                                                      
    CONECT 1779 1778 1780 1783                                                      
    CONECT 1780 1777 1779 1786                                                      
    CONECT 1781 1776 1777 1782                                                      
    CONECT 1782 1781 1785 1790                                                      
    CONECT 1783 1779 1787                                                           
    CONECT 1784 1778                                                                
    CONECT 1785 1782                                                                
    CONECT 1786 1780                                                                
    CONECT 1787 1783                                                                
    CONECT 1788 1777                                                                
    CONECT 1789 1776                                                                
    CONECT 1790 1782                                                                
    MASTER      474    0    2    5    0    0    8    644725   25   95    9          
    END                                                                             

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb2orl.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM     62  CG  LYS A   4     -15.191  -5.018 -11.965  1.00  0.00           C  
      ATOM     63  CD  LYS A   4     -16.701  -4.769 -11.926  1.00  0.00           C  
      ATOM     64  CE  LYS A   4     -17.023  -3.309 -12.259  1.00  0.00           C  
      ATOM     65  NZ  LYS A   4     -16.635  -2.400 -11.152  1.00  0.00           N  
      ATOM    604  CG  LYS A  73      -0.746   6.047  15.441  1.00  0.00           C  
      ATOM    605  CD  LYS A  73      -0.151   6.909  16.572  1.00  0.00           C  
      ATOM    606  CE  LYS A  73       0.575   6.069  17.633  1.00  0.00           C  
      ATOM    607  NZ  LYS A  73       1.974   5.747  17.247  1.00  0.00           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00