?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    VIRAL PROTEIN/DNA                       21-JAN-08   2JZW              
    TITLE     HOW THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN BINDS AND DESTABILISES             
    TITLE    2 THE (-)PRIMER BINDING SITE DURING REVERSE TRANSCRIPTION              
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN NCP7(12-55);                    
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND   5 MOL_ID: 2;                                                           
    COMPND   6 MOLECULE: DNA (5'-                                                   
    COMPND   7 D(*DGP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DGP*DGP*DGP*DC)-          
    COMPND   8 3');                                                                 
    COMPND   9 CHAIN: B;                                                            
    COMPND  10 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND  11 OTHER_DETAILS: HIV-1 PRIMER BINDING SITE PBS                         
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 SYNTHETIC: YES;                                                      
    SOURCE   3 MOL_ID: 2;                                                           
    SOURCE   4 SYNTHETIC: YES                                                       
    KEYWDS    HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1), NUCLEAR                  
    KEYWDS   2 MAGNETIC RESONANCE (NMR), NUCLEOCAPSID PROTEIN (NCP7),               
    KEYWDS   3 PRIMER BINDING SITE (PBS), EXCHANGE, VIRAL PROTEIN/DNA               
    KEYWDS   4 COMPLEX                                                              
    EXPDTA    SOLUTION NMR                                                          
    NUMMDL    19                                                                    
    AUTHOR    S.BOURBIGOT,N.RAMALANJAONA,G.F.J.SALGADO,Y.MELY,B.P.ROQUES,           
    AUTHOR   2 S.BOUAZIZ,N.MORELLET                                                 
    REVDAT   1   13-JAN-09 2JZW    0                                                
    JRNL        AUTH   S.BOURBIGOT,N.RAMALANJAONA,C.BOUDIER,G.F.SALGADO,            
    JRNL        AUTH 2 B.P.ROQUES,Y.MELY,S.BOUAZIZ,N.MORELLET                       
    JRNL        TITL   HOW THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN BINDS AND                 
    JRNL        TITL 2 DESTABILISES THE (-)PRIMER BINDING SITE DURING               
    JRNL        TITL 3 REVERSE TRANSCRIPTION.                                       
    JRNL        REF    J.MOL.BIOL.                   V. 383  1112 2008              
    JRNL        REFN                   ISSN 0022-2836                               
    JRNL        PMID   18773912                                                     
    JRNL        DOI    10.1016/J.JMB.2008.08.046                                    
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION. NOT APPLICABLE.                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : DISCOVER 2.98                                        
    REMARK   3   AUTHORS     : ACCELRYS                                             
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL                                      
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 2JZW COMPLIES WITH FORMAT V. 3.20, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 24-JAN-08.                  
    REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB100499.                                      
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 210  EXPERIMENT TYPE                : NMR                                
    REMARK 210  TEMPERATURE           (KELVIN) : 293                                
    REMARK 210  PH                             : 6.5                                
    REMARK 210  IONIC STRENGTH                 : 30                                 
    REMARK 210  PRESSURE                       : AMBIENT                            
    REMARK 210  SAMPLE CONTENTS                : 1 MM NCP7(12-55), 1 MM P(-)        
    REMARK 210                                   PBS, 3 MM ZNCL2, 30 MM SODIUM      
    REMARK 210                                   CHLORIDE, 0.2 MM MGCL2, 90%        
    REMARK 210                                   H2O/10% D2O                        
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  NMR EXPERIMENTS CONDUCTED      : 2D 1H-1H NOESY, 2D 1H-1H           
    REMARK 210                                   TOCSY, 2D DQF-COSY                 
    REMARK 210  SPECTROMETER FIELD STRENGTH    : 600 MHZ                            
    REMARK 210  SPECTROMETER MODEL             : AVANCE                             
    REMARK 210  SPECTROMETER MANUFACTURER      : BRUKER                             
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  STRUCTURE DETERMINATION.                                            
    REMARK 210   SOFTWARE USED                 : XWINNMR 3.0                        
    REMARK 210   METHOD USED                   : SIMULATED ANNEALING                
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER CALCULATED   : 100                                
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED    : 19                                 
    REMARK 210 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA  : STRUCTURES WITH THE LEAST          
    REMARK 210                                   RESTRAINT VIOLATIONS,              
    REMARK 210                                   STRUCTURES WITH THE LOWEST         
    REMARK 210                                   ENERGY                             
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : 1                   
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 215                                                                      
    REMARK 215 NMR STUDY                                                            
    REMARK 215 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLUTION           
    REMARK 215 NMR DATA.  PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT                
    REMARK 215 CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON              
    REMARK 215 THESE RECORDS ARE MEANINGLESS.                                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND LENGTHS                                      
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES              
    REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE               
    REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                 
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,2(A3,1X,A1,I4,A1,1X,A4,3X),1X,F6.3)               
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999                        
    REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI ATM1   RES CSSEQI ATM2   DEVIATION                     
    REMARK 500 12  DG B 107   O4'    DG B 107   C4'    -0.063                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES                                       
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES              
    REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE               
    REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                 
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1)              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999                        
    REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996                     
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI ATM1   ATM2   ATM3                                     
    REMARK 500  1 CYS A  49   CA  -  CB  -  SG  ANGL. DEV. =  10.4 DEGREES          
    REMARK 500  1  DG B 101   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   2.0 DEGREES          
    REMARK 500  1  DT B 102   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.6 DEGREES          
    REMARK 500  1  DC B 103   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.3 DEGREES          
    REMARK 500  1  DC B 104   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.8 DEGREES          
    REMARK 500  1  DC B 105   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.5 DEGREES          
    REMARK 500  1  DT B 106   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.0 DEGREES          
    REMARK 500  1  DT B 108   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   4.5 DEGREES          
    REMARK 500  1  DG B 107   C3' -  O3' -  P   ANGL. DEV. =   7.6 DEGREES          
    REMARK 500  1  DT B 109   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.9 DEGREES          
    REMARK 500  1  DC B 110   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   4.2 DEGREES          
    REMARK 500  1  DG B 111   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   4.6 DEGREES          
    REMARK 500  1  DG B 113   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   2.9 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 102   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.4 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 102   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -3.8 DEGREES          
    REMARK 500  2  DC B 103   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.0 DEGREES          
    REMARK 500  2  DC B 104   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   4.9 DEGREES          
    REMARK 500  2  DC B 105   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.6 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 106   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.6 DEGREES          
    REMARK 500  2  DG B 107   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   3.8 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 108   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -4.0 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 109   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   4.3 DEGREES          
    REMARK 500  2  DT B 109   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -3.7 DEGREES          
    REMARK 500  2  DC B 110   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.0 DEGREES          
    REMARK 500  2  DG B 111   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   4.9 DEGREES          
    REMARK 500  2  DG B 113   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   4.8 DEGREES          
    REMARK 500  2  DC B 114   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.8 DEGREES          
    REMARK 500  2  DG B 113   C3' -  O3' -  P   ANGL. DEV. =   8.0 DEGREES          
    REMARK 500  3  DG B 101   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   2.8 DEGREES          
    REMARK 500  3  DT B 102   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.7 DEGREES          
    REMARK 500  3  DT B 102   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -3.9 DEGREES          
    REMARK 500  3  DC B 103   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.0 DEGREES          
    REMARK 500  3  DC B 105   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   4.1 DEGREES          
    REMARK 500  3  DT B 106   O4' -  C1' -  C2' ANGL. DEV. =  -4.8 DEGREES          
    REMARK 500  3  DG B 107   C4' -  C3' -  C2' ANGL. DEV. =  -4.9 DEGREES          
    REMARK 500  3  DG B 107   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   3.2 DEGREES          
    REMARK 500  3  DT B 108   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -4.1 DEGREES          
    REMARK 500  3  DT B 109   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   5.3 DEGREES          
    REMARK 500  3  DC B 110   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   7.3 DEGREES          
    REMARK 500  3  DG B 111   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   2.8 DEGREES          
    REMARK 500  3  DG B 113   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   3.0 DEGREES          
    REMARK 500  3  DC B 114   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.0 DEGREES          
    REMARK 500  4 CYS A  49   CA  -  CB  -  SG  ANGL. DEV. =   6.8 DEGREES          
    REMARK 500  4  DG B 101   O4' -  C1' -  N9  ANGL. DEV. =   4.9 DEGREES          
    REMARK 500  4  DT B 102   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   3.8 DEGREES          
    REMARK 500  4  DC B 103   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.2 DEGREES          
    REMARK 500  4  DC B 105   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   6.0 DEGREES          
    REMARK 500  4  DT B 106   O4' -  C1' -  N1  ANGL. DEV. =   2.6 DEGREES          
    REMARK 500  4  DT B 106   N3  -  C2  -  O2  ANGL. DEV. =  -4.0 DEGREES          
    REMARK 500  4  DT B 106   C6  -  C5  -  C7  ANGL. DEV. =  -3.9 DEGREES          
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 THIS ENTRY HAS     290 ANGLE DEVIATIONS.                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500  1 CYS A  18      -28.94   -151.70                                   
    REMARK 500  1 GLU A  21     -163.43    -77.17                                   
    REMARK 500  1 CYS A  36      113.25    -34.42                                   
    REMARK 500  1 LYS A  38      -70.31    -75.19                                   
    REMARK 500  1 LYS A  41      159.70    -49.47                                   
    REMARK 500  1 THR A  50       32.75   -141.63                                   
    REMARK 500  1 GLU A  51      -88.82    -62.66                                   
    REMARK 500  2 CYS A  18      -33.37   -155.04                                   
    REMARK 500  2 ARG A  29       64.36   -103.12                                   
    REMARK 500  2 LYS A  34      -67.53    -95.14                                   
    REMARK 500  2 CYS A  36      117.14    -39.27                                   
    REMARK 500  2 LYS A  38      -71.81    -76.79                                   
    REMARK 500  2 CYS A  49      -82.04    -37.88                                   
    REMARK 500  2 GLU A  51      -86.04    -74.30                                   
    REMARK 500  2 ARG A  52       54.00    -90.62                                   
    REMARK 500  3 CYS A  18      -25.75   -150.40                                   
    REMARK 500  3 GLU A  21     -166.87    -77.84                                   
    REMARK 500  3 LYS A  38      -75.80    -73.17                                   
    REMARK 500  3 THR A  50       35.93   -159.32                                   
    REMARK 500  3 ARG A  52       41.10    -81.51                                   
    REMARK 500  4 CYS A  18      -30.14   -153.90                                   
    REMARK 500  4 GLU A  51      -81.14    -48.08                                   
    REMARK 500  4 ARG A  52       41.94   -105.68                                   
    REMARK 500  4 GLN A  53       95.27    -67.37                                   
    REMARK 500  4 ALA A  54       55.47   -157.80                                   
    REMARK 500  5 CYS A  18      -29.12   -153.45                                   
    REMARK 500  5 GLU A  21     -165.96    -77.70                                   
    REMARK 500  5 ARG A  29       60.32     62.62                                   
    REMARK 500  6 CYS A  18      -35.11   -147.85                                   
    REMARK 500  6 GLU A  21     -163.73    -79.43                                   
    REMARK 500  6 CYS A  28      103.82    -54.54                                   
    REMARK 500  6 LYS A  38      -79.61    -70.08                                   
    REMARK 500  6 CYS A  49      148.29    -36.13                                   
    REMARK 500  6 THR A  50       12.27   -147.25                                   
    REMARK 500  6 GLU A  51      -75.58    -11.18                                   
    REMARK 500  6 ARG A  52       45.80   -140.77                                   
    REMARK 500  7 CYS A  18      -15.32   -149.40                                   
    REMARK 500  7 CYS A  36      110.03    -23.20                                   
    REMARK 500  7 LYS A  38      -76.12    -73.67                                   
    REMARK 500  7 GLU A  51      -80.76    -54.75                                   
    REMARK 500  8 CYS A  18      -31.76   -152.66                                   
    REMARK 500  8 GLU A  21     -166.50    -77.31                                   
    REMARK 500  8 CYS A  28      107.90    -55.73                                   
    REMARK 500  8 LYS A  38      -75.07    -73.57                                   
    REMARK 500  8 CYS A  49      154.99    -48.04                                   
    REMARK 500  8 THR A  50       37.48   -150.93                                   
    REMARK 500  8 GLU A  51      -95.73   -100.44                                   
    REMARK 500  8 GLN A  53       91.10    -67.96                                   
    REMARK 500  9 CYS A  18      -23.64   -147.35                                   
    REMARK 500  9 GLU A  21     -161.26    -74.81                                   
    REMARK 500  9 LYS A  38      -75.59    -68.15                                   
    REMARK 500  9 CYS A  49     -100.16    -15.27                                   
    REMARK 500  9 GLU A  51      -82.88    -48.25                                   
    REMARK 500  9 GLN A  53      -42.88   -142.00                                   
    REMARK 500  9 ALA A  54       76.70     66.18                                   
    REMARK 500 10 CYS A  18      -41.86   -156.39                                   
    REMARK 500 10 LYS A  38      -73.89    -57.70                                   
    REMARK 500 10 THR A  50       20.56   -156.09                                   
    REMARK 500 10 GLU A  51      -78.54    -34.28                                   
    REMARK 500 10 ALA A  54      -65.22     73.09                                   
    REMARK 500 11 CYS A  18      -32.17   -153.43                                   
    REMARK 500 11 CYS A  36      105.71    -25.04                                   
    REMARK 500 11 LYS A  38      -75.37    -74.22                                   
    REMARK 500 11 GLU A  51      -82.33    -43.25                                   
    REMARK 500 11 ARG A  52       38.53    -97.94                                   
    REMARK 500 12 CYS A  18      -43.04   -144.24                                   
    REMARK 500 12 LYS A  38      -76.37    -75.11                                   
    REMARK 500 12 THR A  50       38.62   -159.12                                   
    REMARK 500 12 GLU A  51     -109.49    -84.28                                   
    REMARK 500 12 ARG A  52       64.51   -102.42                                   
    REMARK 500 13 CYS A  36      113.35    -36.58                                   
    REMARK 500 13 LYS A  38      -73.45    -76.15                                   
    REMARK 500 13 CYS A  49      155.67    -46.40                                   
    REMARK 500 13 GLU A  51      -77.97    -64.59                                   
    REMARK 500 13 GLN A  53     -165.84    -68.04                                   
    REMARK 500 14 CYS A  18      -28.00   -151.68                                   
    REMARK 500 14 GLU A  21     -163.13    -78.41                                   
    REMARK 500 14 LYS A  38      -78.57    -72.50                                   
    REMARK 500 14 THR A  50       40.59   -152.41                                   
    REMARK 500 14 GLU A  51      -80.74    -76.64                                   
    REMARK 500 14 ALA A  54      -75.07     67.18                                   
    REMARK 500 15 LYS A  14       91.41    -65.20                                   
    REMARK 500 15 CYS A  15      109.27    -39.19                                   
    REMARK 500 15 CYS A  18      -42.84   -151.99                                   
    REMARK 500 15 ARG A  29       52.22   -100.25                                   
    REMARK 500 15 LYS A  38      -70.67    -69.27                                   
    REMARK 500 15 CYS A  49      -81.93    -20.48                                   
    REMARK 500 15 GLU A  51      -80.00    -79.25                                   
    REMARK 500 16 CYS A  28      109.81    -47.18                                   
    REMARK 500 16 LYS A  38      -79.32    -75.41                                   
    REMARK 500 16 GLU A  51      -81.90    -46.93                                   
    REMARK 500 16 ALA A  54      106.38   -167.70                                   
    REMARK 500 17 CYS A  18      -15.56   -157.96                                   
    REMARK 500 17 CYS A  49      152.02    -37.82                                   
    REMARK 500 17 THR A  50       42.52   -157.68                                   
    REMARK 500 17 GLU A  51      -86.33    -92.20                                   
    REMARK 500 17 ARG A  52       71.73   -113.47                                   
    REMARK 500 17 GLN A  53     -179.28     60.83                                   
    REMARK 500 18 CYS A  18      -30.90   -160.06                                   
    REMARK 500 18 GLU A  21     -162.46    -74.98                                   
    REMARK 500 18 CYS A  36      115.93    -39.71                                   
    REMARK 500 18 CYS A  49      147.77    -27.63                                   
    REMARK 500 18 GLU A  51     -101.18    -68.90                                   
    REMARK 500 18 GLN A  53      -82.25    -74.84                                   
    REMARK 500 19 CYS A  18      -35.70   -139.49                                   
    REMARK 500 19 GLU A  21     -165.28    -73.71                                   
    REMARK 500 19 LYS A  38      -70.73    -66.96                                   
    REMARK 500 19 GLU A  51      -77.53    -28.27                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: PLANAR GROUPS                                              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 PLANAR GROUPS IN THE FOLLOWING RESIDUES HAVE A TOTAL                 
    REMARK 500 RMS DISTANCE OF ALL ATOMS FROM THE BEST-FIT PLANE                    
    REMARK 500 BY MORE THAN AN EXPECTED VALUE OF 6*RMSD, WITH AN                    
    REMARK 500 RMSD 0.02 ANGSTROMS, OR AT LEAST ONE ATOM HAS                        
    REMARK 500 AN RMSD GREATER THAN THIS VALUE                                      
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        RMS     TYPE                                    
    REMARK 500  1  DT B 108         0.14    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  2  DC B 105         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  2  DG B 107         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  2  DT B 108         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  2  DG B 112         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  3  DC B 104         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  3  DG B 107         0.15    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  4  DC B 105         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  4  DT B 108         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  4  DT B 109         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  4  DC B 110         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  5  DT B 108         0.13    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  5  DG B 111         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  5  DG B 113         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  7  DT B 108         0.15    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  7  DC B 110         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  8  DC B 104         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  8  DT B 108         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  8  DC B 110         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  8  DG B 112         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  9 PHE A  16         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  9  DG B 107         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500  9  DT B 108         0.12    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 10  DC B 110         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 11 PHE A  16         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 11  DG B 107         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 11  DT B 109         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 11  DG B 111         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 12  DC B 110         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 12  DG B 111         0.12    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 12  DG B 113         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 12  DC B 114         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 13  DG B 107         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 13  DT B 108         0.16    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 13  DT B 109         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 13  DG B 111         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 13  DG B 112         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 14 PHE A  16         0.10    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 14  DC B 104         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 14  DG B 107         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 14  DG B 111         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 15  DG B 107         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 15  DT B 109         0.11    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 15  DG B 111         0.10    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 15  DG B 112         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 16  DC B 104         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 16  DG B 111         0.05    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 17  DT B 106         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 17  DT B 109         0.14    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 17  DG B 111         0.07    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 17  DG B 112         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 18 ARG A  26         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 18  DC B 104         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 18  DG B 107         0.08    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 18  DT B 109         0.10    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 19 PHE A  16         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 19  DG B 107         0.05    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 19  DT B 108         0.06    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500 19  DC B 114         0.09    SIDE_CHAIN                              
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 METAL COORDINATION                                                   
    REMARK 620  (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;              
    REMARK 620  SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):                            
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                           1  ZN A  56  ZN                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 CYS A  15   SG                                                     
    REMARK 620 2 CYS A  18   SG  111.4                                              
    REMARK 620 3 HIS A  23   NE2 104.8 112.3                                        
    REMARK 620 4 CYS A  28   SG  108.4 110.0 109.8                                  
    REMARK 620 N                    1     2     3                                   
    REMARK 620                                                                      
    REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL                         
    REMARK 620                           1  ZN A  57  ZN                            
    REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM                                                    
    REMARK 620 1 CYS A  36   SG                                                     
    REMARK 620 2 CYS A  39   SG  105.0                                              
    REMARK 620 3 HIS A  44   NE2 107.4 111.6                                        
    REMARK 620 4 CYS A  49   SG  105.3 116.2 110.6                                  
    REMARK 620 N                    1     2     3                                   
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE ZN A 56                   
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE ZN A 57                   
    DBREF  2JZW B  101   114  PDB    2JZW     2JZW           101    114             
    DBREF  2JZW A   12    55  PDB    2JZW     2JZW            12     55             
    SEQRES   1 A   44  ASN VAL LYS CYS PHE ASN CYS GLY LYS GLU GLY HIS THR          
    SEQRES   2 A   44  ALA ARG ASN CYS ARG ALA PRO ARG LYS LYS GLY CYS TRP          
    SEQRES   3 A   44  LYS CYS GLY LYS GLU GLY HIS GLN MET LYS ASP CYS THR          
    SEQRES   4 A   44  GLU ARG GLN ALA ASN                                          
    SEQRES   1 B   14   DG  DT  DC  DC  DC  DT  DG  DT  DT  DC  DG  DG  DG          
    SEQRES   2 B   14   DC                                                          
    HET     ZN  A  56       1                                                       
    HET     ZN  A  57       1                                                       
    HETNAM      ZN ZINC ION                                                         
    FORMUL   3   ZN    2(ZN 2+)                                                     
    HELIX    1   1 THR A   24  CYS A   28  5                                   5    
    LINK         SG  CYS A  15                ZN    ZN A  56     1555   1555  2.23  
    LINK         SG  CYS A  18                ZN    ZN A  56     1555   1555  2.24  
    LINK         NE2 HIS A  23                ZN    ZN A  56     1555   1555  2.04  
    LINK         SG  CYS A  28                ZN    ZN A  56     1555   1555  2.23  
    LINK         SG  CYS A  36                ZN    ZN A  57     1555   1555  2.28  
    LINK         SG  CYS A  39                ZN    ZN A  57     1555   1555  2.25  
    LINK         NE2 HIS A  44                ZN    ZN A  57     1555   1555  2.07  
    LINK         SG  CYS A  49                ZN    ZN A  57     1555   1555  2.33  
    SITE     1 AC1  3 CYS A  15  CYS A  18  HIS A  23                               
    SITE     1 AC2  5 CYS A  36  CYS A  39  LYS A  41  HIS A  44                    
    SITE     2 AC2  5 GLN A  45                                                     
    CRYST1    1.000    1.000    1.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb2jzw.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A
      ATOM        B

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM     21  CG  LYS A  14      -5.657  -7.882   2.034  1.00  0.00           C  
      ATOM     22  CD  LYS A  14      -4.932  -8.386   3.287  1.00  0.00           C  
      ATOM     23  CE  LYS A  14      -4.306  -9.759   3.029  1.00  0.00           C  
      ATOM     24  NZ  LYS A  14      -3.572 -10.249   4.210  1.00  0.00           N  
      ATOM     65  CG  LYS A  20     -12.818  -2.643   5.479  1.00  0.00           C  
      ATOM     66  CD  LYS A  20     -13.909  -1.599   5.731  1.00  0.00           C  
      ATOM     67  CE  LYS A  20     -14.811  -2.060   6.881  1.00  0.00           C  
      ATOM     68  NZ  LYS A  20     -15.879  -1.084   7.160  1.00  0.00           N  
      ATOM    177  CG  LYS A  34       3.481  11.705   1.430  1.00  0.00           C  
      ATOM    178  CD  LYS A  34       4.495  12.747   1.916  1.00  0.00           C  
      ATOM    179  CE  LYS A  34       3.794  14.027   2.383  1.00  0.00           C  
      ATOM    180  NZ  LYS A  34       4.768  15.038   2.833  1.00  0.00           N  
      ATOM    317  CG  ARG A  52      13.233  -7.108   5.318  1.00  0.00           C  
      ATOM    318  CD  ARG A  52      13.585  -6.787   6.774  1.00  0.00           C  
      ATOM    319  NE  ARG A  52      15.026  -6.939   7.013  1.00  0.00           N  
      ATOM    320  CZ  ARG A  52      15.637  -6.709   8.187  1.00  0.00           C  
      ATOM    321  NH1 ARG A  52      14.934  -6.313   9.258  1.00  0.00           N  
      ATOM    322  NH2 ARG A  52      16.962  -6.877   8.288  1.00  0.00           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00
    167327
    PDB entries from 2020-08-05