?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    VIRAL PROTEIN                           08-SEP-05   2C0X              
    TITLE     MOLECULAR STRUCTURE OF FD FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE REFINED           
    TITLE    2 WITH RESPECT TO X-RAY FIBRE DIFFRACTION AND SOLID-STATE              
    TITLE    3 NMR DATA                                                             
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: COAT PROTEIN B;                                            
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 SYNONYM: FD GENE 8 COAT PROTEIN, MAJOR COAT PROTEIN;                 
    COMPND   5 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND   6 MUTATION: YES                                                        
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ENTEROBACTERIA PHAGE FD;                        
    SOURCE   3 ORGANISM_TAXID: 10864;                                               
    SOURCE   4 ATCC: 15669-B2;                                                      
    SOURCE   5 OTHER_DETAILS: H. HOFFMANN-BERLING Z. NATURFORSCH. SECT. B BIOSCI.   
    SOURCE   6  18\: 876, 1963                                                      
    KEYWDS    VIRAL PROTEIN, FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE, ALPHA-HELIX, MEMBRANE       
    KEYWDS   2 PROTEINS, STRUCTURAL PROTEIN, TRANSMEMBRANE, HELICAL VIRUS           
    EXPDTA    SOLID-STATE NMR                                                       
    MDLTYP    MINIMIZED AVERAGE                                                     
    AUTHOR    D.A.MARVIN,L.C.WELSH,M.F.SYMMONS,W.R.P.SCOTT,S.K.STRAUS               
    REVDAT   3   13-JUL-11 2C0X    1       VERSN                                    
    REVDAT   2   24-FEB-09 2C0X    1       VERSN                                    
    REVDAT   1   14-DEC-05 2C0X    0                                                
    JRNL        AUTH   D.A.MARVIN,L.C.WELSH,M.F.SYMMONS,W.R.P.SCOTT,S.K.STRAUS      
    JRNL        TITL   MOLECULAR STRUCTURE OF FD (F1, M13) FILAMENTOUS              
    JRNL        TITL 2 BACTERIOPHAGE REFINED WITH RESPECT TO X-RAY FIBRE            
    JRNL        TITL 3 DIFFRACTION AND SOLID-STATE NMR DATA SUPPORTS SPECIFIC       
    JRNL        TITL 4 MODELS OF PHAGE ASSEMBLY AT THE BACTERIAL MEMBRANE.          
    JRNL        REF    J.MOL.BIOL.                   V. 355   294 2006              
    JRNL        REFN                   ISSN 0022-2836                               
    JRNL        PMID   16300790                                                     
    JRNL        DOI    10.1016/J.JMB.2005.10.048                                    
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   1 REFERENCE 1                                                          
    REMARK   1  AUTH   D.A.MARVIN,R.D.HALE,C.NAVE,M.HELMER-CITTERICH                
    REMARK   1  TITL   MOLECULAR MODELS AND STRUCTURAL COMPARISONS OF NATIVE AND    
    REMARK   1  TITL 2 MUTANT CLASS I FILAMENTOUS BACTERIOPHAGES FF (FD, F1, M13),  
    REMARK   1  TITL 3 IF1 AND IKE                                                  
    REMARK   1  REF    J.MOL.BIOL.                   V. 235   260 1994              
    REMARK   1  REFN                   ISSN 0022-2836                               
    REMARK   1  PMID   8289247                                                      
    REMARK   1  DOI    10.1016/S0022-2836(05)80032-4                                
    REMARK   1 REFERENCE 2                                                          
    REMARK   1  AUTH   D.A.MARVIN                                                   
    REMARK   1  TITL   MODEL-BUILDING STUDIES OF INOVIRUS: GENETIC VARIATIONS ON A  
    REMARK   1  TITL 2 GEOMETRIC THEME                                              
    REMARK   1  REF    INT.J.BIOL.MACROMOL.          V.  12   125 1990              
    REMARK   1  REFN                   ISSN 0141-8130                               
    REMARK   1  PMID   2078529                                                      
    REMARK   1  DOI    10.1016/0141-8130(90)90064-H                                 
    REMARK   1 REFERENCE 3                                                          
    REMARK   1  AUTH   M.F.SYMMONS,L.C.WELSH,C.NAVE,D.A.MARVIN,R.N.PERHAM           
    REMARK   1  TITL   MATCHING ELECTROSTATIC CHARGE BETWEEN DNA AND COAT PROTEIN   
    REMARK   1  TITL 2 IN FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE. FIBRE DIFFRACTION OF           
    REMARK   1  TITL 3 CHARGE-DELETION MUTANTS.                                     
    REMARK   1  REF    J.MOL.BIOL.                   V. 245    86 1995              
    REMARK   1  REFN                   ISSN 0022-2836                               
    REMARK   1  PMID   7799436                                                      
    REMARK   1  DOI    10.1006/JMBI.1994.0009                                       
    REMARK   1 REFERENCE 4                                                          
    REMARK   1  AUTH   A.C.ZERI,M.F.MESLEH,A.A.NEVZOROV,S.J.OPELLA                  
    REMARK   1  TITL   STRUCTURE OF THE COAT PROTEIN IN FD FILAMENTOUS              
    REMARK   1  TITL 2 BACTERIOPHAGE PARTICLES DETERMINED BY SOLID-STATE NMR        
    REMARK   1  TITL 3 SPECTROSCOPY                                                 
    REMARK   1  REF    PROC.NATL.ACAD.SCI.USA        V. 100  6458 2003              
    REMARK   1  REFN                   ISSN 0027-8424                               
    REMARK   1  PMID   12750469                                                     
    REMARK   1  DOI    10.1073/PNAS.1132059100                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION. NOT APPLICABLE.                                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : NULL                                                 
    REMARK   3   AUTHORS     : NULL                                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL                                      
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 2C0X COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBE ON 06-SEP-05                   
    REMARK 100 THE PDBE ID CODE IS EBI-25542                                        
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 210  EXPERIMENT TYPE                : NMR                                
    REMARK 210  TEMPERATURE           (KELVIN) : 338.0                              
    REMARK 210  PH                             : NULL                               
    REMARK 210  IONIC STRENGTH                 : NULL                               
    REMARK 210  PRESSURE                       : NULL                               
    REMARK 210  SAMPLE CONTENTS                : NULL                               
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  NMR EXPERIMENTS CONDUCTED      : NULL                               
    REMARK 210  SPECTROMETER FIELD STRENGTH    : NULL                               
    REMARK 210  SPECTROMETER MODEL             : NULL                               
    REMARK 210  SPECTROMETER MANUFACTURER      : OTHER                              
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210  STRUCTURE DETERMINATION.                                            
    REMARK 210   SOFTWARE USED                 : CNS-SS02                           
    REMARK 210   METHOD USED                   : NULL                               
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER CALCULATED   : NULL                               
    REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED    : NULL                               
    REMARK 210 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA  : NULL                               
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : NULL                
    REMARK 210                                                                      
    REMARK 210 REMARK: THE STRUCTURE WAS REFINED FROM EBI-25479 USING THE           
    REMARK 210  PISEMA DATA PUBLISHED IN REFERENCE 4                                
    REMARK 217                                                                      
    REMARK 217 SOLID STATE NMR STUDY                                                
    REMARK 217 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLID              
    REMARK 217 STATE NMR DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT           
    REMARK 217 CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON              
    REMARK 217 THESE RECORDS ARE MEANINGLESS.                                       
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 THIS ENTRY CONTAINS THE UNIQUE NON-CRYSTALLOGRAPHIC REPEAT           
    REMARK 300 UNIT, WHICH CONSISTS OF 1  CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR              
    REMARK 300 INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).                
    REMARK 300 THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR                   
    REMARK 300 HELICAL SYMMETRY WITH THE FOLLOWING PARAMETERS:                      
    REMARK 300 ROTATION PER SUBUNIT (TWIST) = -36.00 DEGREES                        
    REMARK 300 RISE PER SUBUNIT (HEIGHT) = 16.15 ANGSTROMS                          
    REMARK 300 IN ADDITION, THERE IS 5-FOLD CIRCULAR                                
    REMARK 300 SYMMETRY AROUND THE HELIX AXIS                                       
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 GENERATING THE BIOMOLECULE                                           
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
    REMARK 350   BIOMT1   1 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000      -80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1   2 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   2 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000  1.000000      -80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1   3  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   3 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   3  0.000000  0.000000  1.000000      -80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1   4  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   4  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   4  0.000000  0.000000  1.000000      -80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1   5 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   5  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   5  0.000000  0.000000  1.000000      -80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1   6 -0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   6  0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   6  0.000000  0.000000  1.000000      -64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1   7 -0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   7 -0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   7  0.000000  0.000000  1.000000      -64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1   8  0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   8 -0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   8  0.000000  0.000000  1.000000      -64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1   9  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   9  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   9  0.000000  0.000000  1.000000      -64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  10  0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  10  0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  10  0.000000  0.000000  1.000000      -64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  11 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  11  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  11  0.000000  0.000000  1.000000      -48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  12 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  12  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  12  0.000000  0.000000  1.000000      -48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  13 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  13 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  13  0.000000  0.000000  1.000000      -48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  14  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  14 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  14  0.000000  0.000000  1.000000      -48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  15  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  15  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  15  0.000000  0.000000  1.000000      -48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  16  0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  16  0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  16  0.000000  0.000000  1.000000      -32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  17 -0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  17  0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  17  0.000000  0.000000  1.000000      -32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  18 -0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  18 -0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  18  0.000000  0.000000  1.000000      -32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  19  0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  19 -0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  19  0.000000  0.000000  1.000000      -32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  20  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  20  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  20  0.000000  0.000000  1.000000      -32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  21  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  21  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  21  0.000000  0.000000  1.000000      -16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  22 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  22  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  22  0.000000  0.000000  1.000000      -16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  23 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  23  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  23  0.000000  0.000000  1.000000      -16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  24 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  24 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  24  0.000000  0.000000  1.000000      -16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  25  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  25 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  25  0.000000  0.000000  1.000000      -16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  26  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  26  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  26  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1  27  0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  27  0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  27  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1  28 -0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  28  0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  28  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1  29 -0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  29 -0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  29  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1  30  0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  30 -0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  30  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1  31  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  31 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  31  0.000000  0.000000  1.000000       16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  32  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  32  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  32  0.000000  0.000000  1.000000       16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  33 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  33  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  33  0.000000  0.000000  1.000000       16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  34 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  34  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  34  0.000000  0.000000  1.000000       16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  35 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  35 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  35  0.000000  0.000000  1.000000       16.15000            
    REMARK 350   BIOMT1  36  0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  36 -0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  36  0.000000  0.000000  1.000000       32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  37  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  37  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  37  0.000000  0.000000  1.000000       32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  38  0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  38  0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  38  0.000000  0.000000  1.000000       32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  39 -0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  39  0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  39  0.000000  0.000000  1.000000       32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  40 -0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  40 -0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  40  0.000000  0.000000  1.000000       32.30000            
    REMARK 350   BIOMT1  41 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  41 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  41  0.000000  0.000000  1.000000       48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  42  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  42 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  42  0.000000  0.000000  1.000000       48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  43  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  43  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  43  0.000000  0.000000  1.000000       48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  44 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  44  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  44  0.000000  0.000000  1.000000       48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  45 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  45  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  45  0.000000  0.000000  1.000000       48.45000            
    REMARK 350   BIOMT1  46 -0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  46 -0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  46  0.000000  0.000000  1.000000       64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  47  0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  47 -0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  47  0.000000  0.000000  1.000000       64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  48  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  48  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  48  0.000000  0.000000  1.000000       64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  49  0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  49  0.951057  0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  49  0.000000  0.000000  1.000000       64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  50 -0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  50  0.587785 -0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  50  0.000000  0.000000  1.000000       64.60000            
    REMARK 350   BIOMT1  51 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  51  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  51  0.000000  0.000000  1.000000       80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1  52 -0.309017  0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  52 -0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  52  0.000000  0.000000  1.000000       80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1  53  0.809017  0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  53 -0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  53  0.000000  0.000000  1.000000       80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1  54  0.809017 -0.587785  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  54  0.587785  0.809017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  54  0.000000  0.000000  1.000000       80.75000            
    REMARK 350   BIOMT1  55 -0.309017 -0.951057  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2  55  0.951057 -0.309017  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3  55  0.000000  0.000000  1.000000       80.75000            
    REMARK 400                                                                      
    REMARK 400 COMPOUND                                                             
    REMARK 400  RESIDUE IN CHAIN A, TYR 44 TO MET WAS AN INTENTIONAL MUTATION       
    REMARK 400  IN THE VIRAL GENOME, THIS MUTATION IS KNOWN TO IMPROVE              
    REMARK 400  ORIENTATION FOR XRAY STUDIES. THE VIRUS WAS THEN GROWN IN THE       
    REMARK 400  NORMAL WAY, NOT USING RECOMBINANT METHODS, SEE REFERENCE 1          
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 2C0W   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  MOLECULAR STRUCTURE OF FD FILAMENTOUS                               
    REMARK 900  BACTERIOPHAGE REFINED WITH RESPECT TO X-RAY                         
    REMARK 900   FIBRE DIFFRACTION                                                  
    REMARK 999                                                                      
    REMARK 999 SEQUENCE                                                             
    REMARK 999 Y21M MUTANT IN CHAIN                                                 
    DBREF  2C0X A    1    50  UNP    P69539   COATB_BPFD      24     73             
    SEQADV 2C0X MET A   21  UNP  P69539    TYR    44 ENGINEERED MUTATION            
    SEQRES   1 A   50  ALA GLU GLY ASP ASP PRO ALA LYS ALA ALA PHE ASP SER          
    SEQRES   2 A   50  LEU GLN ALA SER ALA THR GLU MET ILE GLY TYR ALA TRP          
    SEQRES   3 A   50  ALA MET VAL VAL VAL ILE VAL GLY ALA THR ILE GLY ILE          
    SEQRES   4 A   50  LYS LEU PHE LYS LYS PHE THR SER LYS ALA SER                  
    HELIX    1   1 ASP A    4  ALA A   49  1                                  46    
    CRYST1    1.000    1.000    1.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    MASTER      282    0    0    1    0    0    0    6  741    1    0    4          
    END                                                                             

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb2c0x.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    309  CG  LYS A  43      -4.398 -11.554  11.856  1.00 20.00           C  
      ATOM    310  CD  LYS A  43      -4.879 -10.183  12.262  1.00 20.00           C  
      ATOM    311  CE  LYS A  43      -6.379 -10.191  12.554  1.00 20.00           C  
      ATOM    312  NZ  LYS A  43      -7.201 -10.865  11.486  1.00 20.00           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00