?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    HYDROLASE                               08-SEP-03   1QXK              
    TITLE     MONOACID-BASED, CELL PERMEABLE, SELECTIVE INHIBITORS OF               
    TITLE    2 PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B                                      
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE, NON-RECEPTOR TYPE            
    COMPND   3 1;                                                                   
    COMPND   4 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   5 FRAGMENT: PTP1B CATALYTIC DOMAIN;                                    
    COMPND   6 SYNONYM: PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1B, PTP-1B;                    
    COMPND   7 EC: 3.1.3.48;                                                        
    COMPND   8 ENGINEERED: YES                                                      
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;                                   
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;                                              
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9606;                                                
    SOURCE   5 GENE: PTPN1 OR PTP1B;                                                
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE   7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;                                        
    SOURCE   8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(D3);                                  
    SOURCE   9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;                              
    SOURCE  10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PT7-7                                     
    KEYWDS    PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B, PTP1B MONOACID-BASED AND             
    KEYWDS   2 CELL PERMEABLE, HYDROLASE                                            
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    Z.XIN,G.LIU,C.ABAD-ZAPATERO,Z.PEI,B.G.SZCZEPANKIEWICK,X.LI,           
    AUTHOR   2 T.ZHANG,C.W.HUTCHINS,P.J.HAJDUK,S.J.BALLARON,M.A.STASHKO,            
    AUTHOR   3 T.H.LUBBEN,J.M.TREVILLYAN,M.R.JIROUSEK                               
    REVDAT   2   24-FEB-09 1QXK    1       VERSN                                    
    REVDAT   1   28-OCT-03 1QXK    0                                                
    JRNL        AUTH   Z.XIN,G.LIU,C.ABAD-ZAPATERO,Z.PEI,                           
    JRNL        AUTH 2 B.G.SZCZEPANKIEWICK,X.LI,T.ZHANG,C.W.HUTCHINS,               
    JRNL        AUTH 3 P.J.HAJDUK,S.J.BALLARON,M.A.STASHKO,T.H.LUBBEN,              
    JRNL        AUTH 4 J.M.TREVILLYAN,M.R.JIROUSEK                                  
    JRNL        TITL   IDENTIFICATION OF A MONOACID-BASED, CELL                     
    JRNL        TITL 2 PERMEABLE, SELECTIVE INHIBITOR OF PROTEIN TYROSINE           
    JRNL        TITL 3 PHOSPHATASE 1B                                               
    JRNL        REF    BIOORG.MED.CHEM.LETT.         V.  13  3947 2003              
    JRNL        REFN                   ISSN 0960-894X                               
    JRNL        PMID   14592481                                                     
    JRNL        DOI    10.1016/J.BMCL.2003.08.064                                   
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    2.30 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : CNX 2000                                             
    REMARK   3   AUTHORS     : BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-              
    REMARK   3               : KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,             
    REMARK   3               : READ,RICE,SIMONSON,WARREN                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.30                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 19.66                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 2.000                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF HIGH         (ABS(F)) : NULL                           
    REMARK   3   DATA CUTOFF LOW          (ABS(F)) : NULL                           
    REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : 74.2                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 15825                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : THROUGHOUT                      
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : RANDOM                          
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : 0.201                           
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.196                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.245                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 9.800                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 1543                            
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE  : 0.006                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA.                               
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE                    (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT     (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF REFLECTIONS     (NO CUTOFF) : 21032                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.                                  
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF BINS USED           : 10                           
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE HIGH       (A) : 2.30                         
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE LOW        (A) : 2.38                         
    REMARK   3   BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 45.20                        
    REMARK   3   REFLECTIONS IN BIN    (WORKING SET) : 864                          
    REMARK   3   BIN R VALUE           (WORKING SET) : 0.2230                       
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE                    : 0.2490                       
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE  (%) : 10.10                        
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT     : 97                           
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF BIN FREE R VALUE : 0.025                        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.                    
    REMARK   3   PROTEIN ATOMS            : 2301                                    
    REMARK   3   NUCLEIC ACID ATOMS       : 0                                       
    REMARK   3   HETEROGEN ATOMS          : 37                                      
    REMARK   3   SOLVENT ATOMS            : 182                                     
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : 33.60                          
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : 36.80                          
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : 0.54000                                              
    REMARK   3    B22 (A**2) : 0.54000                                              
    REMARK   3    B33 (A**2) : -1.07000                                             
    REMARK   3    B12 (A**2) : 2.69000                                              
    REMARK   3    B13 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3    B23 (A**2) : 0.00000                                              
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ESTIMATED COORDINATE ERROR.                                         
    REMARK   3   ESD FROM LUZZATI PLOT        (A) : 0.25                            
    REMARK   3   ESD FROM SIGMAA              (A) : 0.21                            
    REMARK   3   LOW RESOLUTION CUTOFF        (A) : 6.00                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  CROSS-VALIDATED ESTIMATED COORDINATE ERROR.                         
    REMARK   3   ESD FROM C-V LUZZATI PLOT    (A) : 0.32                            
    REMARK   3   ESD FROM C-V SIGMAA          (A) : 0.25                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.                                   
    REMARK   3   BOND LENGTHS                 (A) : 0.006                           
    REMARK   3   BOND ANGLES            (DEGREES) : 1.20                            
    REMARK   3   DIHEDRAL ANGLES        (DEGREES) : 22.60                           
    REMARK   3   IMPROPER ANGLES        (DEGREES) : 0.74                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL MODEL : RESTRAINED                                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.    RMS    SIGMA                
    REMARK   3   MAIN-CHAIN BOND              (A**2) : 2.260 ; 1.500                
    REMARK   3   MAIN-CHAIN ANGLE             (A**2) : 3.560 ; 2.000                
    REMARK   3   SIDE-CHAIN BOND              (A**2) : 3.310 ; 2.000                
    REMARK   3   SIDE-CHAIN ANGLE             (A**2) : 4.500 ; 2.500                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELING.                                              
    REMARK   3   METHOD USED : FLAT MODEL                                           
    REMARK   3   KSOL        : 0.35                                                 
    REMARK   3   BSOL        : 36.68                                                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS MODEL : NULL                                                    
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  PARAMETER FILE  1  : PROTEIN_REP.PARAM                              
    REMARK   3  PARAMETER FILE  2  : WATER_REP.PARAM                                
    REMARK   3  PARAMETER FILE  3  : ION.PARAM                                      
    REMARK   3  PARAMETER FILE  4  : 429.PAR                                        
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  1   : PROTEIN.TOP                                    
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  2   : 429.TOP                                        
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  3   : NULL                                           
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  4   : NULL                                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: RESIDUE CYS215, LISTED IN REMARK          
    REMARK   3  500, CORRESPONDS TO THE ACTIVE SITE CYS WHICH IS KNOWN TO BE        
    REMARK   3  IN A STRAINED CONFORMATION IN THIS CLASS OF ENZYMES.                
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 1QXK COMPLIES WITH FORMAT V. 3.15, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 16-SEP-03.                  
    REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB020190.                                      
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 20-AUG-02                          
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 100.0                              
    REMARK 200  PH                             : 7.10                               
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 1                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : N                                  
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : ROTATING ANODE                     
    REMARK 200  BEAMLINE                       : NULL                               
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : RIGAKU RU300                       
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M                                  
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 1.5418                             
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : NULL                               
    REMARK 200  OPTICS                         : MIRRORS                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : CCD                                
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : MARRESEARCH                        
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : MAR                                
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : HKL-2000                           
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 18937                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 2.300                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 20.000                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : 1.000                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 98.5                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 3.200                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : 0.06400                            
    REMARK 200  R SYM                      (I) : 0.06400                            
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : 12.2000                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.30                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 2.38                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 97.3                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : 2.00                               
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : 0.54800                            
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : 0.54800                            
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : 1.700                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH                              
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT        
    REMARK 200 SOFTWARE USED: CNX 2000                                              
    REMARK 200 STARTING MODEL: 1TYR AND OTHER REFINED COMPLEXES                     
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS   (%): 60.89                                     
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 3.14                     
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PRECIPITATION BUFFER: 100 MM HEPES,      
    REMARK 280  0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 14% PEG8000, PH 7.10, VAPOR                
    REMARK 280  DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K                           
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 31 2 1                         
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -Y,X-Y,Z+1/3                                            
    REMARK 290       3555   -X+Y,-X,Z+2/3                                           
    REMARK 290       4555   Y,X,-Z                                                  
    REMARK 290       5555   X-Y,-Y,-Z+2/3                                           
    REMARK 290       6555   -X,-X+Y,-Z+1/3                                          
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -0.500000 -0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000       34.78233            
    REMARK 290   SMTRY1   3 -0.500000  0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3 -0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000  1.000000       69.56467            
    REMARK 290   SMTRY1   4 -0.500000  0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   4  0.866025  0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   4  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   5  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   5  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   5  0.000000  0.000000 -1.000000       69.56467            
    REMARK 290   SMTRY1   6 -0.500000 -0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   6 -0.866025  0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   6  0.000000  0.000000 -1.000000       34.78233            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON               
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC                         
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
    REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
    REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
    REMARK 465     MET A     1                                                      
    REMARK 465     SER A   285                                                      
    REMARK 465     SER A   286                                                      
    REMARK 465     VAL A   287                                                      
    REMARK 465     GLN A   288                                                      
    REMARK 465     ASP A   289                                                      
    REMARK 465     GLN A   290                                                      
    REMARK 465     TRP A   291                                                      
    REMARK 465     LYS A   292                                                      
    REMARK 465     GLU A   293                                                      
    REMARK 465     LEU A   294                                                      
    REMARK 465     SER A   295                                                      
    REMARK 465     HIS A   296                                                      
    REMARK 465     GLU A   297                                                      
    REMARK 465     ASP A   298                                                      
    REMARK 465     LEU A   299                                                      
    REMARK 465     GLU A   300                                                      
    REMARK 465     PRO A   301                                                      
    REMARK 465     PRO A   302                                                      
    REMARK 465     PRO A   303                                                      
    REMARK 465     GLU A   304                                                      
    REMARK 465     HIS A   305                                                      
    REMARK 465     ILE A   306                                                      
    REMARK 465     PRO A   307                                                      
    REMARK 465     PRO A   308                                                      
    REMARK 465     PRO A   309                                                      
    REMARK 465     PRO A   310                                                      
    REMARK 465     ARG A   311                                                      
    REMARK 465     PRO A   312                                                      
    REMARK 465     PRO A   313                                                      
    REMARK 465     LYS A   314                                                      
    REMARK 465     ARG A   315                                                      
    REMARK 465     ILE A   316                                                      
    REMARK 465     LEU A   317                                                      
    REMARK 465     GLU A   318                                                      
    REMARK 465     PRO A   319                                                      
    REMARK 465     HIS A   320                                                      
    REMARK 465     ASN A   321                                                      
    REMARK 470                                                                      
    REMARK 470 MISSING ATOM                                                         
    REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS(M=MODEL NUMBER;            
    REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER;          
    REMARK 470 I=INSERTION CODE):                                                   
    REMARK 470   M RES CSSEQI  ATOMS                                                
    REMARK 470     ASP A 284    CA   C    O    CB   CG   OD1  OD2                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    ALA A  27      154.55    -48.95                                   
    REMARK 500    HIS A  60       58.87    -92.09                                   
    REMARK 500    ASP A  63     -100.23    -68.95                                   
    REMARK 500    LYS A 131       72.53   -116.99                                   
    REMARK 500    PHE A 182       -3.72     66.54                                   
    REMARK 500    CYS A 215     -132.58   -129.53                                   
    REMARK 500    ILE A 219      -41.84   -138.87                                   
    REMARK 500    PRO A 241       -6.35    -54.82                                   
    REMARK 500    ILE A 261      104.06     74.47                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE 429 A 322                 
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 1NL9   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 POTENT, SELECTIVE PTP1B INHIBITORS BASED ON A LINKED-                
    REMARK 900 FRAGMENT STRATEGY                                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1NNY   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 POTENT, SELECTIVE PTP1B INHIBITORS BASED ON A LINKED-                
    REMARK 900 FRAGMENT STRATEGY                                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1NO6   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 POTENT, SELECTIVE PTP1B INHIBITORS BASED ON A LINKED-                
    REMARK 900 FRAGMENT STRATEGY                                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1NZ7   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 POTENT, SELECTIVE PTP1B INHIBITORS BASED ON A LINKED-                
    REMARK 900 FRAGMENT STRATEGY                                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1ONY   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 DISCOVERY AND SAR OF OXALRYL-ARYL-AMINO BENZOIC ACIDS AS             
    REMARK 900 INHIBITORS OF PTP1B                                                  
    REMARK 900 RELATED ID: 1PHO   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 SELECTIVE PTP1B INHIBITORS WITH NON-CARBOXYLIC ACID                  
    REMARK 900 CONTAINING LIGANDS IN THE SECOND SITE                                
    DBREF  1QXK A    1   321  UNP    P18031   PTN1_HUMAN       1    321             
    SEQRES   1 A  321  MET GLU MET GLU LYS GLU PHE GLU GLN ILE ASP LYS SER          
    SEQRES   2 A  321  GLY SER TRP ALA ALA ILE TYR GLN ASP ILE ARG HIS GLU          
    SEQRES   3 A  321  ALA SER ASP PHE PRO CYS ARG VAL ALA LYS LEU PRO LYS          
    SEQRES   4 A  321  ASN LYS ASN ARG ASN ARG TYR ARG ASP VAL SER PRO PHE          
    SEQRES   5 A  321  ASP HIS SER ARG ILE LYS LEU HIS GLN GLU ASP ASN ASP          
    SEQRES   6 A  321  TYR ILE ASN ALA SER LEU ILE LYS MET GLU GLU ALA GLN          
    SEQRES   7 A  321  ARG SER TYR ILE LEU THR GLN GLY PRO LEU PRO ASN THR          
    SEQRES   8 A  321  CYS GLY HIS PHE TRP GLU MET VAL TRP GLU GLN LYS SER          
    SEQRES   9 A  321  ARG GLY VAL VAL MET LEU ASN ARG VAL MET GLU LYS GLY          
    SEQRES  10 A  321  SER LEU LYS CYS ALA GLN TYR TRP PRO GLN LYS GLU GLU          
    SEQRES  11 A  321  LYS GLU MET ILE PHE GLU ASP THR ASN LEU LYS LEU THR          
    SEQRES  12 A  321  LEU ILE SER GLU ASP ILE LYS SER TYR TYR THR VAL ARG          
    SEQRES  13 A  321  GLN LEU GLU LEU GLU ASN LEU THR THR GLN GLU THR ARG          
    SEQRES  14 A  321  GLU ILE LEU HIS PHE HIS TYR THR THR TRP PRO ASP PHE          
    SEQRES  15 A  321  GLY VAL PRO GLU SER PRO ALA SER PHE LEU ASN PHE LEU          
    SEQRES  16 A  321  PHE LYS VAL ARG GLU SER GLY SER LEU SER PRO GLU HIS          
    SEQRES  17 A  321  GLY PRO VAL VAL VAL HIS CYS SER ALA GLY ILE GLY ARG          
    SEQRES  18 A  321  SER GLY THR PHE CYS LEU ALA ASP THR CYS LEU LEU LEU          
    SEQRES  19 A  321  MET ASP LYS ARG LYS ASP PRO SER SER VAL ASP ILE LYS          
    SEQRES  20 A  321  LYS VAL LEU LEU GLU MET ARG LYS PHE ARG MET GLY LEU          
    SEQRES  21 A  321  ILE GLN THR ALA ASP GLN LEU ARG PHE SER TYR LEU ALA          
    SEQRES  22 A  321  VAL ILE GLU GLY ALA LYS PHE ILE MET GLY ASP SER SER          
    SEQRES  23 A  321  VAL GLN ASP GLN TRP LYS GLU LEU SER HIS GLU ASP LEU          
    SEQRES  24 A  321  GLU PRO PRO PRO GLU HIS ILE PRO PRO PRO PRO ARG PRO          
    SEQRES  25 A  321  PRO LYS ARG ILE LEU GLU PRO HIS ASN                          
    HET    429  A 322      37                                                       
    HETNAM     429 2-{4-[2-ACETYLAMINO-3-(4-CARBOXYMETHOXY-3-HYDROXY-               
    HETNAM   2 429  PHENYL)-PROPIONYLAMINO]-BUTOXY}-6-HYDROXY-BENZOIC               
    HETNAM   3 429  ACID METHYL ESTER                                               
    HETSYN     429 COMPOUND 20                                                      
    FORMUL   2  429    C25 H30 N2 O10                                               
    FORMUL   3  HOH   *182(H2 O)                                                    
    HELIX    1   1 GLU A    2  SER A   13  1                                  12    
    HELIX    2   2 SER A   15  ALA A   27  1                                  13    
    HELIX    3   3 CYS A   32  LEU A   37  1                                   6    
    HELIX    4   4 PRO A   38  ASN A   44  5                                   7    
    HELIX    5   5 THR A   91  GLN A  102  1                                  12    
    HELIX    6   6 SER A  187  SER A  201  1                                  15    
    HELIX    7   7 GLY A  220  ARG A  238  1                                  19    
    HELIX    8   8 ASP A  245  LYS A  255  1                                  11    
    HELIX    9   9 THR A  263  MET A  282  1                                  20    
    SHEET    1   A 8 ALA A  69  MET A  74  0                                        
    SHEET    2   A 8 ARG A  79  THR A  84 -1  O  TYR A  81   N  ILE A  72           
    SHEET    3   A 8 VAL A 211  HIS A 214  1  O  VAL A 213   N  ILE A  82           
    SHEET    4   A 8 GLY A 106  MET A 109  1  N  VAL A 108   O  VAL A 212           
    SHEET    5   A 8 GLU A 167  TYR A 176  1  O  PHE A 174   N  VAL A 107           
    SHEET    6   A 8 TYR A 153  ASN A 162 -1  N  THR A 154   O  HIS A 175           
    SHEET    7   A 8 LEU A 140  ILE A 149 -1  N  LYS A 141   O  GLU A 161           
    SHEET    8   A 8 MET A 133  PHE A 135 -1  N  MET A 133   O  LEU A 142           
    SHEET    1   B 2 MET A 114  GLU A 115  0                                        
    SHEET    2   B 2 SER A 118  LEU A 119 -1  O  SER A 118   N  GLU A 115           
    SITE     1 AC1 16 TYR A  20  ARG A  24  TYR A  46  ASP A  48                    
    SITE     2 AC1 16 PHE A 182  CYS A 215  SER A 216  GLY A 220                    
    SITE     3 AC1 16 ARG A 221  ARG A 254  GLY A 259  GLN A 262                    
    SITE     4 AC1 16 GLN A 266  HOH A 323  HOH A 324  HOH A 465                    
    CRYST1   88.356   88.356  104.347  90.00  90.00 120.00 P 31 2 1      6          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.011318  0.006534  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.013069  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.009583        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb1qxk.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    326  CG  LYS A  41      29.262  46.997  16.401  1.00 45.10           C  
      ATOM    327  CD  LYS A  41      30.059  45.714  16.177  1.00 50.86           C  
      ATOM    328  CE  LYS A  41      29.367  44.796  15.160  1.00 51.32           C  
      ATOM    329  NZ  LYS A  41      30.014  43.448  15.036  1.00 53.81           N  
      ATOM    385  CG  ARG A  47      28.575  39.707  15.092  1.00 55.88           C  
      ATOM    386  CD  ARG A  47      27.851  39.718  13.764  1.00 60.14           C  
      ATOM    387  NE  ARG A  47      26.980  38.551  13.636  1.00 65.10           N  
      ATOM    388  CZ  ARG A  47      25.981  38.451  12.764  1.00 67.83           C  
      ATOM    389  NH1 ARG A  47      25.717  39.455  11.935  1.00 67.12           N  
      ATOM    390  NH2 ARG A  47      25.244  37.347  12.719  1.00 67.82           N  
      ATOM   1947  CG  LYS A 239      24.169  14.768  53.842  1.00 65.71           C  
      ATOM   1948  CD  LYS A 239      23.079  14.634  54.897  1.00 66.87           C  
      ATOM   1949  CE  LYS A 239      23.322  15.588  56.062  1.00 69.01           C  
      ATOM   1950  NZ  LYS A 239      22.318  15.428  57.150  1.00 68.53           N  
      ATOM   2301  N   ASP A 284      40.978   7.651  48.505  1.00 85.83           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00