?

Promode Elastic


    ダウンロード: 1kzz-results.tgz ヘルプ


    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    ヘッダ

    HEADER    SIGNALING PROTEIN                       08-FEB-02   1KZZ              
    TITLE     DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION               
    TITLE    2 SITE ON TRAF3                                                        
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3;                          
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 FRAGMENT: RESIDUES 377-568;                                          
    COMPND   5 SYNONYM: TRAF3, CD40 RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 1, CRAF1,            
    COMPND   6 CD40 BINDING PROTEIN, CD40BP;                                        
    COMPND   7 ENGINEERED: YES;                                                     
    COMPND   8 MOL_ID: 2;                                                           
    COMPND   9 MOLECULE: TRAF FAMILY MEMBER-ASSOCIATED NF-KAPPA-B                   
    COMPND  10 ACTIVATOR;                                                           
    COMPND  11 CHAIN: B;                                                            
    COMPND  12 FRAGMENT: RESIDUES 177-187;                                          
    COMPND  13 SYNONYM: TANK, TRAF-INTERACTING PROTEIN, I-TRAF;                     
    COMPND  14 ENGINEERED: YES                                                      
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;                                   
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;                                              
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9606;                                                
    SOURCE   5 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;                                        
    SOURCE   7 MOL_ID: 2;                                                           
    SOURCE   8 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;                                   
    SOURCE   9 ORGANISM_COMMON: HUMAN;                                              
    SOURCE  10 ORGANISM_TAXID: 9606;                                                
    SOURCE  11 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                                 
    SOURCE  12 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562                                         
    KEYWDS    CD40, NF-KB SIGNALING, TANK, TNF RECEPTOR, TRAF3, SIGNALING           
    KEYWDS   2 PROTEIN                                                              
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    C.LI,C.-Z.NI,M.L.HAVERT,E.CABEZAS,J.HE,D.KAISER,J.C.REED,             
    AUTHOR   2 A.C.SATTERTHWAIT,G.CHENG,K.R.ELY                                     
    REVDAT   3   24-FEB-09 1KZZ    1       VERSN                                    
    REVDAT   2   01-APR-03 1KZZ    1       JRNL                                     
    REVDAT   1   10-APR-02 1KZZ    0                                                
    JRNL        AUTH   C.LI,C.Z.NI,M.L.HAVERT,E.CABEZAS,J.HE,D.KAISER,              
    JRNL        AUTH 2 J.C.REED,A.C.SATTERTHWAIT,G.CHENG,K.R.ELY                    
    JRNL        TITL   DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40                  
    JRNL        TITL 2 RECOGNITION SITE ON TRAF3.                                   
    JRNL        REF    STRUCTURE                     V.  10   403 2002              
    JRNL        REFN                   ISSN 0969-2126                               
    JRNL        PMID   12005438                                                     
    JRNL        DOI    10.1016/S0969-2126(02)00733-5                                
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    3.50 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : CNS                                                  
    REMARK   3   AUTHORS     : BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-              
    REMARK   3               : KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,             
    REMARK   3               : READ,RICE,SIMONSON,WARREN                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  REFINEMENT TARGET : ENGH & HUBER                                    
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 3.50                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 50.00                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 2.000                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF HIGH         (ABS(F)) : NULL                           
    REMARK   3   DATA CUTOFF LOW          (ABS(F)) : NULL                           
    REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : NULL                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 4073                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : NULL                            
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : RANDOM                          
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.225                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.307                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL                            
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 214                             
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE  : NULL                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.                                  
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF BINS USED           : NULL                         
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE HIGH       (A) : NULL                         
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE LOW        (A) : NULL                         
    REMARK   3   BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : NULL                         
    REMARK   3   REFLECTIONS IN BIN    (WORKING SET) : NULL                         
    REMARK   3   BIN R VALUE           (WORKING SET) : NULL                         
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE                    : NULL                         
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE  (%) : NULL                         
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT     : NULL                         
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF BIN FREE R VALUE : NULL                         
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.                    
    REMARK   3   PROTEIN ATOMS            : 1613                                    
    REMARK   3   NUCLEIC ACID ATOMS       : 0                                       
    REMARK   3   HETEROGEN ATOMS          : 0                                       
    REMARK   3   SOLVENT ATOMS            : 0                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : NULL                           
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : NULL                           
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B22 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B33 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B12 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B13 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3    B23 (A**2) : NULL                                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ESTIMATED COORDINATE ERROR.                                         
    REMARK   3   ESD FROM LUZZATI PLOT        (A) : NULL                            
    REMARK   3   ESD FROM SIGMAA              (A) : NULL                            
    REMARK   3   LOW RESOLUTION CUTOFF        (A) : NULL                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  CROSS-VALIDATED ESTIMATED COORDINATE ERROR.                         
    REMARK   3   ESD FROM C-V LUZZATI PLOT    (A) : NULL                            
    REMARK   3   ESD FROM C-V SIGMAA          (A) : NULL                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.                                   
    REMARK   3   BOND LENGTHS                 (A) : 0.010                           
    REMARK   3   BOND ANGLES            (DEGREES) : NULL                            
    REMARK   3   DIHEDRAL ANGLES        (DEGREES) : NULL                            
    REMARK   3   IMPROPER ANGLES        (DEGREES) : NULL                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL MODEL : ISOTROPIC                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.    RMS    SIGMA                
    REMARK   3   MAIN-CHAIN BOND              (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3   MAIN-CHAIN ANGLE             (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3   SIDE-CHAIN BOND              (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3   SIDE-CHAIN ANGLE             (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELING.                                              
    REMARK   3   METHOD USED : NULL                                                 
    REMARK   3   KSOL        : NULL                                                 
    REMARK   3   BSOL        : NULL                                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS MODEL : NULL                                                    
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS RESTRAINTS.                         RMS   SIGMA/WEIGHT          
    REMARK   3   GROUP  1  POSITIONAL            (A) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3   GROUP  1  B-FACTOR           (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  PARAMETER FILE  1  : NULL                                           
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  1   : NULL                                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL                                      
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 1KZZ COMPLIES WITH FORMAT V. 3.15, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 12-FEB-02.                  
    REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB015521.                                      
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 06-SEP-00                          
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 110                                
    REMARK 200  PH                             : 6.7                                
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 1                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : Y                                  
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : ALS                                
    REMARK 200  BEAMLINE                       : 5.0.1                              
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : NULL                               
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M                                  
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 0.9200                             
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : SAGITALLY FOCUSED SI(111)          
    REMARK 200  OPTICS                         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : CCD                                
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : ADSC QUANTUM 4                     
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : DENZO                              
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : SCALEPACK                          
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 4111                               
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 3.500                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 50.000                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : -3.000                             
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 100.0                              
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 5.100                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : NULL                               
    REMARK 200  R SYM                      (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 3.50                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 3.61                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 99.9                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : NULL                               
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : NULL                               
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : 0.32100                            
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH                              
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT        
    REMARK 200 SOFTWARE USED: CNS                                                   
    REMARK 200 STARTING MODEL: NULL                                                 
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS   (%): 62.97                                     
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 3.32                     
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 100MM MES, 15% PEG1000, PH 6.7,          
    REMARK 280  VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K                   
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 3 2 1                          
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -Y,X-Y,Z                                                
    REMARK 290       3555   -X+Y,-X,Z                                               
    REMARK 290       4555   Y,X,-Z                                                  
    REMARK 290       5555   X-Y,-Y,-Z                                               
    REMARK 290       6555   -X,-X+Y,-Z                                              
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -0.500000 -0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   3 -0.500000  0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3 -0.866025 -0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   4 -0.500000  0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   4  0.866025  0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   4  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   5  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   5  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   5  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   6 -0.500000 -0.866025  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   6 -0.866025  0.500000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   6  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2                                                    
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON               
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC                           
    REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC                    
    REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
    REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 970 ANGSTROM**2                           
    REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 12570 ANGSTROM**2                       
    REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -7.0 KCAL/MOL                         
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B                                  
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE: 2                                                       
    REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: HEXAMERIC                  
    REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
    REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 10550 ANGSTROM**2                         
    REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 30070 ANGSTROM**2                       
    REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -73.0 KCAL/MOL                        
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B                                  
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1   2 -0.500000 -0.866025  0.000000       41.25000            
    REMARK 350   BIOMT2   2  0.866025 -0.500000  0.000000       71.44710            
    REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT1   3 -0.500000  0.866025  0.000000      -41.25000            
    REMARK 350   BIOMT2   3 -0.866025 -0.500000  0.000000       71.44710            
    REMARK 350   BIOMT3   3  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    THR A 314       25.86    -64.93                                   
    REMARK 500    VAL A 344      -71.06    -53.26                                   
    REMARK 500    GLU A 346      -39.46    -24.74                                   
    REMARK 500    ASN A 351       25.10   -143.22                                   
    REMARK 500    ASP A 360       44.53     89.33                                   
    REMARK 500    TYR A 361      -76.51    -49.50                                   
    REMARK 500    LYS A 362      -65.47    -26.40                                   
    REMARK 500    TYR A 382     -151.20   -121.15                                   
    REMARK 500    THR A 383       37.05   -142.94                                   
    REMARK 500    TYR A 385      -37.29    -29.32                                   
    REMARK 500    GLU A 417      -10.60    -41.76                                   
    REMARK 500    GLN A 428      154.98    -47.46                                   
    REMARK 500    VAL A 430     -133.60    -87.35                                   
    REMARK 500    THR A 431      102.35    137.29                                   
    REMARK 500    MET A 433      135.83   -175.62                                   
    REMARK 500    ARG A 441       25.04     37.65                                   
    REMARK 500    PRO A 450      114.66    -39.21                                   
    REMARK 500    ASN A 453      -13.50    -49.25                                   
    REMARK 500    LYS A 458     -163.48    -56.94                                   
    REMARK 500    PRO A 460      128.56    -39.51                                   
    REMARK 500    THR A 461      -65.96    -95.94                                   
    REMARK 500    GLU A 463      -58.25     -7.28                                   
    REMARK 500    ASN A 465     -176.06    -51.03                                   
    REMARK 500    ALA A 467      173.62    -53.05                                   
    REMARK 500    SER A 468      126.46   -177.17                                   
    REMARK 500    VAL A 472       50.51   -110.72                                   
    REMARK 500    LEU A 479      -80.69    -56.32                                   
    REMARK 500    THR A 483       39.55    -86.05                                   
    REMARK 500    THR A 489      149.54   -170.50                                   
    REMARK 500    ASP A 500       42.80    -71.24                                   
    REMARK 500    LEU A 501       90.08   -162.20                                   
    REMARK 500    SER B   2     -135.37     53.61                                   
    REMARK 500    VAL B   3       71.63     38.65                                   
    REMARK 500    CYS B   7     -168.91   -110.05                                   
    REMARK 500    THR B   8       78.38   -112.01                                   
    REMARK 500    LYS B  10       11.97   -172.47                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 1L0A   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900 DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION              
    REMARK 900 SITE ON TRAF3                                                        
    DBREF  1KZZ A  313   504  UNP    Q13114   TRAF3_HUMAN    377    568             
    DBREF  1KZZ B    1    11  UNP    Q92844   TANK_HUMAN     177    187             
    SEQRES   1 A  192  ASN THR GLY LEU LEU GLU SER GLN LEU SER ARG HIS ASP          
    SEQRES   2 A  192  GLN MET LEU SER VAL HIS ASP ILE ARG LEU ALA ASP MET          
    SEQRES   3 A  192  ASP LEU ARG PHE GLN VAL LEU GLU THR ALA SER TYR ASN          
    SEQRES   4 A  192  GLY VAL LEU ILE TRP LYS ILE ARG ASP TYR LYS ARG ARG          
    SEQRES   5 A  192  LYS GLN GLU ALA VAL MET GLY LYS THR LEU SER LEU TYR          
    SEQRES   6 A  192  SER GLN PRO PHE TYR THR GLY TYR PHE GLY TYR LYS MET          
    SEQRES   7 A  192  CYS ALA ARG VAL TYR LEU ASN GLY ASP GLY MET GLY LYS          
    SEQRES   8 A  192  GLY THR HIS LEU SER LEU PHE PHE VAL ILE MET ARG GLY          
    SEQRES   9 A  192  GLU TYR ASP ALA LEU LEU PRO TRP PRO PHE LYS GLN LYS          
    SEQRES  10 A  192  VAL THR LEU MET LEU MET ASP GLN GLY SER SER ARG ARG          
    SEQRES  11 A  192  HIS LEU GLY ASP ALA PHE LYS PRO ASP PRO ASN SER SER          
    SEQRES  12 A  192  SER PHE LYS LYS PRO THR GLY GLU MET ASN ILE ALA SER          
    SEQRES  13 A  192  GLY CYS PRO VAL PHE VAL ALA GLN THR VAL LEU GLU ASN          
    SEQRES  14 A  192  GLY THR TYR ILE LYS ASP ASP THR ILE PHE ILE LYS VAL          
    SEQRES  15 A  192  ILE VAL ASP THR SER ASP LEU PRO ASP PRO                      
    SEQRES   1 B   11  CYS SER VAL PRO ILE GLN CYS THR ASP LYS THR                  
    HELIX    1   1 GLY A  315  THR A  347  1                                  33    
    HELIX    2   2 ASP A  360  GLY A  371  1                                  12    
    HELIX    3   3 ASP A  399  LYS A  403  5                                   5    
    HELIX    4   4 GLN A  476  ASN A  481  1                                   6    
    SHEET    1   A 3 VAL A 353  ARG A 359  0                                        
    SHEET    2   A 3 THR A 489  ILE A 495 -1  O  ILE A 490   N  ILE A 358           
    SHEET    3   A 3 LEU A 432  LEU A 434 -1  N  MET A 433   O  LYS A 493           
    SHEET    1   B 4 LEU A 376  TYR A 377  0                                        
    SHEET    2   B 4 LYS A 389  TYR A 395 -1  O  VAL A 394   N  LEU A 376           
    SHEET    3   B 4 HIS A 406  MET A 414 -1  O  SER A 408   N  TYR A 395           
    SHEET    4   B 4 GLY A 469  ALA A 475 -1  O  VAL A 474   N  LEU A 407           
    CISPEP   1 TRP A  424    PRO A  425          0         0.00                     
    CRYST1   82.500   82.500   77.900  90.00  90.00 120.00 P 3 2 1       6          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.012121  0.006998  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.013996  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.012837        0.00000                         

    振動する分子の3次元画像

    変位ベクトル図 (モードを選択してください。3つまで選択できます。)
    画面表示
    アニメーション (モードを選択してください。1つしか選択できません。)
    画面表示

    変位ベクトルの静止画とGIFアニメーション


    Mode 1

    時間平均および10個の最低振動数モードに対する結果

    原子のゆらぎ:
    時間平均と3つの最低振動数モードに対する結果
    二面角のゆらぎ:
    時間平均と3つの最低振動数モードに対する結果
    原子のゆらぎ二面角のゆらぎ

    原子ゆらぎの相関

    Mode 1
    原子ゆらぎの相関 - Mode 1
    時間平均
    時間平均
    距離マップ
    距離マップ

    計算に関するメモ

    PDB file name : pdb1kzz.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A
      ATOM        B

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    228  CG  ARG A 341      -3.575  42.506   9.010  1.00 22.32           C  
      ATOM    229  CD  ARG A 341      -2.684  41.782   7.995  1.00 25.56           C  
      ATOM    230  NE  ARG A 341      -1.521  41.114   8.584  1.00 29.92           N  
      ATOM    231  CZ  ARG A 341      -0.566  40.503   7.875  1.00 32.08           C  
      ATOM    232  NH1 ARG A 341      -0.637  40.471   6.542  1.00 31.52           N  
      ATOM    233  NH2 ARG A 341       0.468  39.928   8.495  1.00 31.51           N  
      ATOM    410  CG  LYS A 362     -32.936  51.160  11.284  1.00 26.32           C  
      ATOM    411  CD  LYS A 362     -33.333  52.548  10.768  1.00 28.09           C  
      ATOM    412  CE  LYS A 362     -34.792  52.602  10.302  1.00 28.10           C  
      ATOM    413  NZ  LYS A 362     -35.128  51.566   9.281  1.00 28.40           N  
      ATOM    492  CG  LYS A 372     -29.764  38.896   3.607  1.00 25.56           C  
      ATOM    493  CD  LYS A 372     -29.567  40.086   2.642  1.00 26.44           C  
      ATOM    494  CE  LYS A 372     -30.424  39.933   1.361  1.00 27.63           C  
      ATOM    495  NZ  LYS A 372     -30.280  41.036   0.350  1.00 26.94           N  
      ATOM    727  CG  MET A 401     -33.025  28.673  24.543  1.00 26.66           C  
      ATOM    728  SD  MET A 401     -34.653  27.975  24.097  1.00 30.33           S  
      ATOM    729  CE  MET A 401     -35.352  27.704  25.705  1.00 30.01           C  
      ATOM   1603  CG  LYS B  10     -21.404  23.023  15.971  1.00 50.38           C  
      ATOM   1604  CD  LYS B  10     -22.060  21.913  16.834  1.00 50.44           C  
      ATOM   1605  CE  LYS B  10     -21.913  20.487  16.236  1.00 49.20           C  
      ATOM   1606  NZ  LYS B  10     -22.671  20.210  14.951  1.00 47.39           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00