?

Promode Elastic




    Copyright ©  WASEDA Univ,Japan. All rights reserved.

    Header

    HEADER    TRANSFERASE                             11-JUN-02   1H07              
    TITLE     CDK2 IN COMPLEX WITH A DISUBSTITUTED 4, 6-BIS ANILINO                 
    TITLE    2 PYRIMIDINE CDK4 INHIBITOR                                            
    COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
    COMPND   2 MOLECULE: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2;                            
    COMPND   3 CHAIN: A;                                                            
    COMPND   4 SYNONYM: P33 PROTEIN KINASE;                                         
    COMPND   5 EC: 2.7.1.37;                                                        
    COMPND   6 ENGINEERED: YES                                                      
    SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            
    SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;                                   
    SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;                                              
    SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9606;                                                
    SOURCE   5 EXPRESSION_SYSTEM: SPODOPTERA FRUGIPERDA;                            
    SOURCE   6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 7108;                                       
    SOURCE   7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: SF9;                                       
    SOURCE   8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: BACULOVIRUS                           
    KEYWDS    SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, MITOSIS, TRANSFERASE                 
    EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
    AUTHOR    J.F.BEATTIE,G.A.BREAULT,R.P.A.ELLSTON,S.GREEN,P.J.JEWSBURY,           
    AUTHOR   2 C.J.MIDGLEY,R.T.NAVEN,C.A.MINSHULL,R.A.PAUPTIT,J.A.TUCKER,           
    AUTHOR   3 J.E.PEASE                                                            
    REVDAT   3   24-FEB-09 1H07    1       VERSN                                    
    REVDAT   2   04-SEP-03 1H07    1       JRNL                                     
    REVDAT   1   11-JUL-03 1H07    0                                                
    JRNL        AUTH   J.F.BEATTIE,G.A.BREAULT,R.P.A.ELLSTON,S.GREEN,               
    JRNL        AUTH 2 P.J.JEWSBURY,C.J.MIDGLEY,R.T.NAVEN,C.A.MINSHULL,             
    JRNL        AUTH 3 R.A.PAUPTIT,J.A.TUCKER,J.E.PEASE                             
    JRNL        TITL   CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITORS AS A                    
    JRNL        TITL 2 TREATMENT FOR CANCER. PART 1: IDENTIFICATION AND             
    JRNL        TITL 3 OPTIMISATION OF SUBSTITUTED 4,6-BIS ANILINO                  
    JRNL        TITL 4 PYRIMIDINES                                                  
    JRNL        REF    BIOORG.MED.CHEM.LETT.         V.  13  2955 2003              
    JRNL        REFN                   ISSN 0960-894X                               
    JRNL        PMID   12941311                                                     
    JRNL        DOI    10.1016/S0960-894X(03)00202-6                                
    REMARK   1                                                                      
    REMARK   1 REFERENCE 1                                                          
    REMARK   1  AUTH   U.SCHULZE-GAHMEN,H.DE BONDT,S.-H.KIM                         
    REMARK   1  TITL   HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURES OF HUMAN                  
    REMARK   1  TITL 2 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 WITH AND WITHOUT ATP:              
    REMARK   1  TITL 3 BOUND WATERS AND NATURAL LIGAND AS A GUIDE FOR               
    REMARK   1  TITL 4 INHIBITOR DESIGN                                             
    REMARK   1  REF    J.MED.CHEM.                   V.  39  4540 1996              
    REMARK   1  REFN                   ISSN 0022-2623                               
    REMARK   1  PMID   8917641                                                      
    REMARK   1  DOI    10.1021/JM960402A                                            
    REMARK   2                                                                      
    REMARK   2 RESOLUTION.    1.85 ANGSTROMS.                                       
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3 REFINEMENT.                                                          
    REMARK   3   PROGRAM     : CNX 2000.1                                           
    REMARK   3   AUTHORS     : BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-              
    REMARK   3               : KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,              
    REMARK   3               : READ,RICE,SIMONSON,WARREN,MOLECULAR                  
    REMARK   3               : SIMULATIONS (BADGER,BERARD,KUMAR,SZALMA,             
    REMARK   3               : YIP,DZAKULA)                                         
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.85                           
    REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 32.35                          
    REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 0.0                            
    REMARK   3   DATA CUTOFF HIGH         (ABS(F)) : 1361929.81                     
    REMARK   3   DATA CUTOFF LOW          (ABS(F)) : 0.000000                       
    REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : 87.6                           
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 21433                          
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     
    REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : THROUGHOUT                      
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : RANDOM                          
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : NULL                            
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.210                           
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.235                           
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 4.9                             
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 1057                            
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE  : 0.007                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA.                               
    REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE                    (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%, NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT     (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF REFLECTIONS     (NO CUTOFF) : NULL                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.                                  
    REMARK   3   TOTAL NUMBER OF BINS USED           : 6                            
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE HIGH       (A) : 1.85                         
    REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE LOW        (A) : 1.96                         
    REMARK   3   BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 73.6                         
    REMARK   3   REFLECTIONS IN BIN    (WORKING SET) : 2788                         
    REMARK   3   BIN R VALUE           (WORKING SET) : 0.221                        
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE                    : 0.242                        
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE  (%) : 5.2                          
    REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT     : 154                          
    REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF BIN FREE R VALUE : 0.020                        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.                    
    REMARK   3   PROTEIN ATOMS            : 2281                                    
    REMARK   3   NUCLEIC ACID ATOMS       : 0                                       
    REMARK   3   HETEROGEN ATOMS          : 69                                      
    REMARK   3   SOLVENT ATOMS            : 200                                     
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  B VALUES.                                                           
    REMARK   3   FROM WILSON PLOT           (A**2) : 15.9                           
    REMARK   3   MEAN B VALUE      (OVERALL, A**2) : 23.7                           
    REMARK   3   OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.                                       
    REMARK   3    B11 (A**2) : -0.07                                                
    REMARK   3    B22 (A**2) : 2.81                                                 
    REMARK   3    B33 (A**2) : -2.74                                                
    REMARK   3    B12 (A**2) : 0.00                                                 
    REMARK   3    B13 (A**2) : 0.00                                                 
    REMARK   3    B23 (A**2) : 0.00                                                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ESTIMATED COORDINATE ERROR.                                         
    REMARK   3   ESD FROM LUZZATI PLOT        (A) : 0.21                            
    REMARK   3   ESD FROM SIGMAA              (A) : -0.02                           
    REMARK   3   LOW RESOLUTION CUTOFF        (A) : 25.00                           
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  CROSS-VALIDATED ESTIMATED COORDINATE ERROR.                         
    REMARK   3   ESD FROM C-V LUZZATI PLOT    (A) : 0.24                            
    REMARK   3   ESD FROM C-V SIGMAA          (A) : 0.08                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.                                   
    REMARK   3   BOND LENGTHS                 (A) : 0.006                           
    REMARK   3   BOND ANGLES            (DEGREES) : 1.2                             
    REMARK   3   DIHEDRAL ANGLES        (DEGREES) : 22.4                            
    REMARK   3   IMPROPER ANGLES        (DEGREES) : 0.85                            
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL MODEL : RESTRAINED                                
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.    RMS    SIGMA                
    REMARK   3   MAIN-CHAIN BOND              (A**2) : 1.41  ; 1.50                 
    REMARK   3   MAIN-CHAIN ANGLE             (A**2) : 2.20  ; 2.00                 
    REMARK   3   SIDE-CHAIN BOND              (A**2) : 2.33  ; 2.00                 
    REMARK   3   SIDE-CHAIN ANGLE             (A**2) : 3.25  ; 2.50                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  BULK SOLVENT MODELING.                                              
    REMARK   3   METHOD USED : FLAT MODEL                                           
    REMARK   3   KSOL        : 0.383733                                             
    REMARK   3   BSOL        : 56.3383                                              
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS MODEL : NULL                                                    
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  NCS RESTRAINTS.                         RMS   SIGMA/WEIGHT          
    REMARK   3   GROUP  1  POSITIONAL            (A) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3   GROUP  1  B-FACTOR           (A**2) : NULL  ; NULL                 
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  PARAMETER FILE  1  : PROTEIN_REP.PARAM                              
    REMARK   3  PARAMETER FILE  2  : WATER_REP.PARAM                                
    REMARK   3  PARAMETER FILE  3  : ION.PARAM                                      
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  1   : PROTEIN.TOP                                    
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  2   : WATER.TOP                                      
    REMARK   3  TOPOLOGY FILE  3   : ION.TOP                                        
    REMARK   3                                                                      
    REMARK   3  OTHER REFINEMENT REMARKS: RESIDUES 37 - 43 AND 151 - 154 ARE        
    REMARK   3  NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.                            
    REMARK   4                                                                      
    REMARK   4 1H07 COMPLIES WITH FORMAT V. 3.15, 01-DEC-08                         
    REMARK 100                                                                      
    REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBE ON 13-JUN-02.                  
    REMARK 100 THE PDBE ID CODE IS EBI-9956.                                        
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS                                                 
    REMARK 200  EXPERIMENT TYPE                : X-RAY DIFFRACTION                  
    REMARK 200  DATE OF DATA COLLECTION        : 15-MAY-98                          
    REMARK 200  TEMPERATURE           (KELVIN) : 100.0                              
    REMARK 200  PH                             : 7.00                               
    REMARK 200  NUMBER OF CRYSTALS USED        : 1                                  
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  SYNCHROTRON              (Y/N) : Y                                  
    REMARK 200  RADIATION SOURCE               : SRS                                
    REMARK 200  BEAMLINE                       : PX9.6                              
    REMARK 200  X-RAY GENERATOR MODEL          : NULL                               
    REMARK 200  MONOCHROMATIC OR LAUE    (M/L) : M                                  
    REMARK 200  WAVELENGTH OR RANGE        (A) : 0.87                               
    REMARK 200  MONOCHROMATOR                  : SI(111)                            
    REMARK 200  OPTICS                         : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  DETECTOR TYPE                  : IMAGE PLATE                        
    REMARK 200  DETECTOR MANUFACTURER          : MARRESEARCH                        
    REMARK 200  INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : MOSFLM                             
    REMARK 200  DATA SCALING SOFTWARE          : CCP4 (SCALA)                       
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200  NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS   : 21455                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE HIGH      (A) : 1.850                              
    REMARK 200  RESOLUTION RANGE LOW       (A) : 32.350                             
    REMARK 200  REJECTION CRITERIA  (SIGMA(I)) : NULL                               
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 OVERALL.                                                             
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 88.8                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY                : 2.500                              
    REMARK 200  R MERGE                    (I) : 0.09600                            
    REMARK 200  R SYM                      (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET  : 10.2000                            
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.                                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 1.85                     
    REMARK 200  HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW  (A) : 1.95                     
    REMARK 200  COMPLETENESS FOR SHELL     (%) : 71.6                               
    REMARK 200  DATA REDUNDANCY IN SHELL       : 2.10                               
    REMARK 200  R MERGE FOR SHELL          (I) : 0.19100                            
    REMARK 200  R SYM FOR SHELL            (I) : NULL                               
    REMARK 200  <I/SIGMA(I)> FOR SHELL         : 4.700                              
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH                              
    REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT        
    REMARK 200 SOFTWARE USED: AMORE                                                 
    REMARK 200 STARTING MODEL: NULL                                                 
    REMARK 200                                                                      
    REMARK 200 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTAL                                                              
    REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS  (%): 39                                         
    REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.0                      
    REMARK 280                                                                      
    REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN AT 10MG/ML                       
    REMARK 280  WELL BUFFER CONTAINING 17.5% PEG3350,                               
    REMARK 280  200MM HEPES, PH7.0, 100MM AMMONIUM ACETATE                          
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY                                            
    REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 21                       
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290      SYMOP   SYMMETRY                                                
    REMARK 290     NNNMMM   OPERATOR                                                
    REMARK 290       1555   X,Y,Z                                                   
    REMARK 290       2555   -X+1/2,-Y,Z+1/2                                         
    REMARK 290       3555   -X,Y+1/2,-Z+1/2                                         
    REMARK 290       4555   X+1/2,-Y+1/2,-Z                                         
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290     WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER                                     
    REMARK 290           MMM -> TRANSLATION VECTOR                                  
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS                            
    REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM             
    REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY                
    REMARK 290 RELATED MOLECULES.                                                   
    REMARK 290   SMTRY1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY1   2 -1.000000  0.000000  0.000000       26.66150            
    REMARK 290   SMTRY2   2  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY3   2  0.000000  0.000000  1.000000       36.27500            
    REMARK 290   SMTRY1   3 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 290   SMTRY2   3  0.000000  1.000000  0.000000       35.77150            
    REMARK 290   SMTRY3   3  0.000000  0.000000 -1.000000       36.27500            
    REMARK 290   SMTRY1   4  1.000000  0.000000  0.000000       26.66150            
    REMARK 290   SMTRY2   4  0.000000 -1.000000  0.000000       35.77150            
    REMARK 290   SMTRY3   4  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000            
    REMARK 290                                                                      
    REMARK 290 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 300                                                                      
    REMARK 300 BIOMOLECULE: 1                                                       
    REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM                
    REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN                  
    REMARK 300 THIS ENTRY.  THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON              
    REMARK 300 BURIED SURFACE AREA.                                                 
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 GENERATING THE BIOMOLECULE                                           
    REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
    REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
    REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
    REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
    REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
    REMARK 350                                                                      
    REMARK 350 BIOMOLECULE:  1                                                      
    REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC                         
    REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC                  
    REMARK 350 SOFTWARE USED: PQS                                                   
    REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
    REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
    REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
    REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
    REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
    REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
    REMARK 465                                                                      
    REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
    REMARK 465     LEU A    37                                                      
    REMARK 465     ASP A    38                                                      
    REMARK 465     THR A    39                                                      
    REMARK 465     GLU A    40                                                      
    REMARK 465     THR A    41                                                      
    REMARK 465     GLU A    42                                                      
    REMARK 465     GLY A    43                                                      
    REMARK 465     ALA A   151                                                      
    REMARK 465     PHE A   152                                                      
    REMARK 465     GLY A   153                                                      
    REMARK 465     VAL A   154                                                      
    REMARK 465     ARG A   297                                                      
    REMARK 465     LEU A   298                                                      
    REMARK 470                                                                      
    REMARK 470 MISSING ATOM                                                         
    REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER;           
    REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER;          
    REMARK 470 I=INSERTION CODE):                                                   
    REMARK 470   M RES CSSEQI  ATOMS                                                
    REMARK 470     LYS A   9    CG   CD   CE   NZ                                   
    REMARK 470     GLU A  12    CG   CD   OE1  OE2                                  
    REMARK 470     THR A  14    OG1  CG2                                            
    REMARK 470     TYR A  15    CG   CD1  CD2  CE1  CE2  CZ   OH                    
    REMARK 470     LYS A  24    CG   CD   CE   NZ                                   
    REMARK 470     LEU A  25    CG   CD1  CD2                                       
    REMARK 470     THR A  26    OG1  CG2                                            
    REMARK 470     ARG A  36    CG   CD   NE   CZ   NH1  NH2                        
    REMARK 470     ARG A  50    CG   CD   NE   CZ   NH1  NH2                        
    REMARK 470     LYS A  75    CG   CD   CE   NZ                                   
    REMARK 470     LYS A  89    CG   CD   CE   NZ                                   
    REMARK 470     LYS A 178    CG   CD   CE   NZ                                   
    REMARK 470     GLN A 246    CG   CD   OE1  NE2                                  
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY                                         
    REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES                                             
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS:            
    REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER;               
    REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE).                             
    REMARK 500 STANDARD TABLE:                                                      
    REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)                    
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI-           
    REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400            
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500  M RES CSSEQI        PSI       PHI                                   
    REMARK 500    LYS A  24       -9.46    -41.58                                   
    REMARK 500    ARG A 126      -23.62     81.58                                   
    REMARK 500    HIS A 161       -3.87     70.29                                   
    REMARK 500    TYR A 179       51.76   -118.09                                   
    REMARK 500    PRO A 254       40.73   -100.04                                   
    REMARK 500                                                                      
    REMARK 500 REMARK: NULL                                                         
    REMARK 525                                                                      
    REMARK 525 SOLVENT                                                              
    REMARK 525                                                                      
    REMARK 525 THE SOLVENT MOLECULES HAVE CHAIN IDENTIFIERS THAT                    
    REMARK 525 INDICATE THE POLYMER CHAIN WITH WHICH THEY ARE MOST                  
    REMARK 525 CLOSELY ASSOCIATED. THE REMARK LISTS ALL THE SOLVENT                 
    REMARK 525 MOLECULES WHICH ARE MORE THAN 5A AWAY FROM THE                       
    REMARK 525 NEAREST POLYMER CHAIN (M = MODEL NUMBER;                             
    REMARK 525 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE                  
    REMARK 525 NUMBER; I=INSERTION CODE):                                           
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE                                                                 
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE MFP A 301                 
    REMARK 800                                                                      
    REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2                                                 
    REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                              
    REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE MFQ A 302                 
    REMARK 900                                                                      
    REMARK 900 RELATED ENTRIES                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 1AQ1   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR STAUROSPORINE                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1B38   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1B39   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 PHOSPHORYLATED                      
    REMARK 900   ON THR 160                                                         
    REMARK 900 RELATED ID: 1BUH   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDK2 KINASE                          
    REMARK 900  COMPLEX WITHCELL CYCLE-REGULATORY PROTEIN                           
    REMARK 900  CKSHS1                                                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1CKP   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR PURVALANOL B                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1DI8   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  THE STRUCTURE OF CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                          
    REMARK 900   (CDK2) IN COMPLEX WITH 4-[3-                                       
    REMARK 900  HYDROXYANILINO]-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLINE                            
    REMARK 900 RELATED ID: 1DM2   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR HYMENIALDISINE                                   
    REMARK 900 RELATED ID: 1E1V   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR NU2058                                           
    REMARK 900 RELATED ID: 1E1X   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR NU6027                                           
    REMARK 900 RELATED ID: 1E9H   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  THR 160 PHOSPHORYLATED CDK2 - HUMAN CYCLIN                          
    REMARK 900  A3 COMPLEX WITH THE INHIBITOR INDIRUBIN-5-                          
    REMARK 900  SULPHONATE BOUND                                                    
    REMARK 900 RELATED ID: 1F5Q   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE GAMMA HERPESVIRUS                       
    REMARK 900   CYCLIN COMPLEXED TO HUMAN CYCLIN DEPENDANT                         
    REMARK 900  KINASE 2                                                            
    REMARK 900 RELATED ID: 1FIN   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CYCLIN A - CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 COMPLEX                        
    REMARK 900 RELATED ID: 1FQ1   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CRYSTAL STRUCTURE OF KINASE ASSOCIATED                              
    REMARK 900  PHOSPHATASE (KAP) INCOMPLEX WITH PHOSPHO-CDK2                       
    REMARK 900 RELATED ID: 1FVT   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  THE STRUCTURE OF CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                          
    REMARK 900   (CDK2) INCOMPLEX WITH AN OXINDOLE INHIBITOR                        
    REMARK 900 RELATED ID: 1FVV   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  THE STRUCTURE OF CDK2/CYCLIN A IN COMPLEX                           
    REMARK 900   WITH AN OXINDOLEINHIBITOR                                          
    REMARK 900 RELATED ID: 1G5S   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYCLIN DEPENDENT                         
    REMARK 900  KINASE 2 (CDK2)IN COMPLEX WITH THE                                  
    REMARK 900  INHIBITOR H717                                                      
    REMARK 900 RELATED ID: 1GIH   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE CDK4INHIBITOR                                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1GII   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE CDK4INHIBITOR                                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1GIJ   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE CDK4INHIBITOR                                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1GY3   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  PCDK2/CYCLIN A IN COMPLEX WITH MGADP,                               
    REMARK 900  NITRATE AND PEPTIDE SUBSTRATE                                       
    REMARK 900 RELATED ID: 1GZ8   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED                           
    REMARK 900  WITH THE INHIBITOR 2-AMINO-6-(3'-METHYL-                            
    REMARK 900  2'-OXO)BUTOXYPURINE                                                 
    REMARK 900 RELATED ID: 1H00   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CDK2 IN COMPLEX WITH A DISUBSTITUTED 4, 6                           
    REMARK 900  -BIS ANILINO PYRIMIDINE CDK4 INHIBITOR                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1H01   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CDK2 IN COMPLEX WITH A DISUBSTITUTED 2, 4                           
    REMARK 900  -BIS ANILINO PYRIMIDINE CDK4 INHIBITOR                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1H06   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CDK2 IN COMPLEX WITH A DISUBSTITUTED 4, 6                           
    REMARK 900  -BIS ANILINO PYRIMIDINE CDK4 INHIBITOR                              
    REMARK 900 RELATED ID: 1HCK   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1HCL   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1JST   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  PHOSPHORYLATED CYCLIN-DEPENDENT KINASE-2 BOUND                      
    REMARK 900   TO CYCLIN A                                                        
    REMARK 900 RELATED ID: 1JSU   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  P27(KIP1)/CYCLIN A/CDK2 COMPLEX                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1JSV   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  THE STRUCTURE OF CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2                          
    REMARK 900   (CDK2) INCOMPLEX WITH 4-[(6-AMINO-4-                               
    REMARK 900  PYRIMIDINYL)AMINO]BENZENESULFONAMIDE                                
    REMARK 900 RELATED ID: 1JVP   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CDK2 (                                   
    REMARK 900  UNPHOSPHORYLATED) INCOMPLEX WITH PKF049-365                         
    REMARK 900 RELATED ID: 1QMZ   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  PHOSPHORYLATED CDK2-CYCLYIN A-SUBSTRATE                             
    REMARK 900  PEPTIDE COMPLEX                                                     
    REMARK 900 RELATED ID: 1H08   RELATED DB: PDB                                   
    REMARK 900  CDK2 IN COMPLEX WITH A DISUBSTITUTED 4, 5                           
    REMARK 900  ANILINO PYRIMIDINE CDK4 INHIBITOR                                   
    DBREF  1H07 A    0     0  PDB    1H07     1H07             0      0             
    DBREF  1H07 A    1   298  UNP    P24941   CDK2_HUMAN       1    298             
    SEQRES   1 A  299  ACE MET GLU ASN PHE GLN LYS VAL GLU LYS ILE GLY GLU          
    SEQRES   2 A  299  GLY THR TYR GLY VAL VAL TYR LYS ALA ARG ASN LYS LEU          
    SEQRES   3 A  299  THR GLY GLU VAL VAL ALA LEU LYS LYS ILE ARG LEU ASP          
    SEQRES   4 A  299  THR GLU THR GLU GLY VAL PRO SER THR ALA ILE ARG GLU          
    SEQRES   5 A  299  ILE SER LEU LEU LYS GLU LEU ASN HIS PRO ASN ILE VAL          
    SEQRES   6 A  299  LYS LEU LEU ASP VAL ILE HIS THR GLU ASN LYS LEU TYR          
    SEQRES   7 A  299  LEU VAL PHE GLU PHE LEU HIS GLN ASP LEU LYS LYS PHE          
    SEQRES   8 A  299  MET ASP ALA SER ALA LEU THR GLY ILE PRO LEU PRO LEU          
    SEQRES   9 A  299  ILE LYS SER TYR LEU PHE GLN LEU LEU GLN GLY LEU ALA          
    SEQRES  10 A  299  PHE CYS HIS SER HIS ARG VAL LEU HIS ARG ASP LEU LYS          
    SEQRES  11 A  299  PRO GLN ASN LEU LEU ILE ASN THR GLU GLY ALA ILE LYS          
    SEQRES  12 A  299  LEU ALA ASP PHE GLY LEU ALA ARG ALA PHE GLY VAL PRO          
    SEQRES  13 A  299  VAL ARG THR TYR THR HIS GLU VAL VAL THR LEU TRP TYR          
    SEQRES  14 A  299  ARG ALA PRO GLU ILE LEU LEU GLY CYS LYS TYR TYR SER          
    SEQRES  15 A  299  THR ALA VAL ASP ILE TRP SER LEU GLY CYS ILE PHE ALA          
    SEQRES  16 A  299  GLU MET VAL THR ARG ARG ALA LEU PHE PRO GLY ASP SER          
    SEQRES  17 A  299  GLU ILE ASP GLN LEU PHE ARG ILE PHE ARG THR LEU GLY          
    SEQRES  18 A  299  THR PRO ASP GLU VAL VAL TRP PRO GLY VAL THR SER MET          
    SEQRES  19 A  299  PRO ASP TYR LYS PRO SER PHE PRO LYS TRP ALA ARG GLN          
    SEQRES  20 A  299  ASP PHE SER LYS VAL VAL PRO PRO LEU ASP GLU ASP GLY          
    SEQRES  21 A  299  ARG SER LEU LEU SER GLN MET LEU HIS TYR ASP PRO ASN          
    SEQRES  22 A  299  LYS ARG ILE SER ALA LYS ALA ALA LEU ALA HIS PRO PHE          
    SEQRES  23 A  299  PHE GLN ASP VAL THR LYS PRO VAL PRO HIS LEU ARG LEU          
    HET    ACE  A   0       3                                                       
    HET    MFP  A 301      33                                                       
    HET    MFQ  A 302      33                                                       
    HETNAM     ACE ACETYL GROUP                                                     
    HETNAM     MFP ((2-BROMO-4-METHYLPHENYL){6-[(4-{[(2R)-3-                        
    HETNAM   2 MFP  (DIMETHYLAMINO)-2-HYDROXYPROPYL]OXY}PHENYL)AMINO]               
    HETNAM   3 MFP  PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)ACETONITRILE                               
    HETNAM     MFQ ((2-BROMO-4-METHYLPHENYL){6-[(4-{[(2S)-3-                        
    HETNAM   2 MFQ  (DIMETHYLAMINO)-2-HYDROXYPROPYL]OXY}PHENYL)AMINO]               
    HETNAM   3 MFQ  PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)ACETONITRILE                               
    FORMUL   2  ACE    C2 H4 O                                                      
    FORMUL   3  MFP    C24 H27 BR N6 O2                                             
    FORMUL   3  MFQ    C24 H27 BR N6 O2                                             
    FORMUL   4  HOH   *200(H2 O1)                                                   
    HELIX    1   1 PRO A   45  LYS A   56  1                                  12    
    HELIX    2   2 LEU A   87  SER A   94  1                                   8    
    HELIX    3   3 PRO A  100  HIS A  121  1                                  22    
    HELIX    4   4 LYS A  129  GLN A  131  5                                   3    
    HELIX    5   5 ALA A  170  LEU A  175  1                                   6    
    HELIX    6   6 THR A  182  ARG A  199  1                                  18    
    HELIX    7   7 SER A  207  GLY A  220  1                                  14    
    HELIX    8   8 GLY A  229  MET A  233  5                                   5    
    HELIX    9   9 ASP A  247  VAL A  252  1                                   6    
    HELIX   10  10 ASP A  256  LEU A  267  1                                  12    
    HELIX   11  11 SER A  276  ALA A  282  1                                   7    
    HELIX   12  12 HIS A  283  GLN A  287  5                                   5    
    SHEET    1  AA 5 PHE A   4  GLY A  13  0                                        
    SHEET    2  AA 5 GLY A  16  ASN A  23 -1  O  GLY A  16   N  GLY A  13           
    SHEET    3  AA 5 VAL A  29  ILE A  35 -1  O  VAL A  30   N  ALA A  21           
    SHEET    4  AA 5 LYS A  75  GLU A  81 -1  O  LEU A  76   N  ILE A  35           
    SHEET    5  AA 5 LEU A  66  THR A  72 -1  N  LEU A  67   O  VAL A  79           
    SHEET    1  AB 3 GLN A  85  ASP A  86  0                                        
    SHEET    2  AB 3 LEU A 133  ILE A 135 -1  O  ILE A 135   N  GLN A  85           
    SHEET    3  AB 3 ILE A 141  LEU A 143 -1  O  LYS A 142   N  LEU A 134           
    LINK         C   ACE A   0                 N   MET A   1     1555   1555  1.33  
    CISPEP   1 PRO A  253    PRO A  254          0         0.02                     
    SITE     1 AC1 14 VAL A  18  ALA A  31  VAL A  64  PHE A  80                    
    SITE     2 AC1 14 GLU A  81  PHE A  82  LEU A  83  ASP A  86                    
    SITE     3 AC1 14 LYS A  88  GLN A 131  ASN A 132  LEU A 134                    
    SITE     4 AC1 14 ALA A 144  ASP A 145                                          
    SITE     1 AC2 14 VAL A  18  ALA A  31  VAL A  64  PHE A  80                    
    SITE     2 AC2 14 GLU A  81  PHE A  82  LEU A  83  ASP A  86                    
    SITE     3 AC2 14 LYS A  88  GLN A 131  ASN A 132  LEU A 134                    
    SITE     4 AC2 14 ALA A 144  ASP A 145                                          
    CRYST1   53.323   71.543   72.550  90.00  90.00  90.00 P 21 21 21    4          
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
    ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
    SCALE1      0.018754  0.000000  0.000000        0.00000                         
    SCALE2      0.000000  0.013978  0.000000        0.00000                         
    SCALE3      0.000000  0.000000  0.013783        0.00000                         

    3D molecular view of vibration

    Displacement vectors
    Display
    Animation
    Display

    Still image of displacement vectors and GIF animation


    Mode 1

    Time-average properties and properties of the 10 lowest-frequency modes

    Fluctuation of atoms:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of dihedral angles:
    Time average and for the 3 lowest-frequency modes.
    Fluctuation of atomsFluctuation of dihedral angles

    Correlations between fluctuations of atoms

    Mode 1
    Correlations between fluctuations of atoms - Mode 1
    Time Average
    Time Average
    Distance map
    Distance map

    Calculation note

    PDB file name : pdb1h07.ent

    Chains and HETATMs selected: 
      ATOM        A

    The following atoms are removed from PDB data on concern that they may have 
    abnormally large fluctuations, because they interact with few atoms.
      ATOM    877  CG  ARG A 122      -8.983  44.226  27.611  1.00 33.29           C  
      ATOM    878  CD  ARG A 122      -8.524  43.681  28.952  1.00 38.96           C  
      ATOM    879  NE  ARG A 122      -8.489  44.713  29.985  1.00 43.97           N  
      ATOM    880  CZ  ARG A 122      -8.167  44.487  31.256  1.00 45.97           C  
      ATOM    881  NH1 ARG A 122      -7.852  43.261  31.656  1.00 47.01           N  
      ATOM    882  NH2 ARG A 122      -8.157  45.487  32.128  1.00 48.00           N  
      ATOM   1472  CG  ARG A 200      13.898  17.630  25.786  0.50 20.37           C  
      ATOM   1473  CD  ARG A 200      14.806  16.726  26.609  0.50 20.36           C  
      ATOM   1474  NE  ARG A 200      14.139  15.495  27.021  0.50 20.62           N  
      ATOM   1475  CZ  ARG A 200      14.744  14.492  27.650  0.50 21.46           C  
      ATOM   1476  NH1 ARG A 200      16.034  14.572  27.942  0.50 21.63           N  
      ATOM   1477  NH2 ARG A 200      14.061  13.408  27.986  0.50 22.32           N  
      ATOM   1810  CG  LYS A 242       2.314  17.107  48.864  1.00 31.29           C  
      ATOM   1811  CD  LYS A 242       2.311  17.597  50.304  1.00 34.48           C  
      ATOM   1812  CE  LYS A 242       0.899  17.775  50.839  1.00 36.02           C  
      ATOM   1813  NZ  LYS A 242       0.197  16.473  51.018  1.00 37.43           N  
      ATOM   1879  CG  LYS A 250      18.498  20.106  37.317  1.00 26.98           C  
      ATOM   1880  CD  LYS A 250      17.854  19.338  38.463  1.00 30.69           C  
      ATOM   1881  CE  LYS A 250      17.401  17.961  38.019  1.00 32.45           C  
      ATOM   1882  NZ  LYS A 250      16.633  17.267  39.090  1.00 34.33           N  

    = Normal mode analysis calculation =

    No. of modes used in the calculation : All modes.

    Parameters of potential energies:
      1-4 and 1-5 non-bonded interactions: E(d) = A*exp(-d(PDB)**2/B**2)(d-d(PDB))**2.
      Loop-closing potential:              E(d) = A*(d-d(PDB))**2.
        for a disulfide bond and one of the bonds in the DNA and RNA sugar ring.
      where d and d(PDB) are distances between atoms in calculation and in PDB data, 
      respectively.

      Interaction type   A       B      Cutoff distance (A)
        1-4             1.00    5.00      100.00
        1-5             1.00    5.00      100.00
        Loop-closing  100.00

    Temperature adjustment by magnitude of fluctuation:
      Set to mean displacements of atoms       0.500 A

    Animation
      No. of frames: 11
      Mean displacements (A):    0.50

    Displacement vector
      Mean length of vectors (A):    3.00