このページの他言語版もあります: English

PDBjサービスへのPDBx/mmCIF辞書更新による影響について

2017年7月12日に、FTPのPDBエントリーは全て、PDBx/mmCIF辞書の新しいバージョン V5 (http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/)に準拠したファイルへと更新されます (PDBj ニュース)。 この更新によって、以下のPDBj サービスに影響があります。
Mine 2 RDB 全てのエントリーが更新されるため、毎週の差分(デルタファイル)は膨大な量になります。そのため、7月12日には、差分ファイルは提供されません。 前の週からの差分ファイルも、FTPには含められません。 差分ファイルが再びFTPに出てくるのは、翌週(19日)からとなります。 RDBをローカルインストールしている利用者は、 RDBヘルプページに従って、 現在のRDBの内容を消去し、完全なダンプファイルをダウンロードして、データベースにロードしてください。
Legacy PDBj Mine PDBx/mmCIF辞書のバージョン4(v4) から バージョン5 (v5) へのデータ移行に伴い、 Legacy PDBj Mineのサービスは 2017/7/12をもって更新を終了いたします。今後は、v5 dataに対応しましたPDBj Mine をご利用ください。 Legacy PDBj Mineのサイトは、2017年8月末をもって終了致します。
2017-06-21
このページの他言語版もあります: English

PDB登録への5つのステップ

構造をPDBへ登録する準備ができていますか? OneDepシステムを使った登録には、新しいガイドが役に立ちます。

OneDepによるPDB登録への5つのシンプルなステップをまとめたパンフレットを、 wwPDBサイトからダウンロード頂けます。

RCSB PDB News Image

[ wwPDB ニュース ]

2017-06-07

<PDBj ランチョンセミナー>

第17回日本蛋白質科学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。

日時 平成29年6月22日(木)11:15-12:05
会場(部屋名) 仙台国際センター E会場(展示棟 会議室4)
席数 100席

<演者・演題>

  • 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
    "Recent activities of PDBj and wwPDB" (PDBjとwwPDBの最近の活動について)
  • Gert-Jan Bekker(大阪大学蛋白質研究所)
    "Molmil: A versatile WebGL based molecular viewer" (モル見る:WebGLを使用の多彩な分子ビュアー)
  • 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)
    "NMR database and analysis in AI generation" (人工知能世代のNMRデータベースと解析)

※セミナー当日、学会受付にて整理券(先着順)をお求めの上、ご来場下さい。

2017-05-30
このページの他言語版もあります: English

PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂(ファイル・バージョニングシステム)と、FTPアーカイブの変更

wwPDBでは、既に公開されたPDBアーカイブ中のエントリーに対し、指定された登録者(Depositor of Record)が行う 大きな改訂を管理するための 新たな仕組み(ファイル・バージョニングシステム)を2017年中に導入する予定です (ここで、指定登録者(Depositor of Record)は、エントリーに対する主要研究者(PI)として定義されます)。

現在は、既存の公開済みPDBエントリーに対して原子座標を改訂する場合、新しいPDBアクセションコードが発行され、以前のPDBエントリーは廃止されます。 この長く続いているwwPDBの方針のため、引用論文と改訂前の原子座標セットの利用との間で関係が断たれるという意図しない結果が生じてしまっておりました。 そして指定登録者が原子座標の改訂を再登録する際の、大きな障壁となっていました。

そこでwwPDBでは、指定登録者が、既に公開された自身のエントリーの内容をアクセッションコードを変更せずに更新できるよう、 新たにファイル・バージョニングシステムを導入する予定です。 第一段階として、実験データの変更を伴わずに再精密化された原子座標に対してファイル・バージョニングの適用を行いますので、注意してください。

個々のPDBアーカイブのエントリーのバージョン番号は、# - # 識別子を使って指定されます。 最初の数字(#)はメジャーバージョンを表し、2つ目の数字(#)はマイナーバージョンを表します。 最初に公開された原子座標は、バージョン1-0と表記されます。 メジャーバージョンの数字は、大きな改訂の度に、値が増えます。 (例えば、指定登録者によって原子座標が初めて差し替えられた場合は、バージョン2-0と表します) “メジャーバージョンの変更”とは、原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定の更新として定義されます。 その他の変更は全て、“マイナーな変更”と定義されます。 メジャーな変更がなされた場合、マイナーバージョンの数字はリセットされて0になります(例えば、1-0から1-1、2-0へ)。 疑念を回避するため、wwPDBは、PDBアーカイブ中のエントリーに対して、 全てのメジャーバージョンで最新のマイナーバージョンのデータファイルを保管します。

指定登録者の研究グループとは別のグループが作成したデータに基づいて、 独立に精密化された構造を登録する場合には、 現在のwwPDBの方針*1はこれまで通り変わりません。 原子座標のバージョニングは、指定登録者による置き換えのみに、厳密に限定されます。
*1) 再精密化構造(re-refined structure)は、査読付き論文がある場合に、別のPDBエントリーとして登録できるという方針 (リンク先"Can a re-refined structure be deposited to the PDB?"より)

今回、ファイル・バージョニングシステムを導入するにあたって、wwPDBは、 PDBアクセションコードの文字数を増やし、 また“PDB”の文字も同時に追加する改訂を行う予定です (例えば、"1abc"は、"pdb_00001abc"になります)。 この変更によって、文献中のPDBエントリーをテキストマイニング検出できるようになり、 改訂されたデータファイルを、より有用で透明性のある形で配信できるようになります。 例えば、PDBエントリー1abcの、2回目のメジャーバージョン(v2-0)に対する原子座標ファイルは、新しいファイルの命名スキーマでは、次のようになります。

pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz

wwPDBは、継続してサービスを提供し、利用者の活動を支えていく重要性を認識しています。 現在の4文字表記のPDBコードへ問題無く8文字から短縮できる場合、可能な限り今後とも4文字のPDBコードを割り振り続ける予定です。 同様に、ファイル・バージョニングの実施は、最初は、現在のPDBアーカイブのFTPサイトを残しつつ、並行した新たなツリーで公開されます。 この新しいFTPツリー構造とバージョン情報へのアクセスについての詳細は、近々、公表予定です。 現在のアーカイブ ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/ (PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/) にあるデータファイルは、これまで通りの命名に従い、バージョン化されたFTPツリーのアーカイブ中にあるファイルの最新バージョンに対応づけられます。

[ wwPDB ニュース ]

2017-05-19 (last edited: 1 month ago)2017-05-22

5月27日(土)、三島市民文化会館(ゆうゆうホール)にて一般向けのデータベース講習会を開催します。

日時: 2017年5月27日(土)13:00~16:30 (受付は 12:30 〜 )
会場: 三島市民文化会館(ゆうゆうホール)小ホール(静岡県三島市)
参加データベース:
対象: 高校生、一般の方
参加費: 無料

PDBjからは以下の講演を行います。

『生命の素子』のカタチのデータベース: 蛋白質構造データバンク 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所 特任助教)
タンパク質がどんなカタチをしているか見たことがありますか?多様な生き物の多様な活動には、それぞれ必要なたくさんのタンパク質の役割があり、その役割ごとに多様なカタチのタンパク質があります。この講習では「タンパク質構造データバンク」を利用して、専門家でない方でも楽しめるようなサービスの使い方を中心に、タンパク質の立体構造を眺めながら生命の神秘に触れてみる方法について解説します。

詳細・講習会へのお申込みは、開催案内ページを御覧ください。

2017-05-08 (last edited: yesterday)2017-06-21
このページの他言語版もあります: English

OneDepのデータ基準に準拠した、より強化された内容のPDB構造ファイルが、テストサイトから公開されました。

2017年7月12日に、wwPDBは、PDB FTPアーカイブのPDB構造ファイルを、 PDBx/mmCIF辞書のV5.0に従ったファイルへ 更新する予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション、検証のための、wwPDBの OneDepシステム日本語版) で使用されています。

7月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発者が 予定されている更新内容について、テストし、フィードバックをする時間が十分持てるように、 wwPDBは、今回、新しいFTPリポジトリ(ftp://ftp-beta.wwpdb.org/)から、 PDBアーカイブのすべてのエントリーに対して、 新しいデータ基準に従ったPDBx/mmCIFとXMLフォーマットの構造ファイルを公開しました。 これらテスト用のファイルは、現行PDBアーカイブの週次更新に合わせて更新されます。

変更点一覧は、wwPDBウェブサイト(https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)でご確認ください。

PDB構造ファイルの利用者は、V5へ更新されたファイルの確認と、テストを実施されることを、強く推奨します。

V5.0のデータに関して問題があれば、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語にてご連絡ください。

利用者の意見に基づいて、2017年7月12日の本公開までに、問題点を解消するよう努めます。

5月3日から7月12日の間に、他の付随データや実験データファイルも、順次ftp-betaに追加されます。

以前に更新された電子顕微鏡法による構造ファイル(2016年12月に公開されたもの)は、テスト用FTP領域 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/ に含まれていましたが、この領域は、5月3日以降は利用できなくなりました。

[ wwPDB ニュース ]

2017-05-03 (last edited: 1 month ago)2017-05-08
このページの他言語版もあります: English

PDBフォーマットファイルの凍結

2014年以降、wwPDBの標準フォーマットはPDBx/mmCIFとなっており、PDBファイルフォーマットの開発は凍結されています。 PDBx/mmCIFフォーマットは更新されますが、PDBフォーマットは旧バージョンのまま更新されません。 詳細については、 wwPDBサイト(File Formats and the PDB)をご覧ください。

[ wwPDB ニュース ]

2017-04-27 (last edited: 1 month ago)2017-04-27

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

※このイベントは終了しました。

今年も「大阪大学いちょう祭」(大阪大学創立記念祭)にてタンパク質などの生体分子をより知っていただくための展示などを行います。 皆さんのお越しをお待ちしております。 詳細は以下の通りです。

日時
2017年4月30日(日)13:00〜16:30
会場
大阪大学蛋白質研究所(大阪府吹田市山田丘3-2)
本館1階講堂横のセミナー室 [Map] [Google Map] (注)いちょう祭のパンフレットに記載の会場から変更されています。
※本館正面を入って右に進んだ突き当たりにある講堂のさらに奥です。
内容

タンパク質分子の『立体構造にさわる』体験をしてみよう

タンパク質、核酸、脂肪などの「生体分子」は生き物の部品です。 生体分子の立体構造は、生き物のしくみを解明するヒントになります。 蛋白質構造データバンク(PDB)では、生体分子の立体構造を世界中から集めて整理し、世界中に公開しています。 当イベントでは、以下のような「立体構造にさわる」体験をして頂けるメニューを用意しています。 これらのメニューはいずれもPDBのデータを利用したものです。

  • でタンパク質分子を作ってみよう!
  • 3Dメガネとパソコン・タブレットを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう!
  • 3Dプリンタで作ったタンパク質分子にもさわれます!
いちょう祭パンフ
2017-04-20 (last edited: yesterday)2017-06-21
このページの他言語版もあります: English

PDBj MineのMine2 関係データベース(RDB)のスキーマをpdbx-v42-v4.069へ更新しました。

2017年4月19日に、PDBj MineのMine2 関係データベース(RDB)のスキーマをpdbx-v42-v4.069へ更新しました。 pdbx_deposit_groupのような新しいテーブルをサポートすることで、 omni検索PDB詳細検索PDB SQL検索を使って、 グループ登録ID(複数の関連する構造をまとめて登録する際に付与されるID)から、PDBエントリーを検索できるようになりました。

同様に、FTPアーカイブにあるRDBのダンプファイルも更新しました。 ご自身のローカル環境でRDBを更新する際に、差分ファイル(デルタファイル)を使用した更新に問題がある場合は、 RDBヘルプページを参照して、 完全なダンプファイルを使って、データベースを更新してください。
2017-04-19 (last edited: 3 months ago)2017-04-19
このページの他言語版もあります: English

PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。

wwPDBは、PDBアーカイブの全てのエントリーのPDBx/mmCIF構造データを、PDBx/mmCIF辞書のV5バージョンに従ったもの へ更新する準備を進めています。 更新が完了すると、全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用されている改定データモデルに従うようになります。 変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトからご覧頂けます (https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org/deposition/system-information日本語版) は、現在PDBで受け付けられる実験手法によって解析された構造の登録、アノテーション、検証をサポートしてきました。

更新された構造ファイルは、新しいPDB FTPサーバー(ftp://ftp-beta.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/)で、ご利用頂けるようになり、 対応するPDBx/mmCIF辞書は、2017年5月に公開されます。 2016年12月に公開された、更新版の電子顕微鏡法による構造ファイルは、現在は、 テスト用FTP領域 (ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/) に含まれますが、2017年5月の新サイトでの公開と同時に廃止されます。

2017年7月には、現在のPDB FTPアーカイブにあるファイルは、V5のPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルで、置き換わります。 それまでに、更新版のデータファイルを確認してください。

[ wwPDB ニュース ]

2017-03-23
このページの他言語版もあります: English

PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。

wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。

新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア(2017)やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。

更新されたレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

更新前の検証レポートは、RCSB PDBPDBj のスナップショットにて、ご覧頂けます。

更新された検証レポートでは、検証に関する専門委員会(Validation Task Force) の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 (NatureeLifeThe Journal of Biological Chemistrythe International Union of Crystallography (IUCr) journalsFEBS journalsJournal of ImmunologyAngew Chem Int Ed Engl) では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。

また、OneDep(wwPDBの登録・アノテーション・検証ポータルシステム)では、登録者に検証レポートが提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線NMR電子顕微鏡(EM) 、リガンド検証の専門委員会(VTF)からの意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

検証レポートについての詳細な情報とサンプルは、 こちらでご覧頂けます

検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せくださ い。

[ wwPDB ニュース ]

2017-03-16 (last edited: 4 months ago)2017-03-17
このページの他言語版もあります: English

データ管理:中核データを維持するための国際的な連携

2016年11月18-19日に、ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム組織 (Human Frontier Science Program Organization, HFSPO)は、 重要なデータリソースのシニアマネージャー(wwPDBのメンバーを含む)や 複数の主要な資金援助組織のリーダーとともに会議を開催し、 生物学的、生物医学的な(すなわち、生命科学の)データリソースと、関連したインフラ基盤を持続させるための課題を議論しました。

この会議によって、長期的な持続可能性をより確かなものとし、科学的な影響力と財政支援を適切に合致させる国際的な取り組みを通じて、 生命科学のための中核的なデータリソースを支援すべきであるという強い合意が生まれました。

理想的には、そのようなデータリソースへの財政的支援は、通常の(そして好ましい)仕組みがそうであるように、無料のアクセスを許可すべきです。

国際的な生命科学データリソース(Global Life Sciences Data Resources, GLSDR)ワーキンググループによるデータ管理:中核データを維持するための国際的な連携に関するレターが、 NaturebioRxivから、公開されました。

  • W. Anderson, R. Apweiler, A. Bateman, G.A. Bauer, H. Berman, J.A. Blake, N. Blomberg, S.K. Burley, G. Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. Kanehisa, R. Kiley, J. McEntyre, R. McKibbin, S. Miyano, B. Pauly, N. Perrimon, M.A. Ragan, G. Richards, Y-Y. Teo, M. Westerfield, E. Westhof, P.F. Lasko (2017) Data management: A global coalition to sustain core data Nature 543: 179 doi: 10.1038/543179a
  • W. Anderson, R. Apweiler, A. Bateman, G.A. Bauer, H. Berman, J.A. Blake, N. Blomberg, S.K. Burley, G. Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. Kanehisa, R. Kiley, J. McEntyre, R. McKibbin, S. Miyano, B. Pauly, N. Perrimon, M.A. Ragan, G. Richards, Y-Y. Teo, M. Westerfield, E. Westhof, P.F. Lasko (2017) Towards coordinated international support of core data resources for the life sciences bioRxiv doi: 10.1101/110825

[ wwPDB ニュース ]

2017-03-15 (last edited: 4 months ago)2017-03-15
このページの他言語版もあります: English

wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。

OneDepシステムについて紹介した 論文がオンラインで公開されました。 wwPDBは、今後数十年間にわたって増え続ける研究者の要望に対応するため、生体高分子構造の登録・アノテーション・検証について、 wwPDB、EMDB及びBMRBの登録サイトにまたがる、統合化されたシステムを開発し、公開しました。

OneDepシステムは、使いやすい登録インターフェースと、改善された検証機能を提供します。 構造の検証は、各実験手法の研究者を代表する 専門家から成る委員会(task forces)からの 提言に基づいています。 OneDepシステムは、より自動化されたワークフローを備えているため、アノテーション処理も効率化されています。

StructureCell Chemical Biologyの主任編集者 Milka Kosticによれば、 OneDepは、正しい方向への一歩であり、 構造検証やアノテーションの過程を改善するとともに、原子座標の登録過程の1つの窓口を提供するということです。

[ wwPDB ニュース ]

2017-02-10
このページの他言語版もあります: English

PDBアーカイブの2017年1月1日付けのスナップショットを公開しました。

2017年1月1日現在の、PDBアーカイブ (ftp://ftp.pdbj.org) のスナップショットを、 ftp://snapshots.pdbj.org/に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

「20170101」という名前のディレクトリは、125,463件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標データは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。スナップショットのサイズは、757GBあります。

[ wwPDB ニュース ]

2017-01-12
PDBj@FacebookPDBj@TwitterwwPDBwwPDB FoundationEM DataBank

Copyright © 2013-2017 日本蛋白質構造データバンク