PDBアーカイブの全てのエントリーについて、検証レポートが更新され、レポート内の統計グラフも、2017年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなっています。 また、CCP4/Refmac (7.0 v44)、Phenix (1.13)、Mogul (2018)など、更新されたソフトウェアやCSDアーカイブ(as539be)が使用されています。 電子密度に上手くフィットしないリガンドを識別するために、これまではLLDF統計が使用されてきましたが、 実空間R因子(RSR>0.4) と実空間相関係数(RSCC<0.8)の組み合わせに置き換わりました。 標準アミノ酸や核酸が電子密度に一致しないことの識別は、Refmacソフトウェアが、登録者のR因子をいかに確実に再現するかを考慮するよう、修正されました。 wwPDBサイトのドキュメントは、これら変更を反映して更新されています。

更新されたレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

• ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
• ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB)
• ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
• ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

更新前の検証レポートは、RCSB PDBやPDBj のスナップショットにて、ご覧頂けます。

更新された検証レポートでは、検証に関する専門委員会（Validation Task Force） の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 （Nature、eLife、The Journal of Biological Chemistry、 the International Union of Crystallography (IUCr) journals、FEBS journals、Journal of Immunology、 Angew Chem Int Ed Engl） では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。

また、OneDep（wwPDBの登録・アノテーション・検証ポータルシステム）では、登録者に検証レポートが提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線やNMR、電子顕微鏡(EM)の専門委員会（VTF）、リガンド検証の専門家の意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

wwPDBによる、構造検証レポートに関する以下の論文も参照してください。
Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure 25: 1916-1927 doi: 10.1016/j.str.2017.10.009.

[ wwPDB ニュース ]

2018年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20180101は、 136,472件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 スナップショットのサイズは、1034GBあります。

[ wwPDB ニュース ]

学術雑誌 Nucleic Acids Research の2019年データベース特集号（Database issue）において、PDBアーカイブに関する論文 「Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data」が出版されました。 PDBアーカイブの運営においては、国際的なwwPDBのパートナーシップが重要であることを強調するため、論文の著書は、"wwPDB Consortium"となっています。

この論文では、新しいアーカイブコンテンツ、マスターフォーマットやディクショナリ、主なデータの修正作業等、wwPDBの下でのPDBの開発について述べています。 論文はまた、継続的なコミュニティの交流の重要性、PDBが直面する科学や技術の課題、今後の道筋について強調しています。

[ wwPDB ニュース ]

大阪大学共創DAY＠EXPOCITY「大阪大学とあそぼう」 －in 大阪－

大阪大学のさまざまな研究・実績・資料などのブースや体験コーナーを会場内一帯で展開し、小さなお子様から大人まで、楽しみながら科学、研究について学んでいただけるイベントです。お申し込み不要ですので、ぜひお気軽にお越しください♪

日時：

2018年11月17日（土）11:00〜17:00

場所：

ららぽーとEXPOCITY（大阪府吹田市）「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約2分

PDBj は2F光の広場付近に出展します

生命をささえるタンパク質の「かたち」

1. 実際にPDBjのデータベースへアクセスして様々なタンパク質分子をCGなどで立体視する「見る」
2. 3Dプリンタでつくった分子モデルを「さわる」
3. ペーパークラフトで分子模型を「つくる」

サイエンスアゴラ2018 －in 東京－

サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 今年は2018年11月9日（金）～11（日）、東京お台場地域で開催されます。このイベントにブースを出展します。

出展日時：

• 2018年11月10日（土）・11日（日）10:00〜16:00

出展場所：

テレコムセンタービル（東京都江東区青海2丁目5−10）

4F 出展番号35

生命をささえるタンパク質の「かたち」

1. 実際にPDBjのデータベースへアクセスして様々なタンパク質分子をCGなどで立体視する「見る」
2. 3Dプリンタでつくった分子モデルを「さわる」
3. ペーパークラフトで分子模型を「つくる」

2018年11月1日より、PDBjのウェブインターフェース（PDBj Mine等）では、Molmilのベータ版Molmil 2（現行Molmilの機能拡張版）が、デフォルトビューアになりました。 従来のMolmil 1インターフェースを継続してご利用になる場合は、カスタマイズ設定ページで、デフォルト選択ビューアから、「Molmil 1」を選択してください。

Molmil 2は、スタンドアロンのビューアとしてもご利用頂けます（https://pdbj.org/molmil2/）。 Molmil 2の開発が完了すると、スタンドアロン版MolmilのURL（https://pdbj.org/molmil/）は、Molmil 2を指すようになります（現在は、Molmil 1を指しています）。 Molmil 2は、2019年の4月又は5月頃に、安定した公開版になる予定です。
現行バージョンのMolmil、すなわちMolmil 1も、引き続きご利用頂ける予定です（https://pdbj.org/molmil1/）。

Molmil 2に関して、ご質問や問題がございましたら、お問い合わせページからご連絡ください。

登録や検証、編集処理に使用されているOneDepシステムは、 X線自由電子レーザー（XFEL）と連続フェムト秒結晶構造解析（SFX）によって解析された構造に対して、メタデータの収集範囲を拡張しました。 登録者は、結晶搬送法の詳細、 集光光学系、パルスエネルギー、周波数、使用した結晶の数など、データ測定についての詳細を、 XFEL及びSFX実験に特化したPDBx/mmCIFカテゴリ内に、入力できるようになりました。

PDBアーカイブ中の既存のXFELエントリーについては、登録者に連絡をとり、情報を追加する予定です。

[ wwPDB ニュース ]

PDBjが開発・提供しているmmJSONファイルが、これまでの RESTインターフェースに加えて、 PDBjのFTPサイトからもご利用頂けるようになりました。

詳細は、mmJSONヘルプページをご覧ください。

wwPDBは、信頼できるデジタルリポジトリとして、CoreTrustSealの認定を受けました。 CoreTrustSealは、データリポジトリの認証のための統一された国際組織として、国際科学会議世界科学データシステム（ICSU World Data System）とData Seal of Approval（DSA）によって、設立されました。 この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクトの組織及び管理の完全なライフサイクルを広くカバーしています。 wwPDBは、永続的な公共の利益として、自由にアクセス可能な、実験的に決定された生物学的高分子の構造データの唯一の国際アーカイブを維持するために、CoreTrustSealの基準に準拠するよう努めています。

[ wwPDB ニュース ]

OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー（連絡先）情報で、 これまで任意となっていた研究者ID番号（ORCiD）が、必須となりました。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。

[ wwPDB ニュース ]

wwPDBのOneDepシステムは、登録、検証、編集処理で使用されていますが、 OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー（連絡先）情報で、 現在は任意となっている研究者ID番号（ORCID）が、夏以降に必須となる予定です。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。

[ wwPDB ニュース ]

新しいバージョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し替える際の手続きが改善されています。 V3.0では、新しいファイルが登録セッションにマージされる前に、全ての新しいデータのチェックと検証が行われます。 データが更新される度に、新しい検証レポートが作成されます。 登録者は検証レポートを慎重に確認し、ハイライト表示された問題は、全て調査する必要があります。 登録者は、アーカイブへデータを再提出する前に、検証レポートを承認する必要があります。 今回のバージョンアップによって、データの差し替え過程で以前のデータが誤って削除されることがなくなり、 ファイルの差し替えに伴うエラーが減少し、新しいファイルを効率よく編集することが可能になります。 深刻なデータのエラーや、バージョン間のデータの矛盾は、登録者が確認できるように表示され、再提出の前に修正できます。 全体として、これらの変更は、データの品質とファイルの差し替え手続きの透明性を向上させるはずです。 新しいファイルの差し替え手続きについてのご質問やコメントは、 登録サイトからセッションにログインし、 コミュニケーションタブからwwPDBへお問い合わせください。

加えて、wwPDBは、OneDepにおける個人情報の取り扱いについて、オープンで明確であることを確認しています。 EU一般データ保護規則（GDPR）による変更に準拠するよう、wwPDBのプライバシー・ポリシーページを更新しました。 プライバシー・ポリシーについてのご質問は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語にてお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]

2018年に、米国保健福祉省（U.S. Department of Health and Human Services）の研究公正局（Office of Research Integrity, ORI）は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤回に対応するwwPDBの方針に従って、すでに廃止（obsolete）されました。 2018年4月23日に受け取ったORIからの正式な要請に応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再び廃止されました。 ORIの調査は、研究上の不正行為で非難された個人に対し、適正な手続きを行うことを目的としており、厳格な機密保持が維持されています。 研究不正行為の調査結果だけが公表されています。

2009年12月に、アラバマ大学バーミンガム校（UAB）は、 当時、研究責任者（PI）とUAB雇用者という立場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連出版物を取り下げる予定であることを発表しました。 UABの要請に応じてwwPDBがレビューを行い、wwPDBの方針に従って、構造のうちの5つは、関連する文献の撤回時に廃止されました。 UABの要請に応じてwwPDBがレビューを行い、wwPDBの方針に従って、残りの7件の構造は、ORIからの要請を受けた際に廃止されました。

この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧ください。 .

構造の検証と、アーカイブデータのリソースとしてのPDBの役割

PDBは、構造モデルとその関連実験データを保存し、アノテーションを行い、配布するアーカイブリソースです。 wwPDBは、X線（2008年）、NMR（2009年）及び、Cryo-EM（2010年）（EMDataBankと協力）に対して、 検証に関する専門委員会（Validation Task Forces）を招集し、 構造が登録された際に、構造（モデル構造、実験データ、モデルとデータの適合）を検証する際に使用する最も適切な評価基準について、助言を行っています。 検証に関する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション及び検証を行う、wwPDBのOneDepシステムの一部に取り入れられてきました。

wwPDBの検証手続きの結果は、検証レポートに取り込まれます。 このレポートは、登録者に提供され、対応する論文が投稿される際に登録者から学術誌にも提出されます。 このような報告書が利用できることで、構造的データの信頼性の評価や、学術誌の編集者と査読者によるその解釈が、同じように非常に容易になっています。 wwPDBは、生体高分子の構造データを扱う学術誌に、投稿論文と一緒にwwPDBの検証レポートの提出を求めるよう、要請しています。 wwPDBパートナーの継続的な使命は、国際的な構造生物学コミュニティの支援を受けて、構造アーカイブを完全に守り、品質を向上させることです。

以下の文献もご覧ください。

• Case Summary: Murthy, Krishna H.M. (2018) US Department of Health and Human Services, The Office of Research Integrity
• Findings of Research Misconduct Notice 2018-07782 (2018) Federal Register 83: 16370
• Berman, H. M., G. J. Kleywegt, H. Nakamura, J. L. Markley and S. K. Burley (2010). "Safeguarding the integrity of protein archive." Nature 463(7280): 425 doi: 10.1038/463425c.
• Baker, E. N., Z. Dauter, H. Einspahr and M. S. Weiss (2010). "In defence of our science--validation now!" Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66(Pt 2): 115 doi: 10.1107/S1744309110001326

[ wwPDB ニュース ]

蛋白質立体構造予測の国際コンテスト (CASP)は、蛋白質の立体構造モデリングの最先端技術を進歩させることを目的とした、研究者コミュニティの実験です。 1994年以来隔年で、CASPは、間もなく公開される実験構造に関する情報を集め、配列データを構造モデリングのコミュニティへ伝え、 評価のための構造のブラインド予測を収集しています。 世界中から、およそ100個のモデリング団体が参加してきました。 CASP実験の結果は、学術誌Proteinsの特別号に掲載されています （例えばCASP12）。

CASPの成功は、構造決定のコミュニティの寛大さにかかっています。 CASP組織は現在、5月初めに開始される予定のCASP13実験のターゲットを求めています。 CASPコミュニティは、テンプレートありとなしのモデリングのために、 広い難易度にわたるモデリングターゲットを必要としています。 X線結晶解析、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡法によるいずれの構造でも歓迎ですが、 膜蛋白質、蛋白質複合体、低温電子顕微鏡法の構造に特に関心があります。 また、CASP組織は、蛋白質材料が必要とされる NMR、SAXS（X線小角散乱法）、SANS（中性子小角散乱法）、crosslinking（架橋操作と質量分析）、FRET（蛍光共鳴エネルギー移動測定）の 実験グループと連携して、まばらな実験データによって支援されたモデリングを、より多く含めるようにCASPを拡張しています （もちろんこれは、ほとんどのターゲットでは期待されていませんが、もし利用できる場合、ぜひお願いします！）

従って、もし該当するデータをお持ちであれば、PDB登録の際に、wwPDBのOneDep登録システム上で、「CASPターゲット」の印をつけてください。 あるいは、CASP13ターゲットの登録ページから直接、あなたの蛋白質がCASPであると示唆してください。

以前CASPにターゲットを提供していない場合でも、簡単かつすぐに手続きできます。 PDBの公開前には構造を必要としません。そして十分に前もってお知らせ頂ければ（公開の最低３週間前ですが、もっと余裕がある方が良い） 構造の公開を遅らせる必要はありません。 詳細はCASP13のページをご覧ください。

CASPターゲットの提供者は、以下の例のように、定期的に特別号の論文に寄稿するよう招待されます。

• 2018: Kryshtafovych A, Albrecht R, Baslé A, Bule P, Caputo AT, Carvalho AL, Chao KL, Diskin R, Fidelis K, Fontes CMGA, Fredslund F, Gilbert HJ, Goulding CW, Hartmann MD, Hayes CS, Herzberg O, Hill JC, Joachimiak A, Kohring GW, Koning RI, Lo Leggio L, Mangiagalli M, Michalska K, Moult J, Najmudin S, Nardini M, Nardone V, Ndeh D, Nguyen TH, Pintacuda G, Postel S, van Raaij MJ, Roversi P, Shimon A, Singh AK, Sundberg EJ, Tars K, Zitzmann N, Schwede T. (2018). Target highlights from the first post-PSI CASP experiment (CASP12, May-August 2016). Proteins 86 (S1), 27-50. doi: 10.1002/prot.25392. PMID: 28960539
• 2016: Kryshtafovych A, Moult J, Baslé A, Burgin A, Craig TK, Edwards RA, Fass D, Hartmann MD, Korycinski M, Lewis RJ, Lorimer D, Lupas AN, Newman J, Peat TS, Piepenbrink KH, Prahlad J, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall AM, Seguritan V, Sundberg EJ, Singh AK, Wilson MA, Schwede T. (2016). Some of the most interesting CASP11 targets through the eyes of their authors. Proteins 84 (S1), 34-50. doi: 10.1002/prot.24942. PMID: 26473983
• 2014: Kryshtafovych A, Moult J, Bales P, Bazan JF, Biasini M, Burgin A, Chen C, Cochran FV, Craig TK, Das R, Fass D, Garcia-Doval C, Herzberg O, Lorimer D, Luecke H, Ma X, Nelson DC, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall A, Seguritan V, Zeth K, Schwede T. (2014). Challenging the state-of-the-art in protein structure prediction: Highlights of experimental target structures for the 10th critical assessment of techniques for protein structure prediction experiment CASP10. Proteins 82 (S2), 26-42. doi: 10.1002/prot.24489. PMID: 24318984
• 2011: Kryshtafovych A, Moult J, Bartual SG, Bazan JF, Berman H, Casteel DE, Christodoulou E, Everett JK, Hausmann J, Heidebrecht T, Hills T, Hui R, Hunt JF, Seetharaman J, Joachimiak A, Kennedy MA, Kim C, Lingel A, Michalska K, Montelione GT, Otero JM, Perrakis A, Pizarro JC, van Raaij MJ, Ramelot TA, Rousseau F, Tong L, Wernimont AK, Young J, Schwede T. (2011). Target highlights in CASP9: Experimental target structures for the critical assessment of techniques for protein structure prediction. Proteins 79 (S10), 6-20. doi: 10.1002/prot.23196. PMID: 22020785

CASP組織委員会
John Moult, University of Maryland, USA
Krzysztof Fidelis, University of California, Davis, USA
Andriy Kryshtafovych, University of California, Davis, USA
Torsten Schwede, University of Basel, Switzerland

連絡先: casp@predictioncenter.org
詳細情報: http://www.predictioncenter.org/casp13/index.cgi
ターゲットの登録: http://www.predictioncenter.org/casp13/targets_submission.cgi

[ wwPDB ニュース ]

学術雑誌 Databaseから、論文 Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data が公開されました。

PDBに登録されたデータは全て、wwPDBのバイオキュレーター（アノテーション、キュレーション処理担当者）によって、厳格な審査を受けます。 処理担当者は、構造データが首尾一貫しているか検査を行い、規定の用語を使って標準化し、 他の生物学的データリソースとの相互参照を追加し、科学的又は技術的な正確さのために検証を行います。

バイオキュレーションは、生物学的分子の構造データを、正確で一貫性があり総合的な表現にするために、PDBデータのアーカイブにとって不可欠なものです。 これによって、科学者や教育者、学生、世界中の興味を持つ人々がデータを効率的で効果的に使用できるようになります。

この論文では、PDBへ登録される構造生物学データに対するバイオキュレーションの重要性、 wwPDBのバイオキュレーション手続き、高い品質のアーカイブを維持する上での熟練したバイオキュレーターの役割 を述べています。

Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data
Jasmine Y. Young, John D. Westbrook, Zukang Feng, Ezra Peisach, Irina Persikova, Raul Sala, Sanchayita Sen, John M. Berrisford, G. Jawahar Swaminathan, Thomas J. Oldfield, Aleksandras Gutmanas, Reiko Igarashi, David R. Armstrong, Kumaran Baskaran, Li Chen, Minyu Chen, Alice R. Clark, Luigi Di Costanzo, Dimitris Dimitropoulos, Guanghua Gao, Sutapa Ghosh, Swanand Gore, Vladimir Guranovic, Pieter M. S. Hendrickx, Brian P. Hudson, Yasuyo Ikegawa, Yumiko Kengaku, Catherine L. Lawson, Yuhe Liang, Lora Mak, Abhik Mukhopadhyay, Buvaneswari Narayanan, Kayoko Nishiyama, Ardan Patwardhan, Gaurav Sahni, Eduardo Sanz-García, Junko Sato, Monica R. Sekharan, Chenghua Shao, Oliver S. Smart, Lihua Tan, Glen van Ginkel, Huanwang Yang, Marina A. Zhuravleva, John L. Markley, Haruki Nakamura, Genji Kurisu, Gerard J. Kleywegt, Sameer Velankar, Helen M. Berman, Stephen K. Burley
Database 2018: bay002 (2018) doi: 10.1093/database/bay002

[ wwPDB ニュース ]

PDBjのJava分子ビューアjVの新たなバージョン4.5.4を公開しました。

変更内容はコード署名に用いている証明書の更新だけで、機能上の変更点はありません。

Javaアプレットを埋め込んだウェブサイトを運営されている場合は更新が必要な場合があります。詳細は以下をご覧ください。

利用種別	対処	備考
バイナリファイル（jar）版	更新の必要なし	既にローカルマシンにダウンロードされているjarファイルを実行するもの。 機能上の違いはなくローカルで実行する上で証明書の確認はないので更新の必要はありませんが、 更新しても構いません。
Java Web Start（jnlp）版	更新の必要なし	起動の度にインターネット経由で最新のソフトをダウンロードするもの。 常に最新のものを配信しているので利用者側で特に対処の必要はありません。
ウェブサイトのJavaアプレット（注）	独自に配置したjVを参照している場合は更新の必要あり	ウェブサイトに埋め込んだJavaアプレットが独自に配置したjVを参照している場合、 その配置しているjVを更新する必要があります。 更新しないと証明書の期限切れでjVが起動できなくなります。

（注）現在、FirefoxやGoogle ChromeなどのWebブラウザ最新版ではJavaアプレットを利用できなくなっています。