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2015年4月10日より、PDBのアーカイブデータの公開処理が2段階に分かれて行われるようになります。

2015年4月10日より、毎週行われている蛋白質構造データバンク(PDB)のアーカイブデータの公開処理が2段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなります。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約4日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりできるようになります。

PDBエントリーの登録とアノテーション処理は、 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB; wwpdb.org)によって、共同で運営されています。 現在は、4つの地域のデータセンターである RCSB PDB (米国)、 PDBe (ヨーロッパ)、 PDBj (日本)、BioMagResBank (米国)がwwPDBのメンバーとなっています。

PDBエントリーの公開タイミングは、以下のいずれかの条件に従います。

  • REL: 登録とアノテーション処理が完了し次第、直ちに公開する
  • HPUB: 登録構造の主要文献が出版されるときに公開する
  • HOLD: 登録日から一年以内の所定の日に公開する

これらの公開条件に従って、登録構造は、 FTPサイト拠点であるRCSB PDB、PDBe、PDBjの間で同期された、週1回のスケジュールで、PDBアーカイブに加えられます。

今後、PDBアーカイブデータの毎週の公開手続きは、以下のように改訂されます。

第一段階: 毎週土曜日 PM 12時(JST)/ 3時(UTC)
新規公開されるエントリーに対して、各ポリマー鎖に対する配列(アミノ酸、ヌクレオチド)と、リガンドが含まれる場合には各々のリガンドに対するInChI文字列が、wwPDBのウェブサイトから提供されます。

第二段階: 毎週水曜日 AM 9時(JST)/ 0時(UTC)
新規公開されるエントリー及び更新されるエントリーは全て、wwPDB メンバーの各FTPサイトで更新されます。

この変更は、wwPDBの詰問委員会(wwPDB Advisory Committee)の助言と賛同を得て行われます。

[ wwPDB ニュース ]

作成日: 2015-02-16 (最終更新日: more than 1 year ago)2015-04-15