2ZIY

Crystal structure of squid rhodopsin

2ZIY の概要

分子名称Rhodopsin, RETINAL, PALMITIC ACID (3 entities in total)
機能のキーワードtransmembrane helices, chromophore, g-protein coupled receptor, glycoprotein, lipoprotein, palmitate, phosphoprotein, photoreceptor protein, receptor, retinal protein, sensory transduction, transducer, vision, signaling protein
由来する生物種Todarodes pacificus (Japanese flying squid)
細胞内の位置Membrane; Multi-pass membrane protein P31356
ポリマー鎖数1
分子量合計42626.03
構造登録者
Miyano, M.,Shimamura, T. (登録日: 2008-02-27, 公開日: 2008-05-06, 最終更新日: 2011-07-13)
主引用文献
Shimamura, T.,Hiraki, K.,Takahashi, N.,Hori, T.,Ago, H.,Masuda, K.,Takio, K.,Ishiguro, M.,Miyano, M.
Crystal structure of squid rhodopsin with intracellularly extended cytoplasmic region
J.Biol.Chem., 283:17753-17756, 2008
PubMed: 18463093 (主引用文献が同じPDBエントリー)
DOI: 10.1074/jbc.C800040200
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実験手法
X-RAY DIFFRACTION (3.7 Å)
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構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.352508.4%9.6%5.7%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

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回転なし
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他の静止画像(生物学的単位)

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回転なし
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y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (2ziy.pdb1.gz [55.03 KB])
生物学的単位の座標ファイル (2ziy.pdb2.gz [108.34 KB])