5V9P
Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone (compound 35) in complex with KDM5A
エンティティ
| Entity ID | 鎖名 | 説明 | 種類 | 鎖長 | 化学式量 | 分子数 | データベース名(アクセス番号) | 由来する生物種 | エンティティの一般名 |
| 1 | A | Lysine-specific demethylase 5A | polymer | 790 | 90703.9 | 1 | UniProt (P29375) Pfam (PF02375) Pfam (PF01388) Pfam (PF00628) Pfam (PF02373) Pfam (PF21323) Pfam (PF02928) In PDB | Homo sapiens (Human) | Histone demethylase JARID1A, Jumonji/ARID domain-containing protein 1A, Retinoblastoma-binding protein 2, RBBP-2, KDM5A |
| 2 | B | Lysine-specific demethylase 5A | polymer | 10 | 869.1 | 1 | Homo sapiens (Human) | Histone demethylase JARID1A, Jumonji/ARID domain-containing protein 1A, Retinoblastoma-binding protein 2, RBBP-2, KDM5A | |
| 3 | A | NICKEL (II) ION | non-polymer | 58.7 | 1 | Chemie (NI) | |||
| 4 | A | ZINC ION | non-polymer | 65.4 | 2 | Chemie (ZN) | |||
| 5 | A | [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone | non-polymer | 352.2 | 1 | Chemie (90S) | |||
| 6 | A | SULFATE ION | non-polymer | 96.1 | 1 | Chemie (SO4) | |||
| 7 | water | water | 18.0 | 12 | Chemie (HOH) |
配列変更
A: 12 - 797 (UniProt: P29375)
| PDB | 外部データベース | 詳細 |
|---|---|---|
| Ser 11 | - | expression tag |
| Gly 798 | - | expression tag |
| Asn 799 | - | expression tag |
| Ser 800 | - | expression tag |
配列ビューア
非対称単位の内容
| タンパク質・ 核酸鎖 | 鎖の数 | 2 |
| 化学式量合計 | 91573.0 | |
| タンパク質・ 核酸・ 糖鎖以外* | 分子数 | 5 |
| 化学式量合計 | 637.8 | |
| 全て* | 化学式量合計 | 92210.8 |
