9ICD
CATALYTIC MECHANISM OF NADP+-DEPENDENT ISOCITRATE DEHYDROGENASE: IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURES OF MAGNESIUM-ISOCITRATE AND NADP+ COMPLEXES
GO（遺伝子オントロジー）由来の情報
| 鎖名 | GO（遺伝子オントロジー）id | 名前空間 | 内容 |
| A | 0000287 | molecular_function | magnesium ion binding |
| A | 0004450 | molecular_function | isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity |
| A | 0005515 | molecular_function | protein binding |
| A | 0005737 | cellular_component | cytoplasm |
| A | 0005829 | cellular_component | cytosol |
| A | 0006097 | biological_process | glyoxylate cycle |
| A | 0006099 | biological_process | tricarboxylic acid cycle |
| A | 0006979 | biological_process | response to oxidative stress |
| A | 0016491 | molecular_function | oxidoreductase activity |
| A | 0016616 | molecular_function | oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor |
| A | 0022900 | biological_process | electron transport chain |
| A | 0046872 | molecular_function | metal ion binding |
| A | 0051287 | molecular_function | NAD binding |
| A | 0097216 | molecular_function | guanosine tetraphosphate binding |
PDBデータベースに由来する情報
| site_id | AC1 |
| 残基数 | 10 |
| 詳細 | BINDING SITE FOR RESIDUE NAP A 417 |
| 鎖名 | 残基 |
| A | ILE37 |
| A | ARG395 |
| A | ARG292 |
| A | HIS339 |
| A | GLY340 |
| A | THR341 |
| A | ALA342 |
| A | TYR345 |
| A | ASN352 |
| A | TYR391 |
UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報
| site_id | PS00470 |
| 残基数 | 20 |
| 詳細 | IDH_IMDH Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. NLNGDYiSDalAaqv.GGIGI |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | ASN303-ILE322 |
SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報
| site_id | SWS_FT_FI1 |
| 残基数 | 1 |
| 詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | THR104 |
| site_id | SWS_FT_FI2 |
| 残基数 | 4 |
| 詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:10623532, ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0007744|PDB:1AI3, ECO:0007744|PDB:1CW1, ECO:0007744|PDB:1CW7, ECO:0007744|PDB:1GRP, ECO:0007744|PDB:1P8F, ECO:0007744|PDB:1PB1, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJA, ECO:0007744|PDB:4AJB, ECO:0007744|PDB:4AJS, ECO:0007744|PDB:4BNP, ECO:0007744|PDB:5ICD, ECO:0007744|PDB:8ICD |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | SER113 | |
| A | ASN115 | |
| A | ARG129 | |
| A | ARG153 |
| site_id | SWS_FT_FI3 |
| 残基数 | 1 |
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| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | ARG119 |
| site_id | SWS_FT_FI4 |
| 残基数 | 1 |
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| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | ASP307 |
| site_id | SWS_FT_FI5 |
| 残基数 | 1 |
| 詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1BL5, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:1ISO, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR, ECO:0007744|PDB:9ICD |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | HIS339 |
| site_id | SWS_FT_FI6 |
| 残基数 | 2 |
| 詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1BL5, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR, ECO:0007744|PDB:9ICD |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | ASN352 | |
| A | TYR391 |
| site_id | SWS_FT_FI7 |
| 残基数 | 1 |
| 詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:9ICD |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | ARG395 |
| site_id | SWS_FT_FI8 |
| 残基数 | 2 |
| 詳細 | SITE: Critical for catalysis => ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0000269|PubMed:7819221 |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | TYR160 | |
| A | LYS230 |
| site_id | SWS_FT_FI9 |
| 残基数 | 2 |
| 詳細 | MOD_RES: N6-succinyllysine => ECO:0000269|PubMed:21151122 |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | LYS100 | |
| A | LYS242 |
| site_id | SWS_FT_FI10 |
| 残基数 | 1 |
| 詳細 | MOD_RES: Phosphoserine => ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0000269|PubMed:3112144 |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | SER113 |
| site_id | SWS_FT_FI11 |
| 残基数 | 1 |
| 詳細 | MOD_RES: N6-acetyllysine => ECO:0000269|PubMed:18723842 |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | LYS142 |
CSAにおける酵素触媒機能の情報
| site_id | MCSA1 |
| 残基数 | 4 |
| 詳細 | M-CSA 7 |
| 鎖名 | 残基 | 詳細 |
| A | TYR160 | electrostatic stabiliser, hydrogen bond donor, proton acceptor, proton donor, proton relay |
| A | LYS230 | electrostatic stabiliser, proton acceptor, proton donor, proton relay |
| A | ASP283 | electrostatic stabiliser, proton acceptor, proton donor |
| A | ASP307 | metal ligand |
