2ZIY

Crystal structure of squid rhodopsin

GO（遺伝子オントロジー）由来の情報

鎖名	GO（遺伝子オントロジー）id	名前空間	内容
A	0004930	molecular_function	G protein-coupled receptor activity
A	0007186	biological_process	G protein-coupled receptor signaling pathway
A	0007601	biological_process	visual perception
A	0016020	cellular_component	membrane

PDBデータベースに由来する情報

site_id	AC1
残基数	6
詳細	BINDING SITE FOR RESIDUE RET A 380

鎖名	残基
A	PHE120
A	CYS186
A	MET204
A	PHE209
A	TRP274
A	LYS305

---

site_id	AC2
残基数	1
詳細	BINDING SITE FOR RESIDUE PLM A 381

鎖名	残基
A	CYS336

---

site_id	AC3
残基数	3
詳細	BINDING SITE FOR RESIDUE PLM A 382

鎖名	残基
A	CYS337
A	SER316
A	CYS336

---

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id	PS00237
残基数	17
詳細	G_PROTEIN_RECEP_F1_1 G-protein coupled receptors family 1 signature. MSImTMAMISIDRYNvI

鎖名	残基	詳細
A	MET121-ILE137

---

site_id	PS00238
残基数	17
詳細	OPSIN Visual pigments (opsins) retinal binding site. LPvMfAKASAihNPmiY

鎖名	残基	詳細
A	LEU299-TYR315

---

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id	SWS_FT_FI1
残基数	77
詳細	TOPO_DOM: Extracellular => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	GLY2-VAL33
A	LEU98-LYS109
A	GLY173-SER199
A	ALA284-THR293

---

site_id	SWS_FT_FI2
残基数	24
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=1 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	TYR34-LEU58

---

site_id	SWS_FT_FI3
残基数	66
詳細	TOPO_DOM: Cytoplasmic => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	PHE59-ASN70
A	ASP132-ARG151
A	MET225-LYS261

---

site_id	SWS_FT_FI4
残基数	26
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=2 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	MET71-PHE97

---

site_id	SWS_FT_FI5
残基数	21
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=3 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	VAL110-ILE131

---

site_id	SWS_FT_FI6
残基数	20
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=4 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	ALA152-PHE172

---

site_id	SWS_FT_FI7
残基数	24
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=5 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	ASN200-VAL224

---

site_id	SWS_FT_FI8
残基数	21
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=6 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	ILE262-LEU283

---

site_id	SWS_FT_FI9
残基数	21
詳細	TRANSMEM: Helical; Name=7 => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518

鎖名	残基	詳細
A	PRO294-TYR315

---

site_id	SWS_FT_FI10
残基数	1
詳細	MOD_RES: N6-(retinylidene)lysine => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0000269|PubMed:21906602, ECO:0000269|PubMed:26024518, ECO:0000269|PubMed:3191148, ECO:0007744|PDB:2Z73, ECO:0007744|PDB:4WW3

鎖名	残基	詳細
A	LYS305

---

site_id	SWS_FT_FI11
残基数	1
詳細	LIPID: S-palmitoyl cysteine => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0007744|PDB:2ZIY

鎖名	残基	詳細
A	CYS336

---

site_id	SWS_FT_FI12
残基数	1
詳細	LIPID: S-palmitoyl cysteine => ECO:0000269|PubMed:18463093, ECO:0000269|PubMed:18480818, ECO:0007744|PDB:2ZIY

鎖名	残基	詳細
A	CYS337

---

site_id	SWS_FT_FI13
残基数	1
詳細	CARBOHYD: N-linked (GlcNAc...) asparagine => ECO:0000305|PubMed:18463093

鎖名	残基	詳細
A	ASN8

---