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Yorodumi- PDB-6sjt: Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sjt | ||||||
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Title | Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion system substrate NttC | ||||||
Components | NttC | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Legionella pneumophila / type II sectorion system | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila 130b (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.103 Å | ||||||
Authors | Portlock, T.J. / Rehman, S. / Garnett, J.A. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Front Mol Biosci / Year: 2020 Title: Structure, Dynamics and Cellular Insight Into Novel Substrates of theLegionella pneumophilaType II Secretion System. Authors: Portlock, T.J. / Tyson, J.Y. / Dantu, S.C. / Rehman, S. / White, R.C. / McIntire, I.E. / Sewell, L. / Richardson, K. / Shaw, R. / Pandini, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sjt.cif.gz | 156.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sjt.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6sjt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13617.553 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila 130b (bacteria) / Gene: lpw18401 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0C9MKT2 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 3.5 M ammonium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9796, 0.9797, 0.9681 | ||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2013 | ||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.1→73.084 Å / Num. obs: 6280 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 10.1 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Redundancy: 20.9 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 437 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 1.048 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3.103→73.084 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.276 / WRfactor Rwork: 0.244 / SU B: 50.593 / SU ML: 0.372 / Average fsc free: 0.8877 / Average fsc work: 0.9134 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.975 / ESU R Free: 0.476 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.9 Å / Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.913 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.103→73.084 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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