+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q8i | ||||||
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Title | Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid | ||||||
Components |
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Keywords | SPLICING / Splicing factor / minimal RED-SMU1 complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein localization to kinetochore / U2-type precatalytic spliceosome / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / spindle pole / mitotic cell cycle ...protein localization to kinetochore / U2-type precatalytic spliceosome / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / spindle pole / mitotic cell cycle / chromosome / nuclear speck / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.17 Å | ||||||
Authors | Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. ...Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. / Pietrancosta, N. / Naffakh, N. / McCarthy, A.A. / Crepin, T. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Destabilization of the human RED-SMU1 splicing complex as a basis for host-directed antiinfluenza strategy. Authors: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, ...Authors: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. / Crepin, T. / Naffakh, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q8i.cif.gz | 790.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q8i.ent.gz | 607.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q8i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q8i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6q8fSC 6q8jC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57673.797 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SMU1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2TAY7 #2: Protein | Mass: 65691.445 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IK, RED, RER / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q13123 #3: Protein | | Mass: 65707.469 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IK, RED, RER / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q13123 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.17→49 Å / Num. obs: 39441 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 74.61 Å2 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.17→3.25 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2828 / Rrim(I) all: 1.146 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6Q8F Resolution: 3.17→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.502
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Displacement parameters | Biso mean: 132.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.17→49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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