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Yorodumi- PDB-6q10: Crystal structure of the soluble domain (residues 71-217) of a co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q10 | ||||||
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Title | Crystal structure of the soluble domain (residues 71-217) of a conserved hypothetical secreted protein (Rv2700 ortholog) from Mycobacterium marinum | ||||||
Components | MymaA.19257.a.B3 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Mycobacerium marinum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / secreted protein / Rv2700 ortholog | ||||||
Function / homology | LytR/CpsA/Psr regulator, C-terminal domain / LytR cell envelope-related transcriptional attenuator / membrane => GO:0016020 / Conserved hypothetical secreted protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium marinum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: SSGCID, Mycobacerium marinum, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, secreted protein, Rv2700 ortholog Authors: Phan, J.N. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q10.cif.gz | 70.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q10.ent.gz | 54 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q10.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q10 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16339.134 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (bacteria) Strain: ATCC BAA-535 / M / Gene: MMAR_2014 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B2HM00 | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Hampton Research Index screen, condition H1 (305884h1): 100mM Citric acid pH 3.5, 2000mM Ammonium sulfate: MymaA.19257.a.B3.PS38530 at 22.5mg/ml cryo: 25% EG: tray 305841 H1: puck bqx9-4. ...Details: Hampton Research Index screen, condition H1 (305884h1): 100mM Citric acid pH 3.5, 2000mM Ammonium sulfate: MymaA.19257.a.B3.PS38530 at 22.5mg/ml cryo: 25% EG: tray 305841 H1: puck bqx9-4. For experimental phasing, a crystal from the same condition, Index H1 (305884h1), was soaked for 15 seconds each in a mix of 87.5% reservoir / 12.5% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, followed by a soak in 75% reservoir / 25% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, vitrified in liquid nitrogen for in-house data collection at Cu-Kalpha wavelength: puck vgz4-3 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.6→38.7 Å / Num. obs: 18638 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.683 % / Biso Wilson estimate: 31.596 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rrim(I) all: 0.031 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 31.67 / Num. measured all: 124550 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→38.7 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.09 Å2 / Biso mean: 31.2634 Å2 / Biso min: 15.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→38.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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