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Yorodumi- PDB-6pet: Crystal structure of 8-hydroxychromene compound 30 bound to estro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pet | ||||||
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Title | Crystal structure of 8-hydroxychromene compound 30 bound to estrogen receptor alpha | ||||||
Components | Estrogen receptor | ||||||
Keywords | NUCLEAR PROTEIN / hormone receptor / ligand / breast cancer / drug / antagonist | ||||||
Function / homology | Function and homology information G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / mammary gland alveolus development / protein localization to chromatin / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Nuclear signaling by ERBB4 / estrogen response element binding / positive regulation of phospholipase C activity / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TBP-class protein binding / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / 14-3-3 protein binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / euchromatin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / male gonad development / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.203 Å | ||||||
Authors | Kiefer, J.R. / Vinogradova, M. / Liang, J. / Wang, X. / Zbieg, J. / Labadie, S.S. / Zhang, B. / Li, J. / Liang, W. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2019 Title: Discovery of a C-8 hydroxychromene as a potent degrader of estrogen receptor alpha with improved rat oral exposure over GDC-0927. Authors: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / ...Authors: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / Roussel, F. / Vinogradova, M. / Yeap, S.K. / Zhang, B. / Zheng, X. / Zbieg, J.R. / Liang, J. / Wang, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pet.cif.gz | 552.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pet.ent.gz | 467.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pet.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pet | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules DACB
#1: Protein | Mass: 31980.295 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ESR1, ESR, NR3A1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03372 |
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-Non-polymers , 5 types, 99 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-DMS / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion Details: 25-35% PEG 3,350 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1-6.5) 150-300 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 1, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→35 Å / Num. obs: 32797 / % possible obs: 67.7 % / Redundancy: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 40.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 53187 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: in house model Resolution: 2.203→32.142 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / Phase error: 31.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 242.32 Å2 / Biso mean: 68.34 Å2 / Biso min: 24.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.203→32.142 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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