+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mqd | ||||||
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Title | Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Rosmarinic Acid | ||||||
Components | Basic phospholipase A2 homolog 2 | ||||||
Keywords | TOXIN / Rosmarinic Acid / Snake Venom | ||||||
Function / homology | Function and homology information phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Search for efficient inhibitors of myotoxic activity induced by ophidian phospholipase A2-like proteins using functional, structural and bioinformatics approaches. Authors: Salvador, G.H.M. / Cardoso, F.F. / Gomes, A.A. / Cavalcante, W.L.G. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mqd.cif.gz | 121.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mqd.ent.gz | 92.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6mqfC 6b80S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13912.211 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) / Tissue: Venom gland / References: UniProt: Q9I834 #2: Chemical | ChemComp-ROA / ( | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: PEG 4000, Tris HCl, Lithium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 26, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 37066 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 15.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 359908 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6B80 Resolution: 1.6→23.554 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.96 Å2 / Biso mean: 21.1806 Å2 / Biso min: 9.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→23.554 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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