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Yorodumi- PDB-6j7l: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with TDP -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j7l | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with TDP | ||||||
Components | Pseudomonas aeruginosa Earp | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / rhamnosyltransferase | ||||||
Function / homology | protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein-arginine rhamnosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.851 Å | ||||||
Authors | He, C. / Li, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2019 Title: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P. Authors: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j7l.cif.gz | 180.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j7l.ent.gz | 139.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j7l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7l | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6j7jSC 6j7kC 6j7mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46131.168 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA2852 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZZ1 |
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#2: Chemical | ChemComp-TYD / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M MES pH6.5, 12% PEG20K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.988 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.988 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. obs: 43403 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 28.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.444 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 567700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6J7J Resolution: 1.851→38.478 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.83 Å2 / Biso mean: 37.0642 Å2 / Biso min: 15.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.851→38.478 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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