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Yorodumi- PDB-6e4x: Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e4x | ||||||||||||
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Title | Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/Texas/50/2012 (H3N2) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: Antibodies to a Conserved Influenza Head Interface Epitope Protect by an IgG Subtype-Dependent Mechanism. Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / ...Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / Urick, P. / Kepler, T.B. / Takahashi, Y. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e4x.cif.gz | 300.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e4x.ent.gz | 246.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e4x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules B
#1: Protein | Mass: 32618.846 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: head domain (UNP residues 53-335) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2)) Strain: A/Texas/50/2012(H3N2) / Gene: HA, L998_47834gpHA / Plasmid: pFB / Cell line (production host): Hi5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: R4L1D1 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules YZ
#2: Antibody | Mass: 22803.189 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGKV1-39*01 / Plasmid: pVRC / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q8TCD0 |
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#3: Antibody | Mass: 25984.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGHV4-61*01 / Plasmid: pVRC / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
-Sugars , 4 types, 4 molecules
#4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 148 molecules
#8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 100 mM magnesium sulfate, 100 mM PIPES, pH 6.0, 30% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2018 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) side bounce / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→46.37 Å / Num. obs: 61532 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.81 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 31682 / % possible all: 99.05 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→46.37 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→46.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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