+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b5s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of PfCSP peptide 25 with human antibody CIS42 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium Falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.983 Å | ||||||
Authors | Pancera, M. / Weidle, C. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Med. / Year: 2018 Title: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite. Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. / Wiehe, K. / Trama, A.M. / Saunders, K.O. / Gladden, M.A. / Monroe, A. / Bonsignori, M. / Kanekiyo, M. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Farney, S.K. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Kc, N. / Chakravarty, S. / Kwong, P.D. / Sinnis, P. / Bhatia, S.N. / Kappe, S.H.I. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Zavala, F. / Pancera, M. / Seder, R.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b5s.cif.gz | 256.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6b5s.ent.gz | 220.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b5s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5s | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6b5lC 6b5mC 6b5nC 6b5oC 6b5pC 6b5rC 6b5tC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules A
#3: Protein/peptide | Mass: 1564.569 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium Falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893*PLUS |
---|
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 23617.463 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 22755.172 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 4 types, 347 molecules
#4: Chemical | ChemComp-IPA / #5: Chemical | ChemComp-NH4 / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.87 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 15% PEG3350, 9% Isopropanol, 0.12M Ammonium Citrate pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→43.422 Å / Num. obs: 34887 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Net I/σ(I): 13.4 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.983→43.422 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.3
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.983→43.422 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|