+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xdz | ||||||
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Title | Crystal structure of zebrafish SNX25 PX domain | ||||||
Components | (Cellular trafficking protein) x 2 | ||||||
Keywords | PROTON TRANSPORT / Sorting nexin / PX domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphatidylinositol binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Su, K. / Zhang, Y. / Xu, J. / Liu, J. | ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2017 Title: Structure of the PX domain of SNX25 reveals a novel phospholipid recognition model by dimerization in the PX domain Authors: Su, K. / Xu, T. / Yu, Z. / Zhu, J. / Zhang, Y. / Wu, M. / Xiong, Y. / Liu, J. / Xu, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xdz.cif.gz | 149.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xdz.ent.gz | 118.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xdz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/5xdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/5xdz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4pqoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13966.960 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 633-751 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: snx25 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: C6K2H9 | ||||
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#2: Protein | Mass: 13835.764 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 633-751 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: snx25 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: C6K2H9 | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.25 % / Mosaicity: 0.43 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 5, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→68.15 Å / Num. obs: 23068 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 155855 / Scaling rejects: 341 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4PQO Resolution: 1.7→52.627 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.84 Å2 / Biso mean: 38.6839 Å2 / Biso min: 8.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→52.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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