+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mei | |||||||||
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Title | Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / 80S ribosome / protein synthesis inhibitor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Protein hydroxylation / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / translational elongation / response to cycloheximide / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / TOR signaling / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation repressor activity / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / telomere maintenance / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / macroautophagy / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosome biogenesis / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Luo, C. ...McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / Yusupov, M. / Green, R. / Liu, J.O. | |||||||||
Funding support | United States, France, 2items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2017 Title: Inhibition of Eukaryotic Translation by the Antitumor Natural Product Agelastatin A. Authors: McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Guo, Z. / Ayinde, S. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / ...Authors: McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Guo, Z. / Ayinde, S. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / Yusupov, M. / Green, R. / Liu, J.O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mei.cif.gz | 19.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mei.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 5mei.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mei | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4v88S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 4 types, 8 molecules 1AR3AS4AT6A
#1: RNA chain | Mass: 1097493.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: REF: 831416132 #2: RNA chain | Mass: 38951.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: GenBank: 1039024062 #3: RNA chain | Mass: 50682.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: GenBank: 1102645687 #25: RNA chain | Mass: 579761.938 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: GenBank: 874346701 |
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+60S ribosomal protein ... , 40 types, 80 molecules jCDkCElCFmCGnCHoCIpCJqCKrCLsCMtCNuCOvCPwCQxCR...
-Protein , 3 types, 5 molecules ANDOp0hsR
#42: Protein | Mass: 6032.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: RPL40A, UBI1, YIL148W / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P0CH08 #47: Protein | | Mass: 24101.676 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: RPP0, L10E, RPA0, RPL10E, RPLA0, YLR340W, L8300.8 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P05317 #81: Protein | Mass: 34710.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: ASC1, CPC2, YMR116C, YM9718.15C / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P38011 |
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-Suppressor protein ... , 2 types, 2 molecules isM
#46: Protein | Mass: 18224.963 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: STM1, MPT4, STO1, YLR150W, L9634.1 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P39015 |
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#48: Protein | Mass: 10296.888 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: STM1, MPT4, STO1, YLR150W, L9634.1 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P39015 |
+40S ribosomal protein ... , 32 types, 62 molecules Bs0Cs1Ds2Es3Fs4Gs5Hs6Is7Js8Ks9Lc0Mc1Nc2Oc3Pc4...
-Ubiquitin-40S ribosomal protein ... , 2 types, 2 molecules ge1
#80: Protein | Mass: 8101.675 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P05759 |
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#83: Protein | Mass: 5704.610 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Gene: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P05759 |
-Non-polymers , 4 types, 2494 molecules
#84: Chemical | ChemComp-OHX / #85: Chemical | ChemComp-MG / #86: Chemical | #87: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.5→98.383 Å / Num. obs: 925728 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.553 % / Biso Wilson estimate: 71.28 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.567 / Rrim(I) all: 0.597 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 5.56 / Num. measured all: 9768849 / Scaling rejects: 1016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4V88 Resolution: 3.5→98.383 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 320.72 Å2 / Biso mean: 79.7288 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.5→98.383 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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