+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j60 | ||||||
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Title | Structure of a thioredoxin reductase from Gloeobacter violaceus | ||||||
Components | Thioredoxin reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / thioredoxin reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gloeobacter violaceus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Balsera, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol Plant / Year: 2017 Title: A New Member of the Thioredoxin Reductase Family from Early Oxygenic Photosynthetic Organisms. Authors: Buey, R.M. / Galindo-Trigo, S. / Lopez-Maury, L. / Velazquez-Campoy, A. / Revuelta, J.L. / Florencio, F.J. / de Pereda, J.M. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j60.cif.gz | 673.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j60.ent.gz | 564.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j60 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2q7vS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34502.250 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (bacteria) Strain: PCC 7421 / Gene: glr0719 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q7NMP6 #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30 & PEG-400 0.1 M Natrium Acetate, pH 4.5 0.2 M Calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.222 Å / Num. obs: 112104 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06825 / Net I/σ(I): 24.02 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2q7v Resolution: 1.9→49.222 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.222 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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