+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5exq | |||||||||
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Title | Human cytochrome c Y48H | |||||||||
Components | Cytochrome c | |||||||||
Keywords | APOPTOSIS / cytochrome c / heme / tyrosine to histidine substitution / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Formation of apoptosome / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes ...Formation of apoptosome / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / respirasome / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial intermembrane space / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | |||||||||
Model details | Y48H variant | |||||||||
Authors | Fellner, M. / Jameson, G.N.L. / Ledgerwood, E.C. / Wilbanks, S.M. | |||||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2021 Title: Altered structure and dynamics of pathogenic cytochrome c variants correlate with increased apoptotic activity. Authors: Fellner, M. / Parakra, R. / McDonald, K.O. / Kass, I. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. / Ledgerwood, E.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5exq.cif.gz | 111.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5exq.ent.gz | 83.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5exq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5exq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5exq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ecjC 3zcfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11615.556 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y48H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CYCS, CYC / Plasmid: pBTR(HumanCc) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P99999 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: Hanging drops of 1 microL of 29.5 mg/mL of reduced protein and 2 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (32% (w/v) polyethylene glycol 5000, 50 mM ...Details: Hanging drops of 1 microL of 29.5 mg/mL of reduced protein and 2 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (32% (w/v) polyethylene glycol 5000, 50 mM lithiumsulfate, 50 mM Tris-HCl pH 8.5). The protein solution was 17.5 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 15 mM sodium dithionite (pH 7.6). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→54.04 Å / Num. obs: 26388 / % possible obs: 90.1 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.63 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 97684 / Scaling rejects: 63 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ZCF Resolution: 1.6→54.038 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 19.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.16 Å2 / Biso mean: 21.5129 Å2 / Biso min: 5.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→54.038 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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