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Yorodumi- PDB-5d0q: BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d0q | ||||||
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Title | BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / outer membrane biogenesis / outer membrane beta-barrel assembly machinery complex / E.coli / outer membrane insertion. | ||||||
Function / homology | Function and homology information Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Gu, Y. / Paterson, N. / Zeng, Y. / Dong, H. / Wang, W. / Dong, C. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Structural basis of outer membrane protein insertion by the BAM complex. Authors: Gu, Y. / Li, H. / Dong, H. / Zeng, Y. / Zhang, Z. / Paterson, N.G. / Stansfeld, P.J. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5d0q.cif.gz | 1013.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5d0q.ent.gz | 877.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5d0q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 91393.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Gene: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A940 #2: Protein | Mass: 37297.328 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A903 #3: Protein | Mass: 28280.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0AC02 #4: Protein | Mass: 13717.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bamE, smpA, b2617, JW2598 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A937 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.28 Å3/Da / Density % sol: 71.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris, pH8.0, 0.1 M MgCl2, 24% PEG500 MME. / PH range: 7.8-8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 197 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→29.94 Å / Num. obs: 74050 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 26.9 % / Net I/av σ(I): 1.5 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.58 Å / Redundancy: 24.7 % / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5→29.943 Å / SU ML: 1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 44.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.943 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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