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Yorodumi- PDB-5c6m: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Shewanel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c6m | ||||||
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Title | Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Shewanella halifaxensis | ||||||
Components | Deoxyribose-phosphate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Shewanella halifaxensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.76 Å | ||||||
Authors | Weiergraeber, O.H. / Dick, M. / Bramski, J. / Pietruszka, J. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases. Authors: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c6m.cif.gz | 393.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c6m.ent.gz | 321.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c6m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5c2xSC 5c5yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28180.068 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella halifaxensis (bacteria) / Gene: deoC, Shal_3136 / Plasmid: pET21a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B0TQ91, deoxyribose-phosphate aldolase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: PEG 6000, lithium chloride, sodium acetate, MES buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→48.7 Å / Num. obs: 95913 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.33 / Num. measured all: 391576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5C2X Resolution: 1.76→48.7 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 20.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.87 Å2 / Biso mean: 39.67 Å2 / Biso min: 11.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.76→48.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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