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Yorodumi- PDB-5ahi: Crystal structure of salmonalla enterica HisA mutant D7N with ProFAR -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ahi | ||||||
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Title | Crystal structure of salmonalla enterica HisA mutant D7N with ProFAR | ||||||
Components | 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE | ||||||
Keywords | ISOMERASE / HISA / HISTIDINE BIOSYNTHESIS | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SALMONELLA ENTERICA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.999 Å | ||||||
Authors | Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure and Mechanism of Hisa from Salmonella Enterica Authors: Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ahi.cif.gz | 100.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ahi.ent.gz | 83.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ahi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/5ahi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/5ahi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 27130.943 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SALMONELLA ENTERICA (bacteria) / Plasmid: PEXP5-CT / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P10372, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase |
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-Non-polymers , 5 types, 110 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#3: Chemical | ChemComp-GUO / [( |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Chemical | ChemComp-CL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Nonpolymer details | GUO: PARTLY OBSERVED LIGAND PROFAR |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.39 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 0.2M LITHIUM SULFATE, 30% W/V PEG 8K, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.5, PH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2014 / Details: PT COATED MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→46.94 Å / Num. obs: 17983 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2.94 / Redundancy: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.12 Å / Redundancy: 8.01 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 79.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: THE WILD TYPE S. ENTERICA HISA Resolution: 1.999→46.942 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.02 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 17-24, 174, 178-179 AND 245- 253 ARE DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.999→46.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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