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Yorodumi- PDB-5a16: Crystal structure of Fab4201 raised against Human Erythrocyte Ani... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a16 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Fab4201 raised against Human Erythrocyte Anion Exchanger 1 | |||||||||
Components | (FAB4201 HEAVY CHAIN) x 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT / ANION EXCHANGER | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | MUS MUSCULUS (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Arakawa, T. / Kobayashi-Yugiri, T. / Alguel, Y. / Weyand, S. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Ikeda-Suno, C. ...Arakawa, T. / Kobayashi-Yugiri, T. / Alguel, Y. / Weyand, S. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Ikeda-Suno, C. / Kuma, H. / Kang, D. / Murata, T. / Hamakubo, T. / Cameron, A. / Kobayashi, T. / Hamasaki, N. / Iwata, S. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2015 Title: Crystal Structure of the Anion Exchanger Domain of Human Erythrocyte Band 3 Authors: Arakawa, T. / Kobayashi-Yugiri, T. / Alguel, Y. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Ikeda-Suno, C. / Kuma, H. / Kang, D. / Murata, T. / Hamakubo, T. / Cameron, A. / ...Authors: Arakawa, T. / Kobayashi-Yugiri, T. / Alguel, Y. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Ikeda-Suno, C. / Kuma, H. / Kang, D. / Murata, T. / Hamakubo, T. / Cameron, A. / Kobayashi, T. / Hamasaki, N. / Iwata, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a16.cif.gz | 962.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5a16.ent.gz | 824.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a16.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a16 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4yzfC 2r8sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS oper:
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25296.443 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) / Strain: GP64 TRANSGENIC MICE / References: UniProt: A0A0M3KL48*PLUS #2: Antibody | Mass: 24108.564 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) / Strain: GP64 TRANSGENIC MICE / References: UniProt: A0A0M3KL49*PLUS #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 12% (W/V) PEG20000, 0.1% NA ACETATE (PH5.3) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2009 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→82 Å / Num. obs: 61639 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2R8S Resolution: 2.5→39.514 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.57 / Phase error: 26.61 / Stereochemistry target values: ML Details: THE LAST 10 RESIDUES OF THE HEAVY CHAIN ARE DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→39.514 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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