[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4z6w: Structure of H200N variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z6w | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of H200N variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with 4-nitrocatechol at 1.57 Ang resolution | |||||||||
Components | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Brevibacterium fuscum (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.57 Å | |||||||||
Authors | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. Authors: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z6w.cif.gz | 621.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4z6w.ent.gz | 510.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z6w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6w | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4z6lC 4z6mC 4z6nC 4z6oC 4z6pC 4z6qC 4z6rC 4z6sC 4z6tC 4z6uC 4z6vC 4z6zC 3ojtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41731.277 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H200N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brevibacterium fuscum (bacteria) / Plasmid: pYZW204 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Jm109 / References: UniProt: Q45135 |
---|
-Non-polymers , 7 types, 1731 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | ChemComp-P6G / #4: Chemical | ChemComp-4NC / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CA / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.68 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 14% PEG6000, 0.1M calcium acetate, 0.1M MOPS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9801 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 1, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→48 Å / Num. all: 218224 / Num. obs: 218224 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 1452866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OJT Resolution: 1.57→45.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.155 / WRfactor Rwork: 0.1291 / FOM work R set: 0.8953 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0665 / SU Rfree: 0.0675 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.52 Å2 / Biso mean: 20.802 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.57→45.73 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|