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Yorodumi- PDB-4wz7: Crystal structure of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wz7 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase from Yarrowia lipolytica. | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Complex I / respiratory chain / mitochondria | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / mitochondrial membrane / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Yarrowia lipolytica (yeast) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 3.6 Å | |||||||||||||||
Authors | Wirth, C. / Zickermann, V. / Brandt, U. / Hunte, C. | |||||||||||||||
Funding support | Germany, 4items
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Citation | Journal: Science / Year: 2015 Title: Structural biology. Mechanistic insight from the crystal structure of mitochondrial complex I. Authors: Zickermann, V. / Wirth, C. / Nasiri, H. / Siegmund, K. / Schwalbe, H. / Hunte, C. / Brandt, U. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wz7.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wz7.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 4wz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wz7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6 types, 6 molecules 13456L
#1: Protein | Mass: 33594.281 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#3: Protein | Mass: 9394.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#4: Protein | Mass: 46077.242 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#5: Protein | Mass: 61819.941 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#6: Protein | Mass: 20765.102 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) References: UniProt: Q9B6E9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#15: Protein | Mass: 9815.851 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) References: UniProt: Q9B6D4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-Protein , 16 types, 17 molecules 2ABCEGHIKJOQSAKANAUBI
#2: Protein | Mass: 46159.730 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
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#7: Protein | Mass: 54072.570 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#8: Protein | Mass: 33143.129 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#9: Protein | Mass: 49820.746 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 23-466 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH dehydrogenase | ||||
#10: Protein | Mass: 16613.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#11: Protein | Mass: 13437.754 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#12: Protein | Mass: 13290.110 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#13: Protein | Mass: 13360.999 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#14: Protein | Mass: 20446.541 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase | ||||
#18: Protein | Mass: 5379.623 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#21: Protein | Mass: 5975.357 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#23: Protein | Mass: 4358.364 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#25: Protein | Mass: 5890.252 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) | ||||
#38: Protein | Mass: 6485.986 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) #43: Protein | | Mass: 4954.098 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) #48: Protein | | Mass: 77037.328 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-Unknown subunits ... , 2 types, 3 molecules ZDF
#16: Protein | Mass: 4868.993 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) #17: Protein | | Mass: 4613.678 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Yarrowia lipolytica (yeast) / References: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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+Protein/peptide , 24 types, 41 molecules MNPRTAHUVWABAYBEXAJAVBHYARATAAAWBBBGACADAEAFAGAIAL...
-Non-polymers , 2 types, 8 molecules
#49: Chemical | #50: Chemical | ChemComp-SF4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.09 Å3/Da / Density % sol: 79.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 / Details: PEG 3350, calcium acetate, glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 5 K / Ambient temp details: Helium Cooling |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 10, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.6→50 Å / Num. obs: 183009 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 50.6 % / Biso Wilson estimate: 82.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.518 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.6→3.66 Å / Redundancy: 32.6 % / Rmerge(I) obs: 5.94 / Num. unique all: 8970 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 3.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.787 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7687 / SU R Cruickshank DPI: 1.9 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.592 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.617
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Displacement parameters | Biso mean: 109.25 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.275 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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