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Yorodumi- PDB-4s2d: Joint X-ray/neutron structure of Trichoderma reesei xylanase II i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s2d | |||||||||
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Title | Joint X-ray/neutron structure of Trichoderma reesei xylanase II in complex with MES at pH 5.7 | |||||||||
Components | Endo-1,4-beta-xylanase 2Xylanase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / glycoside hydrolase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trichoderma reesei (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / NEUTRON DIFFRACTION / NUCLEAR REACTOR / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | |||||||||
Authors | Kovalevsky, A.Y. / Wan, Q. / Langan, P. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography. Authors: Wan, Q. / Parks, J.M. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4s2d.cif.gz | 90 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4s2d.ent.gz | 75.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4s2d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s2d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4s2fC 4s2gC 4s2hC 4xpvC 4xq4C 4xqdC 4xqwC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20838.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Trichoderma reesei (fungus) / References: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase |
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#2: Chemical | ChemComp-IOD / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Chemical | ChemComp-DOD / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 1.5M MES, 0.2M NaI, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 4S2D
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Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Biso max: 76.77 Å2 / Biso mean: 22.77 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 / R Free selection details: RANDOM / Cross valid method: FREE R-VALUE / Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Stereochemistry target values: JOINT X-RAY/NEUTRON ML / Solvent model: CNS BULK SOLVENT MODEL USED
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Refine analyze |
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Refine funct minimized |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→19.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Total num. of bins used: 8
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