+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qq8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the formolase FLS in space group P 43 21 2 | ||||||
Components | Formolase | ||||||
Keywords | LYASE / formaldehyde lyase | ||||||
Function / homology | Function and homology information thiamine pyrophosphate binding / carboxylic acid metabolic process / lyase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.88 Å | ||||||
Authors | Shen, B.W. / Siegel, J.B. / Stoddard, B.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway. Authors: Siegel, J.B. / Smith, A.L. / Poust, S. / Wargacki, A.J. / Bar-Even, A. / Louw, C. / Shen, B.W. / Eiben, C.B. / Tran, H.M. / Noor, E. / Gallaher, J.L. / Bale, J. / Yoshikuni, Y. / Gelb, M.H. ...Authors: Siegel, J.B. / Smith, A.L. / Poust, S. / Wargacki, A.J. / Bar-Even, A. / Louw, C. / Shen, B.W. / Eiben, C.B. / Tran, H.M. / Noor, E. / Gallaher, J.L. / Bale, J. / Yoshikuni, Y. / Gelb, M.H. / Keasling, J.D. / Stoddard, B.L. / Lidstrom, M.E. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qq8.cif.gz | 834.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qq8.ent.gz | 692 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qq8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4qpzC 2agoS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 61442.684 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: W89R, L90T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Gene: bznB / References: UniProt: Q9F4L3 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-TPP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 14 to 16 % PEG3000, 100 mM TrisHCl, 150 mM Calcium acetate., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 70 / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2012 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: yale mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.88→127.52 Å / Num. all: 65530 / Num. obs: 64154 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 47.85 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 9.96 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2AGO Resolution: 2.88→127.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 31.903 / SU ML: 0.253 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.309 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.234 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.88→127.52 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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