+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qeq | ||||||
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Title | High resolution structure of egg white lysozyme | ||||||
Components | Lysozyme C | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.381 Å | ||||||
Authors | Shaik, M.M. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: High resolution structure of egg white Lysozyme Authors: Shaik, M.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qeq.cif.gz | 65.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qeq.ent.gz | 48.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qeq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/4qeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/4qeq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1dpwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 19-147 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Gallus gallus (chicken) / References: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.9 Details: 9% w/v sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2010 / Details: toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: channel cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→24.56 Å / Num. obs: 23732 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.46 Å / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3429 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1DPW Resolution: 1.381→21.536 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.16 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.381→21.536 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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