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Yorodumi- PDB-4qd2: Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qd2 | ||||||
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Title | Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Oral Toxicity / Botulinum Neurotoxin / E-Cadherin / HA70 / HA17 / HA33 | ||||||
Function / homology | Function and homology information uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / RHO GTPases activate IQGAPs / Adherens junctions interactions / Degradation of the extracellular matrix / regulation of neuron migration / Integrin cell surface interactions ...uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / RHO GTPases activate IQGAPs / Adherens junctions interactions / Degradation of the extracellular matrix / regulation of neuron migration / Integrin cell surface interactions / positive regulation of cell-cell adhesion / lateral loop / gamma-catenin binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of axon extension / regulation of protein localization to cell surface / trophectodermal cell differentiation / alpha-catenin binding / Schmidt-Lanterman incisure / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / epithelial cell morphogenesis / bicellular tight junction assembly / intestinal epithelial cell development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / node of Ranvier / protein metabolic process / catenin complex / cell-cell junction assembly / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of protein processing / GTPase activating protein binding / adherens junction organization / apical junction complex / ankyrin binding / cochlea development / negative regulation of cell-cell adhesion / cellular response to lithium ion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / microvillus / decidualization / : / canonical Wnt signaling pathway / lateral plasma membrane / establishment of skin barrier / axon terminus / embryo implantation / synapse assembly / protein tyrosine kinase binding / cytoskeletal protein binding / cell adhesion molecule binding / negative regulation of cell migration / cell periphery / protein localization to plasma membrane / sensory perception of sound / cellular response to amino acid stimulus / adherens junction / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / trans-Golgi network / cell morphogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / positive regulation of protein import into nucleus / regulation of protein localization / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / actin cytoskeleton / apical part of cell / lamellipodium / cell junction / actin cytoskeleton organization / postsynapse / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / endosome / cadherin binding / axon / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Lee, K. / Zhong, X. / Gu, S. / Kruel, A. / Dorner, M.B. / Perry, K. / Rummel, A. / Dong, M. / Jin, R. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2014 Title: Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex. Authors: Lee, K. / Zhong, X. / Gu, S. / Kruel, A.M. / Dorner, M.B. / Perry, K. / Rummel, A. / Dong, M. / Jin, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qd2.cif.gz | 948.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qd2.ent.gz | 796.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qd2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/4qd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/4qd2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Hemagglutinin component ... , 3 types, 8 molecules DCIHBGAF
#1: Protein | Mass: 34081.656 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Strain: Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A / Gene: ha70, CBO0801, CLC_0857 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5HZZ6 #2: Protein | Mass: 17069.195 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Strain: Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A / Gene: ha17, CBO0802, CLC_0858 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5HZZ5 #3: Protein | Mass: 28846.920 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Strain: Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A / Gene: ha33, CBO0803, CLC_0859 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5HZZ4 |
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-Protein , 1 types, 2 molecules EJ
#4: Protein | Mass: 23260.865 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cdh1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P09803 |
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-Non-polymers , 2 types, 408 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.5 Å / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 4LO7 AND 3LNG Resolution: 2.4→47.73 Å / SU ML: 0.84 / σ(F): 1.04 / Phase error: 27.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.42 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→47.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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