+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nfo | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of the 16mer GCAGACUUAAGUCUGC | ||||||
Components | GCAGACUUAAGUCUGC | ||||||
Keywords | RNA / RNA 16mer oligo | ||||||
Function / homology | SPERMINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Beal, P.A. / Fisher, A.J. / Phelps, K.J. / Ibarra-Soza, J.M. / Zheng, Y. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2014 Title: Click Modification of RNA at Adenosine: Structure and Reactivity of 7-Ethynyl- and 7-Triazolyl-8-aza-7-deazaadenosine in RNA. Authors: Phelps, K.J. / Ibarra-Soza, J.M. / Tran, K. / Fisher, A.J. / Beal, P.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nfo.cif.gz | 63.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nfo.ent.gz | 48.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nfo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 16 / Label seq-ID: 1 - 16
NCS ensembles :
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Details | Asymmetric unit contains 1.5 RNA duplexes |
-Components
#1: RNA chain | Mass: 5098.079 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically #2: Chemical | ChemComp-SPM / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 10% MPD(v/v)(Drop), 35% MPD(v/v)(reservoir), 40mM Na-cacodylate trihydrate (pH 7), 12mM spermine tetrahydrochloride, 80mM SrCl2, 20mM MgCl2 hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.148 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.148 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→35.81 Å / Num. all: 9759 / Num. obs: 9115 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 17.06 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.01 Å / Redundancy: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 706 / % possible all: 96.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96→35.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 13.127 / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.171 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.364 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.171 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→35.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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