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Yorodumi- PDB-4lm6: Light harvesting complex PC612 from the cryptophyte Hemiselmis vi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lm6 | ||||||
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Title | Light harvesting complex PC612 from the cryptophyte Hemiselmis virescens M1635 | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / phycobiliprotein / thylakoid lumen | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / phycobilisome / plastid / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hemiselmis virescens (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Single-residue insertion switches the quaternary structure and exciton states of cryptophyte light-harvesting proteins. Authors: Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Dinshaw, R. / Collini, E. / Mirkovic, T. / Teng, C.Y. / Oblinsky, D.G. / Green, B.R. / Hoef-Emden, K. / Hiller, R.G. / Scholes, G.D. / Curmi, P.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4lm6.cif.gz | 213.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4lm6.ent.gz | 174.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4lm6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lm6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4lmsC 4lmxC 1qgwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6525.596 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis virescens (eukaryote) / Strain: M1635 / References: UniProt: A0A075B5G1*PLUS #2: Protein | Mass: 18227.732 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis virescens (eukaryote) / Strain: M1635 / References: UniProt: A0A075B5G2*PLUS #3: Chemical | ChemComp-CYC / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 29, 2010 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) with sagittally bent second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→38.13 Å / Num. all: 70449 / Num. obs: 70433 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 24 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 10054 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QGW, CHAIN C Resolution: 1.7→28.929 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 19.44 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→28.929 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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